博文
- Hi-C Insulation score计算原理解析
- 基于 insulation score 识别 TAD 边界的算法来自文献 ： 1) 先将染色体分为 10kb 的 bin ，再计算每个 bin 里的平均互作数，因为每个 bin 的长度都相等，这里说的平均互作数强调的是 ICE 校正 之后每个 bin 的互作数。那么后面的分析最小单位就是这里 10kb 的 bin ，即分辨率为 10kb ， ...
- HiC-Pro3.1.0安装问题及解决办法
- 1. 出现的问题 HiC-Pro 目前最新版是 3.1.0 ， github 官网上说这个版本仅支持 python3(3.7) ，直接安装 HiC-Pro 在安装时不会报错，但是比对完运行到 bowtie_pairing.sh 中 mergeSAM.py 时，它会诡异地调用 python3 bin 目录下的 python 程序 ( 不是 python3 程序！ ) 。所以 merge ...
- Compartment Saddle Plot分析细节
- cooltools saddle 命令： Usage: cooltools saddle COOL_PATH TRACK_PATH EXPECTED_PATH 具体运行如下： cooltools saddle --contact-type cis --strength --out-prefix sample --qrange 0.02 0.98 --fig pdf sample_100000.cool sample_100000.eigs.cis.vecs.tsv sample_100000.exp.tsv 注意：这里cool必 ...
- FitHiC V1算法解析(二)
- FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 本文接着上一篇博文《 FitHiC V1 算法解析 ( 一 ) 》继续探讨 FitHiC V1 的算法过程。该博文中介绍了 FitHiC 的整体思路，但是这种基于假设检验来检测显著互作的方法，早在 2010 年就已经提出来了 ，该文章与 FitHiC 引文的通迅作者都是大神 William St ...
- FitHiC V1算法解析(一)
- FitHiC V1 主要用于识别中程顺式互作 处理 Hi-C 数据，最自然的分辨率划分方法是基于限制性内切酶切出来的酶切片段，即一个酶切片段为一个最小单位。但是，因为测序深度和基因组上感兴起的 size 不同，例如有的研究关注 TAD 结构，有的研究关注 Loops 结构，所以目前要么按固定大小对基因组划分 bin ...
- HiCPro接CscoreTools检测Compartment
- 自 2009 年 Lieberman 及其合作者发明 Hi-C 技术至今， Hi-C 互作分析中 Compartmant 的主流检测方法一直是基于 PCA 降维后，用第一维度 ( 通常用第一维度 ) 来区分 A/B compartment 。直到 2018 年有了一个新的方法，基于 Cscore ，它也是本文主要讨论的对象。 按照套路， Cscore 文章 ...
- HiCPro统计结果解读
- 这篇博文是在我之前写的 《HiCPro 的安装与使用》 以及 《HiCPro 分析流程详解》 的基础上对统计结果进行解读。 因为博文过 24h 后无法再修改，这里先对 《 HiCPro 的安装与使用》 中多线性的问题做一点补充： 在 config-hicpro.txt 文件中有个 N_CPU ，它表示单端比对时调用的 b ...
- HiCPro安装中的iced问题
- HiCPro 是一款很好用的 Hi-C 数据比对软件，其安装、使用和解读，可参见我的另几篇博文： Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的安装与使用 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html HiCPro 分析流程详解 : http://wap.sciencenet.cn/blog-2970729-1185463.html ...
- HiCPro分析流程详解
- 本篇接着上一篇《 HiCPro 的安装与使用 》，详细讲解 Hi-C 数据比对软件 HiCPro 的分析流程。 HiCPro 的安装与使用，请查看： http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1182259.html 3. HiCPro 分析流程 HiCPro 处理各步骤流程如下，总体来说可以分为两大部分，对应 ...
- Hi-C数据比对软件HiCPro的安装与使用
- 1. 安装 目前最新版的是 2.11.1 版。注意：不要安装 2.10.1 版，新版本 2.11.1 版在 2.10.1 版上有重大更新， 2.10.1 版的 iced 无法自动编绎安装。升级版修复了这个重大 bug 。 wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz tar -xxvf v2.11.1.tar.gz # ...
