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如何快速查看一个基因在各个肿瘤中的表达情况
热度 1 陈莉娜 2017-3-6 13:58
数据挖掘除了基因之间的定性关系,若想进行更深层面的研究,还是得落到原始数据上去。但找原始数据,还要整理,简直生无可恋。 表达雷达 今天介绍一个小工具-表达雷达,可查看基因在各个肿瘤中的表达概况,这么多的信息,感觉想咋用咋用。看文献找到一个感兴趣的基因,可以用它看看在某些肿瘤中是否差异表达;自己 ...
12013 次阅读|2 个评论 热度 1
原来基因的上下游如此好找
陈莉娜 2017-3-3 12:40
搞生物的羡慕搞化学的,做机制的羡慕做应用的,生物研究机制的,此处省略100字(说多都是泪)虽说如此,但本人还是偏向于机制研究类的,一定是小时候十万个为什么看多了。 今天就先来聊聊调控机制二三事…… 在机制探索中,通常第一步是找出关键基因,继而以它为中心展开,看其受到哪些基因调控,又调控了哪些 ...
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零基础也可以做RNA-seq差异分析
陈莉娜 2017-3-3 12:33
基因表达谱的 差异分析 是RNA-seq中最常见的应用。你眼中的RNA-seq差异分析或许是酱紫的,对不会编程,不懂统计,纯正生物学出生的人, 内心简直SOS …… 但有些人眼中的RNA-seq差异分析却是这样的,借助云平台和图形化界面,生信零基础同样可以做RNA-seq差异分析。 本人也是第一次尝试,一起来看看云平 ...
个人分类: 生信分析|14634 次阅读|没有评论
一键获取基因的TF,miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络
热度 2 陈莉娜 2016-12-1 11:12
在做基因研究的时候,有时苦于寻找其上下游调控基因,TF,miRNA等。数个数据库,N篇文献来回翻,才能辛辛苦苦拼起一张基因调控网络图。 GCBI的调控网络功能, 一键就可查实现查看某个基因的调控网络,内容涵盖其上下游调控基因,TF,miRNA,lncRNA。 如想知道CXCL14的调控网络,怎么破? 进入GCBI官网- ...
10245 次阅读|2 个评论 热度 2
如何在现有数据上,再发1+篇文章
陈莉娜 2016-11-30 09:43
在之前我们分别介绍了研究mRNA,miRNA,lncRNA的实验思路,在各自成文后,还能否进行联合分析从中挖掘更多有意思的东西呢? 这就是今天要介绍的ceRNA网络分析。 ceRNA ceRNA(competing endogenous RNAs) , 竞争性內源RNA,其 不是新的RNA,而 是从功能上定义的一类RNA的总称。 ceRNA具有miRNA结合位 ...
个人分类: 生信分析|6373 次阅读|没有评论
课题方向不知从何下手,看这里
陈莉娜 2016-11-24 11:31
在科研的道路上,似乎每一步都显得十分不易,从课题方向的选择,实验的实施,到最后文章的撰写。 今天我们就来聊聊第一步,课题方向的选择问题。 课题决定了研究高度,有时是不是在课题方向上不知从何下手?对此,在这给大家支简单的两招。 第一招 结合热点 最好是结合热点,热点,热点,重要的事 ...
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如何快速get权威文献
陈莉娜 2016-11-23 10:56
一入科研深似海,从此周末是路人。 文献检索 作为必备的技能之一,是否已升至满级。 文献海海,如何快速找到 the exact one,最相关,最新,最权威,下面提供自己常用的途径。 从PubMed到GoPubMed PubMed 海量的文献数据+简便快捷的搜索方式成为生物医学科研工作者文献检索的首选, ...
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什么样的lncRNA研究能登顶Science
热度 2 陈莉娜 2016-11-15 10:38
长链非编码RNA(Longnon-coding RNA,LncRNA)是长度大于 200个核苷酸的非编码 RNA。LncRNA一直是研究的热点,其作用机制多元,并不像miRNA那样具有固定的模式,这也是研究的难点之一。 那如何去开展LncRNA研究呢? 在转录组研究中,研究思路不外乎高通量测序,差异表达分析,选择感兴趣的基因进行功能 ...
个人分类: 生信分析|16632 次阅读|4 个评论 热度 2
轻松发4.5分SCI,你也可以的
陈莉娜 2016-10-28 13:31
今天看到一个新闻,说青岛大学教授郁金泰博士在8年不到的时间里发表了232篇论文,在近连续三年中平均每5.3天发表一篇论文。小编不仅被震惊到了,而且深受打击…… 发文章到底有没有捷径? 肯定有,不然每5.3天一篇是什么概念。郁博士的成就应该非常人所能企及。 那有没有完全可以复制的模板呢? 今天给大 ...
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三点搞定GEO数据上传
陈莉娜 2016-10-26 10:39
做芯片或测序相关实验,发表文章有时需将数据上传至GEO,获得相应的ID号。 那如何上传呢? 今天在这里给大家整理了一份 操作指南 。 1st GEO 简介 GEO,Gene Expression Om nibus 的简称,是NCBI旗下的一个分支数据库,其主要 存储高通量功能基因组学数据 ,如芯片和测序的数据。 GEO分为G ...
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