科学网

 找回密码
  注册
搜索
热搜: 科学 论文
搜索
分享 PICRUSt2:OTU或ASV等16S随便预测宏基因组且数据库增加10倍
刘永鑫 2019-4-14 21:56
PICRUSt推出了近6年,引用2500余次。 现推出PICRUSt2 https://github.com/picrust/picrust2 具有以下三大优势: 任何OTU/ASV直接预测功能; 数据库扩大10倍; 一条命令完成全部分析。 简介 https://github.com/picrust/picrust2/wiki PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstru ...
个人分类: 软件|3008 次阅读|没有评论
分享 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
刘永鑫 2019-4-3 21:46
其实Win7/10系统中其实自带了一款软件叫“截图工具”,一般截图就够用了。 但我们今天给大家带来一个全能型截图工具,助力你工作、生活和撰写笔记。 FastStone Capture屏幕截图软件 FastStone Capture是一款经典好用的屏幕截图软件,FastStone Capture可以捕获BMP、GIF、JPEG等众多格式的图片,软件还具有屏幕录 ...
个人分类: 软件|485 次阅读|没有评论
分享 GraPhlAn:最美进化树或层级分类树学习笔记
刘永鑫 2019-3-21 21:52
Graphlan可视化进化树 撰文:文涛 南京农业的大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 GraPhlAn简介 总体来讲,Graphlan是一个可视化进化树和基于分类等级绘制层级分类树的工具。可以制作分类树是它不同于R包ggtree和iTOL的地方。然就进化树而言,iTOL功能最为全面,ggtree最容易上手,从功能上来讲graphlan很多地方不 ...
个人分类: 软件|491 次阅读|没有评论
分享 Nature子刊:微生物来源分析包SourceTracker——结果解读和使用教程
刘永鑫 2019-3-3 20:54
前一阵我们翻译Rob Knight的综述,1.8万字,让你熟读2遍轻松握掌微生物组领域分析框架、把握未来分析趋势。目前在宏基因组平台累计1.9万人次,热心肠平台首发阅读8500+,科学网加精置顶阅读8700+,CSDN阅读1200+,四大平台阅读人数近4万次。 还没有仔细学习的,赶快读两遍吧! Nature综述:大佬手把手教你分析菌群 ...
个人分类: 软件|593 次阅读|没有评论
分享 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
刘永鑫 2019-2-9 19:01
如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图 作者:赵维 中国科学院天津工业生物技术研究所 审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所 写在前面 关于LEfSe分析,相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中,仍然会遇到一些问题。LEfSe以出图美观的优势吸引大家用它 ...
个人分类: 软件|1059 次阅读|没有评论
分享 cap3拼接sanger序列:在线+本地分析方法实战
刘永鑫 2019-2-4 08:59
简介 Cap3是一款历史悠久的序列拼接软件,非常适合Sanger序列拼接。此软件于1999年发表于Genome Rsearch杂志,目前Google统计引用4885次(截止2019年1月30号)。 Huang, X. and Madan, A. (1999) CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res., 9, 868-877. 优秀的软件都会有在线版和本地版两个版本。在线版方便 ...
个人分类: 软件|494 次阅读|没有评论
分享 SCI-HUB客户端(文献神器V4.0)——下载文献如此简单
刘永鑫 2019-1-15 19:50
如何简洁而优雅的下载文献? Sci-hub是大家常用文献下载神器。其数据库包括了8160万篇免费文献,能满足99%的论文需求;其用户分布在全球各个国家,中国用户数量最多。 如果有一天,你收藏的Sci-hub网址无法访问了怎么办? sci-hub确实好用,但是由于版权问题被迫经常更换网址。为了解决随时能在sci-hub下载文献,一 ...
个人分类: 软件|2219 次阅读|没有评论
分享 Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图
刘永鑫 2018-12-13 21:41
利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图 作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次,历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,70 ...
个人分类: 软件|1280 次阅读|没有评论
分享 Nature Method:DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
刘永鑫 2018-12-8 11:27
基于多宏基因组样本的细菌生物动态定量和比较 Quantifying and comparing bacterial growth dynamics in multiple metagenomic samples Nature Methods, , Article, 2018-11-12 原文链接: https://www.nature.com/articles/s41592-018-0182-0 第一作者:Yuan Gao 通讯作者:Hongzhe Li 主要单位:宾西法尼亚 ...
个人分类: 软件|849 次阅读|没有评论
分享 BIOM:生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
刘永鑫 2018-12-1 21:09
简介 http://biom-format.org/ BIOM格式 是微生物组领域最常用的结果保存格式 ,优点是 可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中,且格式统一,体积更小巧 ,目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持: QIIME MG-RAST PICRUSt Mothur phyloseq MEGAN VAMPS metagenomeSeq ...
个人分类: 软件|780 次阅读|没有评论

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-7-20 17:31

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部