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鸟类基因组学研究进展笔记I
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鸟类是这个星球上最神奇的物种之一，不说大自然中目光所及的鸟类，从风靡世界的卡通人物唐老鸭到电影<里约大冒险>里的金刚鹦鹉便可见一斑。连"愤怒的小鸟"这款游戏，游戏开发商Rivio公司也正在打造其电影版。
鸟类是体表被覆羽毛、有翼、恒温和卵生的高等脊椎动物。旺盛的新陈代谢和飞行运动是鸟类与其它动物显著不同的特征。其在分类上属于动物界脊索动物门鸟纲。目前全世界记录到的鸟类有9700多种，分为3个总目（平胸总目、企鹅总目、突胸总目），约28个目，其中雀形目就包括5000种以上的种类。中国现有鸟类1332种（2261种及亚种），隶属于24目101科429属，其中105种为特有种。（来自百科,不一定准确）
鸟类漂亮的身躯后，藏着许多值得研究的问题。例如：
古鸟类研究主要关注三大起源问题，即鸟类起源、飞行起源、羽毛起源。这些原本在学界存在巨大争议的问题，随着在中国大地上一些关键恐龙化石的相继发掘，从而为争端的解决提供了一些核心证据，也使得中国跻身于该领域强者之列。
鸟类的系统分类研究。早期主要借助于形态学分类，后来逐渐引入了分子生物学手段，借助部分细胞核和/或线粒体基因序列来进行系统分类研究。
鸟类行为，栖息地及环境适应研究。鸟类求偶行为，繁殖行为、取食行为、社群行为等等，皆是鸟类适应环境的结果。以鸟类鸣叫为例，雀形目鸟类的鸣叫，如同婴儿学语一般，也是后天习得，故而鸟类鸣啭控制系统已成为人们研究神经系统与学习、行为和发育关系的重要模型。当然如果要说起与人们生活息息相关的鸟类研究，可能便是家禽的驯化与育种，以及禽流感H5N1了。
随着全基因组测序技术兴起后，鸟类研究也迅速进入了该领域。第一个被破译全基因组序列的鸟类是鸡形目/雉科/原鸡属下的红原鸡（现代鸡的祖先），其为揭示脊椎动物进化提供了新的视角（2004，Nature，Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution）。
时隔六年之后，雀形目/文鸟科/梅花雀属下的斑胸草雀基因组破译（2010，Nature， The genome of a songbird）；同年，鸡形目/吐绶鸡科/吐绶鸡属下火鸡基因组破译（2010，PLoS Biology，Multi-Platform Next-Generation Sequencing of the Domestic Turkey (Meleagris gallopavo): GenomeAssembly and Analysis）。2012年，雀形目/鹀科/地雀属下达尔文雀基因组破译（http://gigadb.org/darwins-finch/），同年，雀形目/鹟科/姬鹟属下白领姬鹟基因组破译（2012，Nature，The genomic landscape of species divergence in Ficedula flycatchers）。目前，暂时雀形目处于破译优势地位，难道是因为其叫声婉转之故？更易博得研究人员“另眼相待”？
在鸟类基因组学研究中，Avian Genomes（http://aviangenomes.org/）是个不错的网站，其主旨是打造鸟类基因组学研究平台，但不知何故，更新很慢。随着越来越多鸟类，尤其是处于进化关键地位的鸟类基因组破译，依靠全基因组序列，构建整个鸟类进化树的目标将会变得越来越近。同时，更多鸟类基因组学数据的积累，将会产生下一个“鸟类大爆发”，新的发现（理论）呼之欲出。
https://blog.sciencenet.cn/blog-285195-649618.html
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