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并行计算遇到的困难

已有 4379 次阅读 2011-4-19 20:50 |系统分类:科研笔记

    并行计算这个老大难的问题困扰我有一段时间了,openmp显然不够用,mpi也暂时找不到足够的集群资源(至少要数百cpu来计算才现实),剩下一个CUDA并行编程,但从JHU用过它的大神对我表示它看上去很美(在每个结点的运算量不能很大,所以目前能应用的并行可能很有限)。

    这迫使我回过头来审视自己的算法,我的算法用的是粒子的精确运动方程,需要大规模模拟,而关于其的粗略方程模拟的结果国外已有,而且在大尺度上符合得很好,再重复别人的工作自己觉得意义不大,所以寄期望于用精确方程来探究模型中小尺度或局部的细节情形,这样毫无疑问地造成了计算成本的几何级增长。难道真的就得放弃自己的想法吗,受制于方法学的感受真的很不好,改算法是我最后迫不得已才会采用的退路。

    今天用我的i3处理器,6g内存的台式机在windows上的IVF算了5个粒子(用的串行代码)运行了一次,大概要10分钟左右。如果就这么单线程运行,模拟完我的大规模粒子得要63年,如果能有1024个核的cluster供我使用的话,可以缩短到22天左右,是可以接受的。

    PS:JHU的大神看了我发给他的我们学校的高性能计算中心的主页(一共200多个cpu,而且只能分配几十个给我用),很鄙视地说,你们学校这机器好老,我说这据说可是前几年学校刚花了上千万RMB配置的,囧。


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