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分享 DADA2中文教程v1.8
刘永鑫 2019-2-7 22:24
DADA2 R包中文使用指南 DADA2 Pipeline Tutorial 本文翻译自DADA2英文使用指南: http://benjjneb.github.io/dada2/tutorial.html 写在前面 我们将在一个小时内对DADA2(ver 1.8)包进行一个初步系统的学习。本教程使用的是已拆分好的双端illumina测序下机数据,barcode或者接头序列已经被去除。通过本流程我们 ...
个人分类: 扩增子|1580 次阅读|没有评论
分享 NAR:MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具
刘永鑫 2018-11-20 21:59
微生物组分析师:统计、可视和元分析微生物组数据的网页工具 MicrobiomeAnalyst — comprehensive statistical, visual and meta-analysis of microbiome data 第一作者:Achal Dhariwal 通讯作者:夏建国 Jianguo Xia 主要单位:加拿大魁北克,麦吉尔大学,动物科学系,寄生虫研究所,微生物与免疫系,微生物 ...
个人分类: 扩增子|2030 次阅读|没有评论
分享 2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题培训开课啦!
刘永鑫 2018-11-19 20:57
在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在 2019年1月11-13日北京鼓楼 推出《 扩增子有参无参分析和功能预测 》专题培训第二期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创四段式教学(3天集中授课+自行练习2周+再集 ...
个人分类: 扩增子|1044 次阅读|没有评论
分享 Microbiome:土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环(一作解读)
刘永鑫 2018-11-1 08:12
主编按:焦硕博士早年发表的 《SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究》 相当经典,我们又约了焦博士近期发表于《Microbiome上关于退耕还林土壤剖面养分循环研究》的一作解读,以飨读者。 不同装配模式的土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环 Soil microbiomes with distinct assemb ...
个人分类: 扩增子|564 次阅读|没有评论
分享 SBB-2016-石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究
刘永鑫 2018-10-31 08:57
作者简介:焦硕,博士毕业于西北农林科技大学,目前在北京大学做博士后。 文章链接 https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.04.005 主编按:此文于2016年发表于Soil Biology and Biochemistry (IF=4.926),文章思路清楚、图表美观,发表不到两年引用24次(超杂志平均引用2倍),更被众多同行选为学习的经典示范材 ...
个人分类: 扩增子|1138 次阅读|没有评论
分享 没有云平台,又不会代码?MicrobiomeAnalyst:一款综合的可视化微生物组学数据分析网页工具
刘永鑫 2018-10-23 15:45
陕西省微生物研究所 常帆 主要研究方向为土壤微生态,同时负责服务器维护和相关流程搭建。 本文宏基因组公众号原创文章,作者常帆, 编辑、校稿、排版 刘永鑫 简介 文章简介 MicrobiomeAnalyst,综合微生物组学数据网页工具,2017年发表在Nucleic Acids Research上:MicrobiomeAnalyst - a web-based tool for ...
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分享 扩增子分析QIIME2(2018.6). 1简介和安装
刘永鑫 2018-8-15 10:09
扩增子分析QIIME2. 1简介和安装 QIIME2版本 2018.6 更新时间:2018年8月14日 声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并测试有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 中文帮助链接: ...
个人分类: 扩增子|1262 次阅读|没有评论
分享 易生信-扩增子教程01-背景介绍
刘永鑫 2018-6-20 20:54
距离上次《生信宝典》联合《宏基因组》组织的扩增子分析线下培训结束己经有三个多月了。为方便广大读者的学习,现在开始陆续分享上次培训的内部资料——理论课程课件。希望对想自学分析的朋友起到一定帮助作用。 举一个简单的例子,学过高中生物的人都知道,孟德尔发现遗传学基本规律是(基因分离定律、基因自由 ...
个人分类: 扩增子|1446 次阅读|没有评论
分享 VSEARCH让你免费使用无内存限制的USEARCH
刘永鑫 2018-3-8 13:42
本文“宏基因组”公众号原创。 作者:舟行天下 编辑:metagenome 前言 前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用,详情见文章: 扩增子分析神器USEARCH简介 。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器!该软件依靠大神Robert Edgar开发的UPARSE,UNOISE等算法,在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确 ...
个人分类: 扩增子|5417 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2019-7-24 17:04

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