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分享 R语言一键批量完成差异统计和可视化
刘永鑫 2019-6-10 23:24
撰文:文涛 南京农大 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 R语言一键完成差异检测从数据到展示 单因素 差异 分析的完整方案 关键词:正态性检验;方差齐性;非参数检验;秩和检验;多重比较;带显著性字母柱状图或箱线图 由于作者水平有限,大家可以添加我的个人微信讨论细节、bug和可改进的地方(微信号:nanjingxuez ...
个人分类: 宏基因组|459 次阅读|没有评论
分享 WebMGA:超快的基因组序列聚类注释在线工具
刘永鑫 2019-3-30 21:01
超快的基因组序列聚类注释在线工具WebMGA 撰文:周晗 中南大学 审稿:刘永鑫 中科院遗传发育所 (宏)基因组学是测序研究生物功能的新领域。如今测序技术一直在进步,成本也大幅下降,数据在大量增加,但数据分析是非常耗时的,并且(宏)基因组注释涉及广泛的计算工具,这些工具难以轻松掌握。少数可用Web服务器提 ...
个人分类: 宏基因组|841 次阅读|没有评论
分享 bioRxiv:生物预印本服务器简介和发布指南
刘永鑫 2019-3-3 13:18
https://www.biorxiv.org/ 什么是bioRxiv About bioRxiv https://www.biorxiv.org/about-biorxiv bioRxiv发音为 bio-archive ,提供是生命科学免费的末发表预印本在线存储和发布服务。它由非营利的研究和教育机构冷泉港实验室运维。当在bioRxiv上发布预印本后,作者可以使研究成果对整个科研群体可用,并在投稿 ...
个人分类: 宏基因组|971 次阅读|没有评论
分享 CHM:新生儿肠道微生物菌群研究
刘永鑫 2019-2-18 23:34
CHM:婴儿出生后第一年肠道微生物组的动态变化和稳定 Dynamics and Stabilization of the Human Gut Microbiome during the First Year of Life 翻译:秋芒树 英国帝国理工学院 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 原文链接: https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(15)00162-6 Cell Host a ...
个人分类: 宏基因组|456 次阅读|没有评论
分享 NBT:超高速细菌基因组检索技术
刘永鑫 2019-2-17 07:44
超高速搜索现存细菌和病毒基因组 Ultrafast search of all deposited bacterial and viral genomic data Nature Biotechnology, 10.1038/s41587-018-0010-1 原文链接: https://www.nature.com/articles/s41587-018-0010-1 第一作者:Phelim Bradley 通讯作者:Zamin Iqbal 其它作者:Henk C den Bakker, ...
个人分类: 宏基因组|422 次阅读|没有评论
分享 一作解读:Microbiome马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
刘永鑫 2019-2-3 15:37
Microbiome:马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展 撰文:史文聪 山东农业大学生命科学学院 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 文章信息 题目:The occurrence of potato common scab correlates with the community composition and function of the geocaulosphere soil microbiome 链接: https://microbiome ...
个人分类: 宏基因组|876 次阅读|没有评论
分享 QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)
刘永鑫 2018-12-20 20:39
前情提要 文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程 1简介和安装 QIIME 2 插件工作流程概述 Overview of QIIME 2 Plugin Workflows 本节内容8287字,并包括8张流程图。即是对QIIME 2工作流程的概述,也是对扩增子分析过程的高度概括和总结,建议仔细阅读,新人和老司机会有不同的感觉, ...
个人分类: 宏基因组|1155 次阅读|没有评论
分享 NBT:宏基因组10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组
刘永鑫 2018-12-4 19:34
读云(read clouds)组装高质量末培养的微生物基因序列 High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds Nature Biotechnology, 链接: http://dx.doi.org/10.1038/nbt.4266 第一作者:Alex Bishara 通讯作者:Serafim Batzoglou, Ami S Bhatt 主要单位:加州,斯坦福大 ...
个人分类: 宏基因组|666 次阅读|没有评论
分享 2019微生物组—宏基因组分析专题研讨会
刘永鑫 2018-11-22 07:51
在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在 2019年3月22-24日,北京鼓楼 推出《 宏基因组分析 》专题培训第三期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集中讲解答疑+上 ...
个人分类: 宏基因组|1831 次阅读|没有评论
分享 Nature Protocols:整合高通量组学数据集鉴定潜在机制联系的计算框架
刘永鑫 2018-11-7 09:47
整合高通量组学数据集鉴定潜在机制联系的计算框架 A computational framework to integrate high-throughput ‘-omics’ datasets for the identification of potential mechanistic links Nature Protocols, , Article, 2018-10-31 原文链接: http://dx.doi.org/10.1038/s41596-018-0064-z 第一作者:Hell ...
个人分类: 宏基因组|451 次阅读|没有评论

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