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PCA、PCOA图的方法

已有 8033 次阅读 2018-3-20 17:42 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记

最近画pcoa图,早期基于ggplot2的方法感觉没达到希望的效果,为此检索了一下,发现有如下材料可供参考:


策略1:http://userweb.eng.gla.ac.uk/umer.ijaz/bioinformatics/ecological.html

策略2:https://cran.r-project.org/web/packages/ggfortify/vignettes/plot_pca.html

策略3:https://stackoverflow.com/questions/23463324/r-add-centroids-to-scatter-plot

策略4:http://enterotyping.embl.de/enterotypes.html

策略5:https://stackoverflow.com/questions/34869768/how-to-make-a-pca-plots-as-i-posted-here

策略6:https://www.rdocumentation.org/packages/RAM/versions/1.2.1.3/topics/pcoa.plot


以上不同的方法,主要有两种思路1)单纯画图;2)数据的处理计算和画图在一起,研究过程中根据实际情况选择即可~


3D图的画法

https://planspace.org/2013/02/03/pca-3d-visualization-and-clustering-in-r/

http://xccds1977.blogspot.com/2011/07/blog-post.html




https://blog.sciencenet.cn/blog-306699-1104875.html

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