Pubmedy

陈泽庸 2020-8-6 12:58

重新写了Pubmedy，之前的Pubmedy被删过很多次，再加上pubmed大改版，导致Pubmedy无法使用。 使用方法： 安装Tampermonkey插件 访问https://greasyfork.org/zh-CN，根据使用的浏览器安装相应的Tampermonkey插件。这也就意味着改版后的pubmedy可以支持所有主流浏览器了。 安装Pubmedy 安装完Tampermonkey插件后 ...

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蛋白晶体对称性及65种空间群

陈泽庸 2019-12-16 12:31

晶体的对称操作可以分为宏观和微观两类，宏观对称元素是反映晶体外形和其宏观性质的对称性，而微观对称元素与宏观对称元素配合运用就能反映出晶体中原子排列的对称性。 其中宏观对称元素包括：对称中心（点），对称轴（线），对称面（面）及对称中心与旋转－反演轴。 一、天然生物大分子晶体的五种宏观基本对称元素 ...

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Ubuntu系统下安装Rosetta的过程

陈泽庸 2019-12-13 17:41

记录下Ubuntu TLS 18.04中安装Rosetta的过程 最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7 1. 安装BOOSTPython2.7.15 sudoapt-getinstalllibboost-dev sudoapt-getinstallpython 2. 编译器的选择 最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性； 如果系统中没有C++编译器 ...

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2017年杂志SCI影响因子EXCEL/PDF版下载(2018年6月26日公布)

陈泽庸 2018-6-28 10:05

2018年6月26日刚刚发布了2017年杂志影响因子(SCI impact factor)， 该影响因子反映的是2015和2016年该杂志上发表文章的引用情况。下载链接： 最新版SCI影响因子下载

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Pymol获得蛋白中二级结构信息

陈泽庸 2018-4-18 16:42

open(d:/secondary.txt,w).writelines( ) 其中protein-name需要替换成序列名称，结果会保存到d:/secondary.txt

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微卫星不稳定性MSI/MMR（错配修复）

陈泽庸 2018-3-7 10:19

MSI/MMR检测可用于有效地评估PD-1单抗免疫治疗在癌细胞治疗中的效益。 MSI（Microsatellite instability，微卫星不稳定性），是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星序列长度改变的现象，常由错配修复(MMR)功能缺陷引起。MSI现象于1993年被Jacobs等人在结直肠癌中首次发现，与癌症发生有关，可用于癌症检测。 微 ...

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MySQL从.ibd文件恢复表数据

陈泽庸 2018-3-1 13:27

前天，本地wampserver启动不了（黄标），目测是因为这几天进行过太多的数据库操作导致的。结果，一时脑抽，选择了重新安装wampserver。安装很顺利，启动也很正常（绿标），晴天霹雳的是数据库用不了了。哇咔咔，真是脑残的可以！！ 搜索了好多资料，也做过好多尝试，终于恢复数据成功。下面记录下数据恢复过程。 网上的 ...

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Windows下深度学习环境搭建Anaconda+TensorFlow+Keras

陈泽庸 2018-2-25 14:14

系统环境：Windows 10家庭中文版，64位 显卡：Interl(R) HD Graphic(集成显卡)、 由于没有独立显卡，所以只能玩CPU版的TensorFlow，GPU对应的TensorFlow叫tensorflow-gpu。 Tensorflow 的安装方式很多. 比如官网提供的: Pip 安装 Virtualenv 安装 Anaconda 安装 Docker 安装 从安装源 安装 本文介绍Anacond ...

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Pymol中两个残基距离太近导致显示在一起的问题

陈泽庸 2018-2-23 12:58

今天有客户反映说他做完分子对接后，用Pymol打开，发现两个没有共价键形成的残基之间以共价键连接了在一起。收到客户发过来的文件后，用Disconvery Studio Viusalizer打开后，这两个残基确实没有形成共价键。 那么肯定就是Pymol的问题了。搜索一番后找到了解决问题的方法，解决方法如下： PyMOL sometimes displays bond ...

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