luria的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/luria

博文

HiCPro统计结果解读

已有 575 次阅读 2019-9-2 13:25 |个人分类:Hi-C|系统分类:科研笔记| HiCpro, Hi-C, bowtie2, hicpro, Hi-C数据比对, hicpro, bowtie2

这篇博文是在我之前写的《HiCPro的安装与使用》以及《HiCPro分析流程详解》的基础上对统计结果进行解读。

 

因为博文过24h后无法再修改,这里先对HiCPro的安装与使用》中多线性的问题做一点补充:

config-hicpro.txt文件中有个N_CPU,它表示单端比对时调用的bowtie2使用的线程数,通过个选项可以解决多线程限制问题

 

闲话少述,直接进入这篇博文的正题——统计结果解读

按照HiCPro的安装与使用》中的方法,在第二步(HiCPro_step2_xx.sh)跑完后,会在输出目录下生成一个hic_results子目录,在其下有个stats,再往下一级还有一个样本名命名的子目录,在这个子目录下,存放着所有的统计结果。

具体路径如下:hicpro_output/hic_results/stats/xx

本博文主要讲解这其中五个文件记录信息之间的关系

 

1. xx_R1.mmapstatxx_R2.mmapstat

它们记录了PE reads分开比对的结果。以xx_R1.mmapstat文件为例,其中total_R1是总的R1 readsmapped_R1有由两个部分组成,分别是第一步 (HiCPro称为global alignment)比对上的reads pair(global_R1)和第二步比对(HiCPro称为local alignment)比对上的reads(local_R1)

 

2. xx.mpairstat

这个文件主要记录的是reads对的情况,包括

两端均未比对上的reads pairUnmapped_pairs

只有一端比对上的reads pair(Pairs_with_singleton)

低质量的reads pairLow_qual_pairs

唯一比对reads pair(Unique_paired_alignments)

 

具体关系如下:

Total reads = Unmapped pairs + Pairs with singleton + Low qual pairs + Unique paired alignments

注:这里的Total readsxx_R1.mmapstat中的total_R1一致(也应该与xx_R2.mmapstat中的total_R2一致)

Unique paired alignments用于后续分析

 

3. xx.mRSstat

这个文件主要记录的是过滤掉的invalid Hi-C products,包括Dangling end pairsReligation pairsSelf Cycle pairsDumped pairs等,如下图所示

具体关系如下:

Unique paired alignments = Valid pairs + Dangling end pairs + Religation pairs + Self-cycle pairs + Dumped pairs

注:其中有一些结果是0,这里就没有加进去;

Valid pairs用于后续分析

 

4. xx_allValidPairs.mergestat

这个文件中记录的是valid pairs中去除PCR duplication后,trans比对(比对到reference中不同序列)cis比对(比对到reference中同一条序列)的情况

其中valid_interactionxx.mRSstat文件中一致;valid_interaction_rmdup表示去除PCR duplication后的valid interaction

Valid interaction rmdup = Trans interaction + Cis interaction

 

参考材料:

Nicolas Servant, Nelle Varoquaux, Bryan R. Lajoie. et al. HiC-Pro: an optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing. Genome Biology. 2015.

 

 

 

 



http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1196314.html

上一篇:隐马尔科夫模型简介(四)
下一篇:HiCPro接CscoreTools检测Compartment

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-11-18 16:13

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部