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COVID-19| MD| Viewpoint| 数据平台开发| 深度学习| 卤键|

[转载]2022年(3)：增强采样算法副本交换分子动力学之变形论: 徐志建 2022-4-28 21:21; 全文速览蛋白质作为生命活动中关键的一类生物大分子，其功能发挥往往伴随着构象变化。分子动力学 (MD) 模拟能够从原子水平上观察蛋白质的动态信息，然而常规 MD 采样效率低，且易陷入局部极小值，因此一系列提高 MD 采样效率的增强采样算法应运而生，其中副本交换分子动力学 (REMD) ...; 个人分类: MD|4163 次阅读|没有评论

2020年(5): 基于能量和结构的二维增强采样方法ossPTMetaD的发展与应用: 徐志建 2021-1-4 13:55; 蛋白质的功能发挥与其构象变化密切相关。因此，研究靶标蛋白的动态行为对理解其生物学功能以及药物发现与设计至关重要。分子动力学（ MD ）模拟能够从原子水平上监测蛋白质结构的动态变化，然而常规 MD 受限于其低采样效率，且易陷入局部极小值。增强采样方法通过各种原理提高 MD 采样效率，已成为研究蛋白质大规模 ...; 个人分类: MD|3180 次阅读|没有评论

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