PacBio最近有不俗的表现，发了些好文章，股价也节节攀升。

作为生物信息学工作者，咱就关注一下PacBio的数据是如何组装的。做些知识储备。

这里有组装策略的总结：

https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/Large-Genome-Assembly-with-PacBio-Long-Reads

主要有四种：1）PacBio-only， 2） Hybrid, 3) Gap filling, 和 4） scaffolding。

这主要取决于PacBio 数据的覆盖率。 Hybrid的中庸之道应该是不错的选择。

这里有更多的工具供选择：

https://github.com/PacificBiosciences/DevNet/wiki/Compatible-Software

这里是关于Hybrid 方法的更多介绍

http://wgs-assembler.sourceforge.net/wiki/index.php?title=PBcR

理想：

用多种方法，得到多个版本，比较出最好的版本。

现实：

有的方法对内存要求较高，有的运行较慢。

理想怎样照进现实：

模仿。 菠萝基因组的分析是一个不错的例子。

http://www.nature.com/ng/journal/v47/n12/full/ng.3435.html