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QIIME 2教程. 02插件工作流程概述Plugin Workflows Overview(2020.2)
刘永鑫 2020-4-14 20:23
前情提要 Nature Biotechnology:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装IntroductionInstall QIIME 2插件工作流程概述 Overview of QIIME 2 Plugin Workflows 英文原文见: https://docs.qiime2.org/2020.2/tutorials/overview/ 正文共:9858 字 9 图 1 视频 预计阅读时间: 2 ...
个人分类: 扩增子|228 次阅读|没有评论
NatureProtocols:使用MicrobiomeAnalyst统计和功能分析微生物组数据
刘永鑫 2020-3-23 21:10
使用MicrobiomeAnalyst进行微生物组数据的全面统计、功能和元分析 Using MicrobiomeAnalyst for comprehensive statistical, functional, and meta-analysis of microbiome data Nature Protocols Impact Factor 11.334 https://doi.org/10.1038/s41596-019-0264-1 发表日期:2020-01-15 第一作者:Jas ...
个人分类: 扩增子|988 次阅读|没有评论
NBT:扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)
刘永鑫 2020-2-12 19:34
扩增子测序的最小信息标准和测序规范 Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications 译者:文涛 南京农业大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 Nature Biotechnology 2011-05-06 Articles doi: https://doi ...
个人分类: 扩增子|321 次阅读|没有评论
USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程
刘永鑫 2019-7-29 17:08
USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程 USEARCH中文帮助文档(USEARCH Chinese manual) USEARCH官方英文主页: http://www.drive5.com/usearch/ 本站经USEARCH作者Robert Edgar授权,由《宏基因组》公众号翻译的中文帮助文档和系列教程。 USEARCH简介 USEARCH是最好用的扩增子分析流程,在体积仅1 MB的软件中 ...
个人分类: 扩增子|1039 次阅读|没有评论
NAR:MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具
刘永鑫 2018-11-20 21:59
微生物组分析师:统计、可视和元分析微生物组数据的网页工具 MicrobiomeAnalyst — comprehensive statistical, visual and meta-analysis of microbiome data 第一作者:Achal Dhariwal 通讯作者:夏建国 Jianguo Xia 主要单位:加拿大魁北克,麦吉尔大学,动物科学系,寄生虫研究所,微生物与免疫系,微生物 ...
个人分类: 扩增子|3937 次阅读|没有评论
2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题培训开课啦!
刘永鑫 2018-11-19 20:57
在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在 2019年1月11-13日北京鼓楼 推出《 扩增子有参无参分析和功能预测 》专题培训第二期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集 ...
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Microbiome:土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环(一作解读)
刘永鑫 2018-11-1 08:12
主编按:焦硕博士早年发表的 《SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究》 相当经典,我们又约了焦博士近期发表于《Microbiome上关于退耕还林土壤剖面养分循环研究》的一作解读,以飨读者。 不同装配模式的土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环 Soil microbiomes with distinct assemb ...
个人分类: 扩增子|1064 次阅读|没有评论
SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
刘永鑫 2018-10-31 08:57
作者简介:焦硕,博士毕业于西北农林科技大学,目前在北京大学做博士后。 文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005 主编按:此文于2016年发表于Soil Biology and Biochemistry (IF=4.926),文章思路清楚、图表美观,发表不到两年引用24次(超杂志平均引用2倍),更被众多同行选为学习的经典示范材 ...
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没有云平台,又不会代码?MicrobiomeAnalyst:一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具
刘永鑫 2018-10-23 15:45
陕西省微生物研究所 常帆 主要研究方向为土壤微生态,同时负责服务器维护和相关流程搭建。 本文宏基因组公众号原创文章,作者常帆, 编辑、校稿、排版 刘永鑫 简介 文章简介 MicrobiomeAnalyst,综合微生物组学数据网页工具,2017年发表在Nucleic Acids Research上:MicrobiomeAnalyst - a web-based tool for ...
个人分类: 扩增子|1960 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2020-6-4 13:52

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