1. 安装第三方组件：

R语言安装：

trinity中调用了很多R包，比方edgeR, DESeq2等，这些包需要在R环境下运行。

注意：不建议从R语言官网下载安装！！因为在CentOS上自行编译时会有几个大坑要填，相当麻烦！在Ubuntu上要容易一些。当然，这么说肯定会有人不信，如果你非得要尝试，可以查看附后材料 [1, 2]。

这里我们按照材料[3]，稍作修改可以轻松搞定：

wget http://mirrors.sohu.com/fedora-epel//6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm

# 注意：此处链接与原博文中不同。我用的是CentOS6.8版，64位系统。以上地址中标红处的6表示CentOS6.x版，x86_64表示可以在64位系统上运行。各位获取自己系统版本后建议打开http://mirrors.sohu.com/fedora-epel/，找到适合自己系统的版本。

# 查看系统是哪个发行版，可以使用以下命令：

more /etc/issue

# 查看系统是多少位的，可以使用以下命令：

getconf  LONG_BIT

下载后先安装epel并更新yum库，再用yum安装R

rpm -ivh epel-release-6-8.noarch.rpm

sudo yum update

sudo yum install R

完成后输入R，出现以下熟悉的开场白，表示安装成功

再安装一些R包

在终端输入R进入R运行环境（如上图）

source(“https://bioconductor.org/biocLite.R”)

biocLite(c(“edgeR”, “DESeq2”, “ggplot2”))

# 其间可能会有让选择镜像地址(选34 China)，是否全部更新(选a(all))

安装完成后输入q()退出，如果询问是否保存结果，输入n(no)即可

安装RSEM

从RSEM的github官网https://github.com/deweylab/RSEM/releases下载最新版（目前最新版为v1.3.0），安装如下：

wget https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.0.tar.gz

tar -zxvf v1.3.0.tar.gz

# 解压生成RSEM-1.3.0文件夹

cd RSEM-1.3.0

./rsem-calculate-expression

# 解压完可直接使用，但建议将整个文件夹复制到/usr/local/bin目录下，再将其写入系统路径

cd ../

cp -r RSEM-1.3.0 /usr/local/bin

echo PATH=$PATH:/usr/local/bin/RSEM-1.3.0/ >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

注意：虽然trinity调用了eXpress，但这里没有安装eXpress，因为eXpress的作者重新写了一个更好的软件kallisto， 其作者在eXpress官网[4]上讲到：

The eXpress website at bio.math.berkeley.edu is now defunct. This GitHub site now serves as the project archive. Note that the eXpress software is also no longer being developed. We recommend you use kallisto instead.

安装kallisto

进入kallisto的官网https://pachterlab.github.io/kallisto/download下载最新版的程序，目前最新版为v0.43.1

wget https://github.com/pachterlab/kallisto/releases/download/v0.43.1/kallisto_linux-v0.43.1.tar.gz

tar -zxvf kallisto_linux-v0.43.1.tar.gz

cd kallisto_linux-v0.43.1

cp kallisto /usr/local/bin

# 是二进制版的，无需编译，建议放到/usr/local/bin目录下，可直接使用

安装salmon

进入salmon的官网https://combine-lab.github.io/salmon/下载最新版程序，目前最新版为v0.8.2

wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.8.2/Salmon-0.8.2_linux_x86_64.tar.gz

tar -zxvf Salmon-0.8.2_linux_x86_64.tar.gz

# 解压为文件夹Salmon-0.8.2_linux_x86_64

建议salmon也放到/usr/local/bin目录下，具体如下：

cp -r  Salmon-0.8.2_linux_x86_64  salmon

rm salmon/sample_data.tgz

# 解压后软件自带样例，样例文件不建议放到软件目录下

mv salmon /usr/local/bin/

# 注意：一定要将整个目录一些移到/usr/local/bin下

再将其添加到系统路径中

echo "PATH=$PATH:/usr/local/bin/salmon/bin/" >> ~/.bashrc

2. Trinity的安装

Trinity的组件Inchworm和Chrysalis是用C++写的，C++版本要求大于4.3。但是Butterfly是用JAVA写的，JAVA版本要求大于1.8。以下均在CentOS6.8系统下安装。

Oracle公司官网下载最新版JAVA SE。具体地址如下：

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

注意：我的系统是64位的CentOS6.8，因此可以直接下载x64的rpm文件(我下载到的最新版为jdk-8u141-linux-x64.rpm)，用以下代码即可轻松安装：

rpm -ivh jdk-8u141-linux-x64.rpm

# 安装完成后直接输入java显示正常的help提示信息，则表示安装成功。

从Trinity github官网下载最新版的Trinity，地址如下：

https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases

注意：请下载tar.gz格式的source code! 这样无需编译，可直接使用。

在安装trintiy前需安装一些依赖程序：

yum install zlib-devel

yum install bzip2-devel

yum install xz-devel

yum install ncurses-devel

下载trinity后解压（以目前最新版v2.4.0为例）：

wget

https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.4.0.tar.gz

tar -zxvf Trinity-v2.4.0.tar.gz

# 解压后生成一个trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/文件夹

cd trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/

make

# 其间可能会出现警告，可以忽略。再make一遍时，这些警告都消失了，如果运行结尾出现以下log信息则表示这一步安装完成

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

Performing Unit Tests of Build

~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

JellyFish:                           has been Installed Properly

Inchworm:                       has been Installed Properly

Chrysalis:                          has been Installed Properly

QuantifyGraph:             has been Installed Properly

GraphFromFasta:          has been Installed Properly

ReadsToTranscripts:       has been Installed Properly

parafly:                             has been Installed Properly

samtools                           has been Installed Properly

这时在终端输入./Trinity，会显示如下提示：

注意：如果完成后报错 “This Perl not built to support threads”，则表明安装的perl是非多线程版的，具体处理办法见 http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1068147.html

另外，Trinity也自带有一些三方软件，其中包括jellyfish, parafly, seqtk-trinity及Trimmomatic等，可以使用以下办法一次安装

cd trinityrnaseq-Trinity-v2.4.0/trinity-plugins

make

3. TransDecoder和Trinotate的安装

TransDecoder和Trinotate是Trinity下游分析的重要组件。 具体可查看trintiy github官网。

安装TransDecoder

从以下地址下载最新版的TransDecoder

https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/releases

下载后解压，目前最新版为3.0.1版：

cd TransDecoder-3.0.1

make

chmod -R 755 TransDecoder*

此时使用perl TransDecoder.LongOrfs时会有报错

需要运行以下代码安装Escape.pm模块：

sudo cpan URI::Escape

如果运行perl TransDecoder.LongOrfs显示如下，则表明安装成功：

Trinotate的安装

从Trinotate下载最新版的tar格式的安装文件：

https://github.com/Trinotate/Trinotate/releases

注意：请下载tar.gz格式的安装文件! 这样无需编译，可直接使用

下载后解压（以目前最新版v3.0.2为例）：

wget https://github.com/Trinotate/Trinotate/archive/v3.0.2.tar.gz

tar -zxvf v3.0.2.tar.gz

# 解压后生成Trinotate-3.0.2/文件夹

cd Trinotate-3.0.2/

./Trinotate

如果显示如下，则安装完成

[1] https://segmentfault.com/a/1190000007553604?from=singlemessage

[2] http://kuxingseng2016.blog.51cto.com/1374617/1846326

[3] http://www.jason-french.com/blog/2013/03/11/installing-r-in-linux/

[4] https://pachterlab.github.io/eXpress/