Nature Biotechnology：QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台

刘永鑫 2019-7-25 17:08

2010年发表于 Nature Methods 的QIIME 是微生物组领域最广泛使用的扩增子数据分析流程，截止2019年7月25日，Google Scholar统计引用 15,831 次。随着近年来测序通量的提高和超大规模研究的开展，其软件架构己法满足未来微生物组大数据和可重复分析的要求。 为满足大数据和可重复分析的需求，由QIIME项目第一作者Gr ...

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NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）

刘永鑫 2019-7-9 15:56

应对干旱，细菌崩了，真菌依然很稳 Soil bacterial networks are less stable under drought than fungal networks Nature Communications, doi.org/10.1038/s41467-018-05516-7 Published online 02 August 2018 第一作者：Franciska T. de Vries 1 通讯作者：Franciska T. de Vries (email: francis ...

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Microbiome杂志和主编简介

刘永鑫 2019-7-7 09:36

Microbiome 期刊简介：IF(2018): 10.465(↑); 月刊，中科院一区；年文章数63/154/220篇。 期刊主页： https://microbiomejournal.biomedcentral.com/ 本杂志获得影响因子仅有3年(微生物组兴趣也没几年)，发文量逐年增长较快，但在同行中影响很大，我们也导读过其多篇文章，偏方法多一些，估计将来会稳中有升，但 ...

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Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST

刘永鑫 2019-6-25 21:38

FEAST: 快速准确的微生物来源追溯工具 FEAST: 快速期望最大化的微生物来源追溯 FEAST: fast expectation-maximization for microbial source tracking Nature Methods 2019-06-10 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-019-0431-x 第一作者：Liat Shenhav 1 通讯作者：Eran ...

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Microbiome：城市海滩和污水中抗生素抗性组研究

刘永鑫 2019-6-25 21:34

城市海滩和污水中抗生素抗性组研究 宏基因组学揭示城市海滩和污水中的抗生素抗性库 Urban metagenomics uncover antibiotic resistance reservoirs in coastal beach and sewage waters Microbiome, 2019-02-28 Articles DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-019-0648-z 第一作者：Pablo Fresia ...

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Gut：北京生科院赵方庆团队揭示人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律

刘永鑫 2019-6-25 17:15

人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律 追踪体内人类口腔微生物组的积累，阐明了胃肠道入口的微生物群落动态变化 Tracing the accumulation of in vivo human oral microbiota elucidates microbial community dynamics at the gateway to the GI tract Gut 2019-06-20 Letter DOI: https: ...

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[转载]linux统计分析命令datamash

刘永鑫 2019-6-24 21:14

本文转载自“生信菜鸟团” 引子 之前写 awk 教程的时候，曾经提到过一些对文本中行列进行某些计算统计的需求，例如使用数组分类求和。一些基本需求 awk 都可以实现，但是写起来稍显复杂。在 R 中使用 dplyr 或者基础函数 aggregate() 可以方便的进行分组操作，如果能在 linux 中使用更加简洁的单行命令针对数值和字 ...

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宏基因组 微生物组 微生态杂志简介及2019最新影响因子

刘永鑫 2019-6-21 08:36

2019年6月20日，2018年度的影响因子发布了，各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。 作为本领域的专业公众号，每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志，为同行文献阅读选择、文章投稿杂志选择、毕业升职加薪助力。 祝大家2019都能实现自己的一个小目标，集齐CNS！ 后台回复 影响因子 ，获得2019最新完整版影响因 ...

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Nat. Med. ：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态

刘永鑫 2019-6-18 15:20

婴儿生命早期肠道病毒组和细菌微生物组的动态 Early life dynamics of the human gut virome and bacterial microbiome in infants 翻译：秋芒树 英国帝国理工学院 责编：刘永鑫 中科院遗传发育所 原文链接： https://www.nature.com/articles/nm.3950 Nature Medine DOI: 10.1038/nm.3950 作者：Efrem ...

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