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QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2020.11): 刘永鑫 2021-2-4 23:03; 语义类型 Semantic types https://docs.qiime2.org/2020.11/semantic-types 所有的QIIME 2的对象（documentation）都定义了语义类型。此文介绍了如何使用这些语义类型，如何在QIIME 2插件中定义新的语义类型。为什么定义语义类型 Why define semantic types? 定义语义类型可以帮助我们确保被传递到某个动作 ...; 个人分类: 扩增子|1206 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2020.11): 刘永鑫 2021-2-4 23:00; 为QIIME 2开发新插件 Developing a QIIME 2 plugin https://docs.qiime2.org/2020.11/plugins/developing/ 注意：本文档还处于正在完善中，仅并作为创建QIIME 2插件的基本说明。您也可以在 https://dev.qiime2.org 上找到一些非常初步的开发人员文档。创建QIIME 2插件可让您向QIIME 2用户提供微生物组分析功能 ...; 个人分类: QIIME2|1331 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins(2020.11): 刘永鑫 2021-2-4 22:54; 可用插件 Available plugins https://docs.qiime2.org/2020.11/plugins/available/ 用户可以通过插件使用QIIME 2微生物组分析功能。 QIIME 2的当前最新版(2020.11)包含以下官方插件： alignment对齐：用于生成和处理序列对齐方法 mafft：使用MAFFT从头进行多序列比对 mask：保守位置和间隙过滤 ...; 个人分类: QIIME2|1407 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 24Python命令行模式Artifact API(2020.11): 刘永鑫 2021-2-4 21:50; Python命令行模式 Artifact API https://docs.qiime2.org/2020.11/interfaces/artifact-api/ 注：本指南假定您已执行“ 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures ”教程中的步骤。在此使用该教程中生成的 table.qza 和 sample-metadata.tsv 文件。 Artifact API是QIIME 2的Python 3应用程序程序员接口（API） ...; 个人分类: QIIME2|1419 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 23图形界面q2studio(2020.11): 刘永鑫 2021-2-3 23:20; 图形界面 q2studio QIIME 2 Studio (q2studio) https://docs.qiime2.org/2020.11/interfaces/q2studio/ 注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列 1简介和安装。在此使用该教程中生成的 table.qza 文件。详者注：图形界面安装依赖关系较多，而且需要在图形界面环境下运行，一般服务器可能不 ...; 个人分类: QIIME2|1641 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2020.11): 刘永鑫 2021-2-3 22:23; 命令行界面 q2cli QIIME 2 command-line interface (q2cli) https://docs.qiime2.org/2020.11/interfaces/q2cli/ 注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列《1简介和安装》。本指南介绍了 q2cli ，它是QIIME 2 Core发行版中包含的QIIME 2命令行界面。教程广泛使用q2cli，因此建议在开始 ...; 个人分类: QIIME2|1524 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 21进化树推断q2-phylogeny(2020.11): 刘永鑫 2021-2-3 22:01; 使用q2-phylogeny进行系统发育推断 Phylogenetic inference with q2-phylogeny https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/phylogeny/ 开始本节分析前，我们假定你已经完成了前面内容的学习。在QIIME 2中可用的几个下游多样性指标要求使用正在研究的操作分类单位（OTU）或精确序列变体（ESV，也叫扩增序列变体A ...; 个人分类: QIIME2|2871 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 20实用程序Utilities(2020.11): 刘永鑫 2021-2-3 21:44; QIIME 2中的实用程序 Utilities in QIIME 2 https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/utilities/ 以下是QIIME 2中提供的许多非基于插件的实用程序。以下文档试图演示其中的许多功能。本文档按接口interface 划分，并尝试交叉引用其他接口中可用的类似功能。 conda activate qiime2-2020.11 命令行 q2cli ...; 个人分类: QIIME2|1567 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 17鉴定和过滤嵌合体q2-vsearch(2020.11): 刘永鑫 2021-1-30 16:05; 鉴定和过滤嵌合体序列 q2-vsearch Identifying and filtering chimeric feature sequences with q2-vsearch https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/chimera/ 注：最好按本教程顺序学习，想直接学习本章，至少完成本系列《1简介和安装》。在QIIME 2中进行嵌合体检验基于 FeatureTable 和 FeatureData ...; 个人分类: QIIME2|1508 次阅读|没有评论

QIIME 2教程. 15样品分类和回归q2-sample-classifier(2020.11): 刘永鑫 2021-1-29 09:48; 预测样本元数据 q2-sample-classifier Predicting sample metadata values with q2-sample-classifier https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/sample-classifier/ 注： q2-sample-classifier 参考文档中提供了通过Python API和命令行界面使用所有插件操作的文档。此实例需要一些基础知识，要求完成本系 ...; 个人分类: QIIME2|1991 次阅读|没有评论

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