博文
- HiCPro统计结果解读
- 这篇博文是在我之前写的 《HiCPro 的安装与使用》 以及 《HiCPro 分析流程详解》 的基础上对统计结果进行解读。 因为博文过 24h 后无法再修改，这里先对 《 HiCPro 的安装与使用》 中多线性的问题做一点补充： 在 config-hicpro.txt 文件中有个 N_CPU ，它表示单端比对时调用的 b ...
- 隐马尔科夫模型简介(四)
- 本文接上一篇，继续探讨隐马尔科夫模型三个基本问题中最后一个问题，也是最复杂的一个问题。在此之前还是欢迎主角 HMM 登场！ 3. 隐马尔科夫模型的三个基本问题 Problem 3. 学习问题 ( Learning Problem) 已知观测序列 O=( o 0 , o 1 , o 2 , o 3 , …, o T-1 ) ，需通过调 ...
- EM算法(期望最大化算法)简介
- 和 HMM 简介一样（有关 HMM ，隐马尔科夫模型的简介，请参见我的另一篇博文 http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1188964.html ），我们还是通过一个例子引入 EM 算法 (Expectation Maximization Algorithm) 1. 一个经典例子 我们有两枚硬币 (coin A coin B) ，这两枚硬币是用特 ...
- 隐马尔科夫模型简介(三)
- 本篇继续讨论隐马尔科夫模型的第二个基本问题——解码问题 在讨论之前，还是欢迎我们的主角——隐马尔科夫模型 (HMM) 出场！ Problem 2. 解码问题 ( Decoding Problem) 已知 HMM 模型λ =(A, B, π ) ，以及观测序列 O ，求最可能的状态序列。 之前的博文 http://blog ...
- 隐马尔科夫模型简介(二)
- 本文接上篇继续讨论隐马尔科夫模型，上篇详见： http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1188964.html 在讨论之前，欢迎我们的主角——隐马尔科夫模型 (HMM) 出场！ 本篇主要探讨隐马尔科夫模型三个基本问题中的第一个问题，后续还会接着讨论另外的两个，敬请关注 3. 隐马尔科夫模型的三个基 ...
- 隐马尔科夫模型简介(一)
- 1. 一个简单的例子 假设我们想知道某个固定的地区一些年来的平均年平均气温。为了让这个问题变得有趣，我们假设我们关注的这些年份是在温度计发明之前的遥远过去。我们不能回到过去，所以需要寻找与温度相关的非直接证据。 为了简化问题，仅会考虑两种年平均温度， hot 和 cold 。假设现代的 ...
- HiCPro安装中的iced问题
- HiCPro 是一款很好用的 Hi-C 数据比对软件，其安装、使用和解读，可参见我的另几篇博文： Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的安装与使用 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html HiCPro 分析流程详解 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html ...
- HiCPro分析流程详解
- 本篇接着上一篇《 HiCPro 的安装与使用 》，详细讲解 Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的分析流程。 HiCPro 的安装与使用，请查看： http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html 3. HiCPro 分析流程 HiCPro 处理各步骤流程如下，总体来说可以分为两大部分，对应 ...
- Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用
- 1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意：不要安装 2.10.1 版，新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新， 2.10.1 版的 iced 无法自动编绎安装。升级版修复了这个重大 bug 。 wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar -xxvf v2.11.1.tar.gz # ...
- MUMmer4的安装与使用
- 在目前的文章中，基因组共线性分析dotplot图几乎全部是用MUMmer或者LAST做的。相比对LAST，MUMmer生成的图似乎更加美观，特别是当fasta id比较长时，last-plot会省略一些id，而mummerplot会全部写出来。但是老实，说我一直用的LAST做共线性，因为MUMmer真心不好安装，坑太多了。不过今天花了大半天时间终于安装成功，记录 ...
