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Qualimap2.多样本高通量数据高级QC工具
热度 1 卢锐 2017-8-10 12:59
今天推荐一款叫做Qualimap2的软件,它可以对reads mapping的结果进行统计,如果是RNAseq数据,甚至还可能算出counts并进行简单的后续分析。此外,输入的注释文件可以是gff/gtf/bed,相比于其它同类软件使用起来更加方便。 ========================================================================== Qualimap2 ...
个人分类: RNA-seq|12104 次阅读|2 个评论 热度 1
Bowtie2和Samtools软件更新
卢锐 2017-7-25 20:22
安装 bowtie2: 进入 bowtie2 官方下载地址 https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/ , 建议下载 bowtie2 2.2.9 版本,不建议使用 bowtie2 2.3.1 版或 bowtie2 2.3.2 版的,它们会报错如下,需要 libtbb ,但是 rpm 库里 rpm 包只有 centos6.9 以上才能用,在此没有 ...
个人分类: RNA-seq|7123 次阅读|1 个评论
CentOS布署Trinity及相关组件 (2017.08最新版)
卢锐 2017-7-25 19:52
1. 安装第三方组件: R 语言安装: trinity 中调用了很多 R 包,比方 edgeR, DESeq2 等,这些包需要在 R 环境下运行。 注意:不建议从 R 语言官网下载安装!!因为在 CentOS 上自行编译时会有几个大坑要填,相当麻烦!在 Ubuntu 上要容易一些。当然,这么说肯定会有人不信,如果你非 ...
个人分类: RNA-seq|7331 次阅读|没有评论
TGICL的使用及结果解读
热度 1 卢锐 2017-6-1 15:19
Trinity无比强大,但是在组装结果还是太零散,此外内存占用也是硬伤。如果你有一个土豪机器,能一次运行几百G的程序,那建议将所有样本的PE reads清理后R1,R2相应合到一起,再用Trinity 进行PE组装。没有强大机器的人们一般会将多个样本分开组装,再通过一些手段对contig再组装,最后生成所有样本共同的Unigene,得到所 ...
个人分类: RNA-seq|8191 次阅读|2 个评论 热度 1

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