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csvtk:命令行下表格统计分析、数据筛选、替换、整理神器
刘永鑫 2020-3-5 20:20
内容主要来自csvkt官方中文介绍 https://bioinf.shenwei.me/csvtk/chinese/。有改动,内容有增加 如同生物信息领域中的FASTA/Q格式一样,CSV/TSV作为计算机、数据科学和生物信息的基本格式,应用非常广泛。常用的处理软件包括: 以微软Excel为代表的电子表格软件 Notepad++/SublimeText等文本编辑器 sed/awk/cu ...
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GraPhlAn教程中文版——超炫物种树进化树绘制
刘永鑫 2020-2-27 23:47
GraPhlAn教程中文版 GraPhlAn tutorial原文链接: https://bitbucket.org/nsegata/graphlan GraPhlAn是一个软件工具,可用于生成分类树和系统发育树的高质量圆形表示形式。 它着重于系统发育和分类学驱动的研究的简洁、整合、信息丰度信,输出结果图片可直接用于高水平文章发表使用。 概述Overview 下图报告了GraPhl ...
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宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门
刘永鑫 2020-2-18 20:12
有时间可以写一个megan的中文教程。详细介绍软件、数据库安装,示例数据分析和结果描述。这个也引用了几千次,可以学一下。该软件还支持跨平台,我们分析在Linux和Windows上安装和测试,供不同用户选择使用。 MEGAN-宏基因组功能和物种分类 MEGAN用于功能和物种分类 官网 。这里有付费版和免费版本。我们以免费版为例 ...
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16S扩增子分析专题研讨论会——背景介绍
刘永鑫 2019-11-27 22:27
整理一下我近期报告的PPT、文稿和视频,分享给大家,希望对同行有所帮助。 本节课程视频共分3部分。 https://v.qq.com/x/page/t3015tp7d5u.html Part 1. 21扩增子分析背景介绍p1-23,23min https://v.qq.com/x/page/j3015gkf92g.html Part 2. 21扩增子分析背景介绍p24-39,32min https://v.qq.com/x/page/m301 ...
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Microbiome:植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组
刘永鑫 2019-11-19 20:24
植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物群落变化 Root-associated microbiomes of wheat under the combined effect of plant development and nitrogen fertilization Microbiome Impact Factor 10.465 | CiteScore 9.86 https://doi.org/10.1186/s40168-019-0750-2 发表日期:2019-10-22 第一作者:Sh ...
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metaProdigal:宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测
刘永鑫 2019-10-7 11:42
metaProdigal:宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测 Gene and translation initiation site prediction in metagenomic sequences Bioinformatics, 2012-7-12 ORIGINAL PAPER DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts429 第一作者:Doug Hyatt 1,2* 通讯作者:Doug Hyatt 1,2* 其 ...
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Prodigal:原核基因识别和翻译起始位点鉴定
刘永鑫 2019-9-25 16:41
Prodigal:原核基因识别和翻译起始位点鉴定 Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification BMC Bioinformaticsvolume, 2010-3-8 Software DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119 第一作者:Doug Hyatt 1,2* 通讯作者:Doug Hyatt 1,2* 其它 ...
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Nature Biotechnology:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台
刘永鑫 2019-7-25 17:08
2010年发表于 Nature Methods 的QIIME 是微生物组领域最广泛使用的扩增子数据分析流程,截止2019年7月25日,Google Scholar统计引用 15,831 次。随着近年来测序通量的提高和超大规模研究的开展,其软件架构己法满足未来微生物组大数据和可重复分析的要求。 为满足大数据和可重复分析的需求,由QIIME项目第一作者Gr ...
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PICRUSt2:OTU或ASV等16S随便预测宏基因组且数据库增加10倍
刘永鑫 2019-4-14 21:56
PICRUSt推出了近6年,引用2500余次。 现推出PICRUSt2 https://github.com/picrust/picrust2 具有以下三大优势: 任何OTU/ASV直接预测功能; 数据库扩大10倍; 一条命令完成全部分析。 简介 https://github.com/picrust/picrust2/wiki PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstru ...
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玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
刘永鑫 2019-4-3 21:46
其实Win7/10系统中其实自带了一款软件叫“截图工具”,一般截图就够用了。 但我们今天给大家带来一个全能型截图工具,助力你工作、生活和撰写笔记。 FastStone Capture屏幕截图软件 FastStone Capture是一款经典好用的屏幕截图软件,FastStone Capture可以捕获BMP、GIF、JPEG等众多格式的图片,软件还具有屏幕录 ...
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