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分享 metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接工具
刘永鑫 2019-10-9 23:55
metaSPAdes:新型多功能宏基因组拼接软件 metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler Genome Research, 2017-3-15 Method DOI: https://doi.org/10.1101/gr.213959.116 第一作者:Sergey Nurk 1,4 , Dmitry Meleshko 1,4 通讯作者:Pavel A. Pevzner 1,3* 其它作者:Anton Korobeynikov ...
个人分类: 宏基因组|85 次阅读|没有评论
分享 IDBA-UD:组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
刘永鑫 2019-10-9 22:19
IDBA-UD:用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件 IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth Bioinformatics, 2012-4-11 ORIGINAL PAPER DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 第一作者:Yu Peng ...
个人分类: 宏基因组|108 次阅读|没有评论
分享 Prokka:快速原核基因组、宏基因组基因注释
刘永鑫 2019-9-25 14:45
Prokka:快速原核基因组注释 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 第一作者:Torsten Seemann 通讯作者:Torsten Seemann 其它作者:无 作者主要单位: 莫纳什大学,维多利亚生物信息学联盟, ...
个人分类: 宏基因组|172 次阅读|没有评论
分享 MetaQuast:评估宏基因组拼接
刘永鑫 2019-9-24 19:34
MetaQuast:评估宏基因组拼接 MetaQUAST: evaluation of metagenome assemblies Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv697 第一作者:Alla Mikheenko 通讯作者:Alexey Gurevich 其它作者:Vladislav Saveliev 作者主要单位: 圣彼得堡国立大学转 ...
个人分类: 宏基因组|164 次阅读|没有评论
分享 MEGAHIT:多快好省的宏基因组装工具
刘永鑫 2019-9-4 16:54
MEGAHIT:通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案 MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph Bioinformatics, 2015-01-20 Article DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033 ...
个人分类: 宏基因组|302 次阅读|没有评论
分享 Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
刘永鑫 2019-9-4 16:50
Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类 Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments Genome Biology, 2014-03-03 Method DOI: https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46 第一作者:Derrick E Wood 1,2* 通讯作者:Derrick E Wood 1,2* 其它作者: ...
个人分类: 宏基因组|292 次阅读|没有评论
分享 Nature Methods:宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
刘永鑫 2019-9-4 11:26
宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2 MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling Nature Methods 2015-09-26 Correspondence (通讯) DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.3589 第一作者:Duy Tin Truong 1 通讯作者:Nicola Segata 1 作者单位: 1 意大利特兰 ...
个人分类: 宏基因组|226 次阅读|没有评论
分享 Microbiome:NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
刘永鑫 2019-8-15 00:24
NG-meta-profiler:使用NGLess(一种领域专用语言)快速处理宏基因组 NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language Microbiome , 2019-06-03 Article DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-019-0684-8 全文可开放获取 https://microbiome ...
个人分类: 宏基因组|230 次阅读|没有评论
分享 R语言一键批量完成差异统计和可视化
刘永鑫 2019-6-10 23:24
撰文:文涛 南京农大 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 R语言一键完成差异检测从数据到展示 单因素 差异 分析的完整方案 关键词:正态性检验;方差齐性;非参数检验;秩和检验;多重比较;带显著性字母柱状图或箱线图 由于作者水平有限,大家可以添加我的个人微信讨论细节、bug和可改进的地方(微信号:nanjingxuez ...
个人分类: 宏基因组|988 次阅读|没有评论
分享 WebMGA:超快的基因组序列聚类注释在线工具
刘永鑫 2019-3-30 21:01
超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA 撰文:周晗 中南大学 审稿:刘永鑫 中科院遗传发育所 (宏)基因组学是测序研究生物功能的新领域。如今测序技术一直在进步,成本也大幅下降,数据在大量增加,但数据分析是非常耗时的,并且(宏)基因组注释涉及广泛的计算工具,这些工具难以轻松掌握。少数可用Web服务器提 ...
个人分类: 宏基因组|1226 次阅读|没有评论

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