xbinbzy的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/xbinbzy


  • metagenomics,微信号xbinbzy66,

    • 生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学

    扫一扫,分享此博客主页
你需要登录后才可以留言 登录 | 注册


DrCamille 2017-8-4 10:00
肖老师您好!
看到您的博文,对我现在的数据处理非常有帮助,先感谢您这么耐心详细的分享。
我的问题是,我想对高通量测序的数据进行lefse分析,在自己的mac电脑上,怎么才能安装lefse呢?
您能指点一下mac下安装lefse的大概流程步骤吗?
pip 和mvtnorm 已经在终端安装好。
非常感谢!
yanan2015 2017-4-8 09:37
多谢肖老师的指教!!!
yanan2015 2017-2-28 10:05
肖老师您好!
      向您请教一个问题,如果想在哺乳动物细胞中检测是否有细菌菌体成分,比如,有无细菌的细胞膜成分?采取什么检测方法更好一些呢?我可以想到的有:肽聚糖检测,细菌16s检测,不知道是否可以?还有,如果检测有无细菌质粒和基因片段,应用什么方法呢?也是用PCR吗?我是临床医生,这方面是外行,望您在百忙中指教,多谢您!
查看全部
统计信息

已有 818201 人来访过

Gut Microbiome中Metabolic Dependence Network的构建 2020-03-24
文章: Metabolic Dependencies Underlie Interaction Patterns of Gut Microbiota During Enteropathogenesis 杂志:Froniters in Microbiology 年份 ...
(2119)次阅读|(0)个评论
ggimage安装过程中Magick++的报错 2020-02-04
    在R3.6.1版本中,利用install.packages("ggimage")安装ggimage包,出现如下报错信息: Package Magick++ was not foun ...
(6030)次阅读|(0)个评论
methylKit安装过程中的XML package报错 2020-01-17
R 3.6.1 参考如下说明安装methylKit https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/methylKit.html 出现报错信息如下 ERROR: depende ...
(4238)次阅读|(0)个评论
DeepARG的short_reads_pipeline使用问题总结 2019-12-19
    近来想用DeepARG倒腾抗性基因的事,由于数据是测序的PE reads。不过安装的DeepARG版本提示输入文件为fasta格式或比对格式。     这两 ...
(4251)次阅读|(0)个评论
QIIME2 feature-classifier提示错误[Errno 28] No space left on 2019-11-15
     最近跑QIIME2时遇到报错信息提示:    Plugin error from feature-classifier:     No space left on device &nb ...
(6470)次阅读|(0)个评论
文章Sequencing-based methods and resources to study的阅读记录 2019-10-17
题目: Sequencing-based methods and resources to study antimicrobial resistance 杂志:Nature Reviews 时间:2019 一) 文章目的 This ...
(2926)次阅读|(0)个评论
RGI在Linux安装过程中遇到的问题 2019-09-27
RGI结合CARD数据库用于抗性基因的预测 在Linux环境中安装RGI,遇到一系列问题,特此记录: 1)利用conda进行RGI的安装,参考网页 https://anaconda.org/bioco ...
(6583)次阅读|(0)个评论

查看更多

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-3-28 18:45

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部