LLina的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/LLina

博文

一键获取基因的TF,miRNA、lncRNA及上下游基因调控网络

已有 10249 次阅读 2016-12-1 11:12 |系统分类:科研笔记

在做基因研究的时候,有时苦于寻找其上下游调控基因,TF,miRNA等。数个数据库,N篇文献来回翻,才能辛辛苦苦拼起一张基因调控网络图。

GCBI的调控网络功能,一键就可查实现查看某个基因的调控网络,内容涵盖其上下游调控基因,TF,miRNA,lncRNA。

如想知道CXCL14的调控网络,怎么破?

进入GCBI官网-基因雷达页面

GCBI官网   www.gcbi.com.cn

搜索CXCL14



基因雷达的展现分为四个维度——科研热度(原全景雷达)、相关疾病(原疾病雷达)、调控网络和表达概况 。

调控网络结果

点击调控网络, 出现如下CXCL14的调控网络,如下图所示,与之相关的基因,TF, lncRNA全都展现在了图中。


界面由三部分组成,图,标识说明和详细列表。

以和弦图展示,由目的基因发散出与之相关的基因、TF、miRNA和lncRNA,相同种类且具有相同功能的以同种颜色展示,具体可参照左上方的标识说明。

点击图上的圆点,下方会展示详细信息。

若想将去掉一些不关注的点,让调控全景图更聚焦,可直接点击左上方相关的标识说明即可。若想了解更多,可点击右上方的demo查看例子详情。

调控网络基于Pubmed,Mesh,KEGG等数据库,将已经有文献报道,数据挖掘以及数据库中的基因与基因、miRNA、TF、LncRNA的调控关系进行了整理,组成了现有的调控网络。




http://blog.sciencenet.cn/blog-3227893-1017997.html

上一篇:如何在现有数据上,再发1+篇文章
下一篇:零基础也可以做RNA-seq差异分析

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (2 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2020-7-6 11:17

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部