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2019年中国云南高通量条形码培训班

2019年云南高通量条形码培训班开始报名

感谢Doug Yu老师的组织

划重点

1. 超值：全免费，包吃包住包机票
2. 超强：老师来自本领域活跃的课题组，有丰富培训经验
3. 超抢：全国15个名额，必须有一定的基础和合理的研究思路

注意本课程不包括细菌/古细菌/病毒的生物多样性

先看看往期培训的合影

2016年高通量条形码培训班照片

再看看B格满满的培训中心

2019年培训地点：The Linden Education Centre

简介

　　2019年高通量条形码（metabarcoding）培训班即将于2019年10月15-26日在云南举办。
　　
　　DNA高通量条形码是一种快速发展的真核生物多样性评估方法，它结合了DNA分类学和高通量测序两种技术，有着非常广泛的应用范围，从环境影响评估、饮食重建、古生态学，到目标物种检验等，同时也结合了生态学、系统学和系统发育学、分子生物学、生物信息学和统计学等领域的研究方法。
　　
　　本次培训班由中国科学院昆明动物研究所主办，中国科学院专项基金资助，为配合国家“一带一路”战略的实施也推进，促进“一带一路”暨发展中国家生物多样性监测与保护方面的科技能力建设，培育与我院开展长期国际合作的发展中国家科技队伍，拓展和加强我院与“一带一路”国家的科技交流与合作。在此之前，我们还将举办为期一天的“一带一路”生物多样性保护前景聚焦国际研讨会，邀请相关领域的专家一同探讨“一带一路”生物多样性相关话题，并交流生物多样性监测的新技术及其发展与相关应用。 　　

日程

　　此次培训班分为两部分，具体安排如下：

　　2019年10月14日：“一带一路”生物多样性监测新技术发展与应用国际会议及前景聚焦（Horizon Scanning）国际研讨会

　　2019年10月15-21日：高通量条形码培训班I（MSI）——高通量条形码及宏基因组学

　　2019年10月22-26日：高通量条形码培训班II（MSII）——R统计学分析及实验技术 　　

　　此次培训班将为30名学员（包括博士生、博士后和专业研究人员）提供国际旅费、中国国内旅费、食宿的资助。学员需要配备合适的笔记本电脑（详见下文），并支付自己的境外旅行、旅游签证和个人费用。

　　MSI：我们的目标是接待15名中国学生和15名其他国家的学生。

　　MSII：我们预计大约有一半的MSI学员将继续参加MSII的学习。 　　

申请

申请、学员筛选及准备工作

　　学员可于2019年5月31日前将英文邮件发送至以下邮箱申请加入培训班：metabarcoding_cas@mail.kiz.ac.cn

　　请准备一个PDF附件，包含以下内容：

　　1、一个简短的简历

　　2、说明您的研究将如何受益于基于DNA的生物多样性评估方法（请先阅读下面的课程安排，课程内容涵盖基于PCR和宏基因组学的方法）。项目描述内容150-200字。请注明您是否愿意参加MSI或同时参加MSI、II。 　　

　　如果申请者超过30人（或超过15份来自中国以外地区的申请），我们将优先考虑以下学员：

　　1、项目已有一定研究基础，且申请人明确培训技术在项目中可能的应用

　　2、来自“一带一路”相关国家

　　3、熟练掌握分子生态学和生物信息学技术（例如，能够使用Unix和R命令行，熟悉PCR原理）

　　4、有良好的英语技能

　　学员必须携带以下容量的笔记本电脑：≥8GB内存，≥150GB SSD自由存储空间，需要有macOS或Ubuntu Linux系统。

　　我们将给被录取的学生布置预备作业。　　

授课教师

• Kristine Bohmann（丹麦自然历史博物馆）
• Frédéric Boyer（法国国家科学研究中心高山生态实验室）
• Anthony Chariton（澳大利亚麦考瑞大学）
• Shyam Gopalakrishnan（丹麦自然历史博物馆）
• 唐敏（中国农业大学）
• 刘山林（中国农业大学）
• Douglas Yu（中国科学院昆明动物研究所；英国东英格利亚大学）
• 其他指导教师（中国科学院昆明动物研究所） 　　

课程安排

　　学校将分为讲座和实习两部分，授课语言为英语，授课现场有中文指导教师。

　　高通量条形码培训1（MSI）：授课涵盖DNA高通量条形码和宏基因组学对真核生物不同方面研究的应用。obitools和DAMe实践课程教授学员学习从原始序列分析到物种×样本表建立的高通量条形码流程，以及R统计学分析。i/eDNA 实践课程将带领学员使用过滤器进行水样的采集。让学员在实践课程中进行PCR引物设计、基于DNA物种鉴定和应用于真核生物宏基因组学的电脑操作方法（Ji et al. 2019; Peel et al. 2019）。注意本课程不包括细菌/古细菌/病毒的生物多样性。

　　所有学员必须做一个简短的演讲（7分钟）来介绍他们的项目，以及基于DNA的生物多样性评估方法将给他们的研究带来怎样的益处。培训的晚上，我们会做一个“Saw One, Did One, Now Teach One”的练习，即学员们将分成三个小组，互相教授当天的核心课程。在用餐时间，我们会调整座位安排，让小组成员互相描述他们的研究项目，并互相提问。简而言之，本课程将使用社交互动来帮助学习和记忆，请做好相应的准备。

1. 高通量条形码流程
2. 引物设计、检测和PCR条件优化
3. obitools高通量条形码流程I和II
4. DAMe高通量条形码流程I和II
5. 水样本的取样方法和i/eDNA
6. PCR和建库准备工作
7. 分类方法
8. 宏基因组方法
9. 研究前沿

　　高通量条形码培训2（MSII）：为了补充MSI的培训效果，本课程将在基于计算机的实践课程中教授R语言统计分析，并在实践课程中教授实验方法。

　　5次上午的培训内容包括：

1. 一般线性模型（回归+方差分析）
2. GLM（interactions, residuals analysis, ggplot2）
3. 群落分析（iNEXT, iNextPD, vegan）
4. 群落分析（NMDS, procrustes, permanova）
5. 群落分析（mvabund, boral, betapart, UpSet & Euler, Krona, metacoder）

　　5次下午的培训内容包括：

1. 样品的采集. 储存. 长途运输
2. DNA提取和对照. 定量
3. PCR对照. 建立和纯化，良好的实验操作
4. 为Illumina测序做DNA建库准备
5. 与导师一起举办针对学员研究项目的讨论会   　　

培训地点

MSI：云南省大理市喜洲镇喜林苑（The Linden Centre）教学中心。
　　
我们将乘长途汽车从昆明到喜洲。大部分学生将住在教学中心的两座教学楼里，根据房间的供应情况，可能会临时做出必要调整。住宿将安排双人、四人间（同性别学员住一间）。课程在喜林苑的杨卓然院举行。

　　喜林苑（The Linden Centre）教学中心：

更多图片请访问以下网址

https://thelindencentre.blog/2018/11/03/the-linden-education-centre-yang-zhuo-rans-home/

吃住情况

http://www.linden-centre.com/accomodation-post/commons/

MSII：云南省昆明市西南生物多样性实验室。

学员们会安排住在附近一家酒店，单人房或双人房。我们期望能够满足所有人的饮食偏好，包括素食者、纯素食者，以及对菌类和昆虫有严格饮食要求的人。　　

旅行

　　学员负责购买自己的机票预订并先付款，我们将在中国以现金形式报销。本次培训班只负担学员的国际旅费部分，学员还需负责自行支付签证费和境外城际旅行费用。您的航班应到达昆明长水国际机场（机场代码：KMG）。我们建议您于10月13日（星期日）到达，这样有时间克服时差问题，并可以参加10月14日的“一带一路”国际会议。只参加MSI培训的学生可以从10月22日开始离校。MSII的学生可以从10月26日晚上开始离校。 　　

要求

　　我们将对性骚扰和其他形式的骚扰实行零容忍政策，且要求学生在上课前签署行为承诺。 　　

参考文献

　　Peel, N., Dicks, L.V., Clark, M.D., Heavens, D., Percival-Alwyn, L., Cooper, C., Davies, R.G., Leggett, R.M., Yu, D.W. (2019) Semi-quantitative characterisation of mixed pollen samples using MinION sequencing and Reverse Metagenomics (RevMet). bioRXiv: https://doi.org/10.1101/551960

　　Ji, Y.Q., Huotari, T., Roslin, T., Schmidt, N.M., Wang, J.X., Yu, D.W., Ovaskainen, O. (2019) SPIKEPIPE: A metagenomic pipeline for the accurate quantification of eukaryotic species occurrences and abundances using DNA barcodes or mitogenomes. bioRXiv: https://doi.org/10.1101/533737

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