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定向蛋白质组学研究进展与信息分析

已有 3395 次阅读 2013-1-4 10:29 |个人分类:蛋白组学|系统分类:科研笔记|关键词:蛋白质,学,related,title,定向| 蛋白质, title, related, 定向

        采用多种数据类型和分析方法:
1.  微软学术搜索引擎数据分析(http://academic.research.microsoft.com/PublicationList?query=targeted proteomics&desType=8&desID=11039&SearchDomain=4)
2.  医学文献数据分析(PUBMED/MEDLINE数据  http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/1?WEB0fyuvjqgch8orIeIpI0);
        采用综合分析的方法,取得多个分析结果更为全面、客观、准确。对多项分析指标进行综合比较分析,可以避免数据和分析方法的局限性和片面性。
 
 
Nature年度技术:定向蛋白质组学
 
    时近岁末,各大杂志接连进行了年终盘点,此前出版的《Nature》杂志也对2012年进行了回顾,评点了2012年的科技进展,科技政策以及重要人物,中国科学家王俊入选了人物篇。同时《Nature Methods》也盘点了今年与明年的技术热点,选出了2012年度技术成果:定向蛋白质组学(targeted proteomics)技术。
 
 
英文全文  nmeth.2285.pdf
 
参考文献
 
1.  定向蛋白质组学与生物学研究信息分析结果如下:
 
作者分布  Authors (26187)
研究主题分布  Keywords (5615)

 
数据来源:
http://academic.research.microsoft.com/Search?query=targeted%20proteomics&s=0&SearchDomain=4
 
 
2.  定向蛋白质组学与医学研究信息分析结果如下:

 
作者分布  Authors (15291)
研究主题分布  Keywords (4305)

169
 
数据来源
http://academic.research.microsoft.com/Search?query=targeted%20proteomics&s=0&SearchDomain=6
 
 
论文发表年份  Top Years
文献量    Publications
‍ 2012 283
‍ 2011 273
‍ 2010 203
‍ 2009 163
‍ 2008 141
‍ 2007 122
‍ 2006 83
‍ 2005 66
‍ 2004 54
‍ 2003 28
‍ 2002 21
‍ 2001 15
‍ 2000 2
‍ 2013 1
‍ 1998 1
‍ 1999 1
1 2 3 
国家地区分布        Top Countries
Publications
‍ United States 581
‍ Germany 99
‍ United Kingdom 95
‍ Canada 90
‍ Switzerland 63
‍ Japan 53
‍ China 49
‍ Netherlands 48
‍ Italy 43
‍ France 43
‍ Spain 27
‍ Belgium 25
‍ Australia 22
‍ Sweden 20
‍ India 17
‍ Austria 17
‍ South Korea 15
‍ Norway 13
‍ Taiwan 13
‍ Ireland 12
1 2 3 
1 2 3 ...21 
城市分布                Top Cities
Publications
‍ Zürich 45
‍ Seattle 41
‍ Bethesda 37
‍ Boston 28
‍ Toronto 28
‍ London 24
‍ Houston 22
‍ Utrecht 21
‍ Los Angeles 20
‍ Vancouver 20
‍ Cambridge 19
‍ New York City 17
‍ Shanghai 14
‍ Vienna 13
‍ Madrid 13
‍ Cambridge 13
‍ Saint Louis 12
‍ Ann Arbor 12
‍ Gent 11
‍ München 11
1 2 3 ...21 
1 2 3 ...28 
期刊分布             Top Journals
Publications
‍ J Proteome Res 116
‍ Proteomics 115
‍ Mol Cell Proteomics 92
‍ J Proteomics 35
‍ Methods Mol Biol 35
‍ Plos One 34
‍ Anal Chem 29
‍ Expert Rev Proteomics 22
‍ Proc Natl Acad Sci U S A 19
‍ Proteomics Clin Appl 16
‍ Bmc Bioinformatics 15
‍ J Biol Chem 15
‍ Electrophoresis 13
‍ Clin Cancer Res 11
‍ Cancer Res 10
‍ Anal Bioanal Chem 10
‍ Nat Biotechnol 10
‍ Rapid Commun Mass Spectrom 10
‍ Brief Funct Genomic Proteomic 10
‍ Mass Spectrom Rev 10
1 2 3 ...28 
1 2 3 ...460 
Top Terms
Publications
‍ Proteomics 1,365
‍ Proteome 1,225
‍ Proteins 1,111
‍ Humans 857
‍ Mass Spectrometry 560
‍ Animals 511
‍ Peptides 409
‍ Biological Markers 367
‍ Technology 308
‍ Genomics 301
‍ Genome 283
‍ Genes 279
‍ Neoplasms 271
‍ Patients 270
‍ Therapeutics 266
‍ Pharmaceutical Preparations 241
‍ signal transduction 238
‍ Tissues 235
‍ Metabolism 205
‍ Chromatography, Liquid 202
1 2 3 ...460 
1 2 3 ...410 
作者分布         Top Authors
Publications
‍ Liotta L 12
‍ Petricoin E 11
‍ Aebersold R 7
‍ Mohammed S 7
‍ Kohn E 7
‍ Knepper M 7
‍ Heck A 6
‍ Mills G 6
‍ Mann M 5
‍ Neri D 5
‍ Veenstra T 5
‍ Regnier F 5
‍ Malmström J 4
‍ D'Alessandro A 4
‍ Aebersold R 4
‍ Castronovo V 4
‍ Ferro M 3
‍ Dunn M 3
‍ Borlak J 3
‍ Muller L 3
1 2 3 ...410 
 
文献的历史演变
publications over timepublications over time
 
文献世界地图
world map
 
作者网络
network of top authorsnetwork of top authorsnetwork of top authors-Legend
 
 
数据来源
http://www.gopubmed.org/web/gopubmed/1?WEB0fyuvjqgch8orIeIpI0
 
 
3.  定向蛋白质组学引证数据分析结果如下:
 
 
找到的结果数: 5552
被引频次总计: 119161
去除自引的被引频次总计: 106376
施引文献: 78248
去除自引的施引文献: 74723
每项平均引用次数: 21.46
h-index : 127
 
 
 字段: 基金资助机构  记录 计数  %,共 5552  柱状图 
表格中显示的数据行
所有数据行
NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH  211  3.800 %   3.800%  
NIH  197  3.548 %   3.548%  
NATIONAL NATURAL SCIENCE FOUNDATION OF CHINA  112  2.017 %   2.017%  
NATIONAL SCIENCE FOUNDATION  64  1.153 %   1.153%  
EUROPEAN UNION  56  1.009 %   1.009%  
EUROPEAN COMMISSION  49  0.883 %   0.883%  
EU  46  0.829 %   0.829%  
DEUTSCHE FORSCHUNGSGEMEINSCHAFT  45  0.811 %   0.811%  
WELLCOME TRUST  43  0.774 %   0.774%  
SWISS NATIONAL SCIENCE FOUNDATION  39  0.702 %   0.702%  
NATIONAL CANCER INSTITUTE  38  0.684 %   0.684%  
NSF  35  0.630 %   0.630%  
SWEDISH RESEARCH COUNCIL  27  0.486 %   0.486%  
CANADIAN INSTITUTES OF HEALTH RESEARCH  26  0.468 %   0.468%  
KNUT AND ALICE WALLENBERG FOUNDATION  26  0.468 %   0.468%  
NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH NIH  24  0.432 %   0.432%  
AMERICAN CANCER SOCIETY  21  0.378 %   0.378%  
NATIONAL BASIC RESEARCH PROGRAM OF CHINA  20  0.360 %   0.360%  
BBSRC  18  0.324 %   0.324%  
CANCER RESEARCH UK  17  0.306 %   0.306%  
EUROPEAN COMMUNITY  17  0.306 %   0.306%  
EUROPEAN RESEARCH COUNCIL  16  0.288 %   0.288%  
GENOME CANADA  16  0.288 %   0.288%  
NSFC  16  0.288 %   0.288%  
DEPARTMENT OF DEFENSE  15  0.270 %   0.270%  
 
 字段: 组织扩展  记录 计数  %,共 5552  柱状图 
表格中显示的数据行
所有数据行
Univ Calif System  230  4.143 %   4.143%  
Harvard Univ  160  2.882 %   2.882%  
HARVARD UNIV  149  2.684 %   2.684%  
Max Planck Society  131  2.360 %   2.360%  
NCI  106  1.909 %   1.909%  
CHINESE ACAD SCI  88  1.585 %   1.585%  
Univ Zurich  76  1.369 %   1.369%  
Scripps Res Inst  74  1.333 %   1.333%  
Univ Toronto  71  1.279 %   1.279%  
UNIV WASHINGTON  69  1.243 %   1.243%  
ETH  64  1.153 %   1.153%  
Lund Univ  63  1.135 %   1.135%  
Imperial Coll London  61  1.099 %   1.099%  
Univ Utrecht  60  1.081 %   1.081%  
JOHNS HOPKINS UNIV  58  1.045 %   1.045%  
NATL UNIV SINGAPORE  58  1.045 %   1.045%  
Univ British Columbia  56  1.009 %   1.009%  
INST SYST BIOL  53  0.955 %   0.955%  
Stanford Univ  49  0.883 %   0.883%  
Vanderbilt Univ  45  0.811 %   0.811%  
Fudan Univ  44  0.793 %   0.793%  
UNIV CAMBRIDGE  44  0.793 %   0.793%  
Univ Michigan  44  0.793 %   0.793%  
UNIV TEXAS  42  0.756 %   0.756%  
Univ So Denmark  42  0.756 %   0.756%  
 
 字段: 研究方向  记录 计数  %,共 5552  柱状图 
表格中显示的数据行
所有数据行
BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY  2802  50.468 %   50.468%  
CHEMISTRY  658  11.852 %   11.852%  
PHARMACOLOGY PHARMACY  481  8.664 %   8.664%  
CELL BIOLOGY  378  6.808 %   6.808%  
ONCOLOGY  362  6.520 %   6.520%  
BIOTECHNOLOGY APPLIED MICROBIOLOGY  345  6.214 %   6.214%  
SCIENCE TECHNOLOGY OTHER TOPICS  223  4.017 %   4.017%  
BIOPHYSICS  175  3.152 %   3.152%  
RESEARCH EXPERIMENTAL MEDICINE  174  3.134 %   3.134%  
GENETICS HEREDITY  158  2.846 %   2.846%  
NEUROSCIENCES NEUROLOGY  157  2.828 %   2.828%  
SPECTROSCOPY  125  2.251 %   2.251%  
PLANT SCIENCES  105  1.891 %   1.891%  
IMMUNOLOGY  102  1.837 %   1.837%  
MICROBIOLOGY  99  1.783 %   1.783%  
TOXICOLOGY  95  1.711 %   1.711%  
HEMATOLOGY  83  1.495 %   1.495%  
CARDIOVASCULAR SYSTEM CARDIOLOGY  80  1.441 %   1.441%  
MATHEMATICAL COMPUTATIONAL BIOLOGY  78  1.405 %   1.405%  
ENDOCRINOLOGY METABOLISM  75  1.351 %   1.351%  
PATHOLOGY  75  1.351 %   1.351%  
PARASITOLOGY  55  0.991 %   0.991%  
UROLOGY NEPHROLOGY  55  0.991 %   0.991%  
MEDICAL LABORATORY TECHNOLOGY  54  0.973 %   0.973%  
GENERAL INTERNAL MEDICINE  49  0.883 %   0.883%  
 
 字段: 文献类型  记录 计数  %,共 5552  柱状图 
表格中显示的数据行
所有数据行
ARTICLE  4123  74.262 %   74.262%  
REVIEW  1260  22.695 %   22.695%  
PROCEEDINGS PAPER  262  4.719 %   4.719%  
MEETING ABSTRACT  88  1.585 %   1.585%  
EDITORIAL MATERIAL  55  0.991 %   0.991%  
BOOK CHAPTER  36  0.648 %   0.648%  
LETTER  11  0.198 %   0.198%  
NEWS ITEM  9  0.162 %   0.162%  
CORRECTION  4  0.072 %   0.072%  
 
 
数据来源
http://wcs.webofknowledge.com/RA/analyze.do?APP_RETURN_URL=http%3A%2F%2Fapps.webofknowledge.com%2Fsummary.do%3FSID%3DY16n1EekhOOBCD8glHO%26product%3DWOS%26qid%3D1%26search_mode%3DGeneralSearch&SID=Y16n1EekhOOBCD8glHO&product=WOS&PRODUCT=WOS&canRun=yes&mode=Analyze&viewType=summary&parentQid=1&db_id=&resultSetID=1&ua_url=http%3A%2F%2Fapps.webofknowledge.com&maxRecs=100000&maxSave=100000&HISTORY=&queryOption%28summary_search_mode%29=GeneralSearch&DaisyAuthorsSetsCount=&count=5552&DaisyAuthorsSetsQId=&field=DT_%E6%96%87%E7%8C%AE%E7%B1%BB%E5%9E%8B_DocumentType_en&maxRows=25&threshold=2&sortType=Value&x=17&y=15
 
 
4.  定向蛋白质组学专利数据分析结果:
 
 字段: 专利权人名称  记录 计数  %,共
20
 柱状图  <!--
表格中显示的数据行
<input name="sort2" type="radio" id="sort2" value="selected_field" />所有数据行-->
GRUBER K F  4  20.0000 %   20.0000%  
INTRINSIC BIOPROBES INC  4  20.0000 %   20.0000%  
NELSON R W  4  20.0000 %   20.0000%  
TUBBS K A  4  20.0000 %   20.0000%  
 
 字段: 学科类别  记录 计数  %,共
20
 柱状图  <!--
表格中显示的数据行
<input name="sort2" type="radio" id="sort2" value="selected_field" />所有数据行-->
CHEMISTRY  20  100.0000 %   100.0000%  
PHARMACOLOGY & PHARMACY  19  95.0000 %   95.0000%  
BIOTECHNOLOGY & APPLIED MICROBIOLOGY  18  90.0000 %   90.0000%  
INSTRUMENTS & INSTRUMENTATION  16  80.0000 %   80.0000%  
ENGINEERING  15  75.0000 %   75.0000%  
POLYMER SCIENCE  5  25.0000 %   25.0000%  
AGRICULTURE  2  10.0000 %   10.0000%  
 
 
数据来源
http://diipcs.webofknowledge.com/wok5-analyze/ra.cgi
 
5.  定向蛋白质组学研究知识发现与聚类分析结果如下:
 
Important words
 Frq
1
 1114
2
 1418
3
 48
4
 315
5
 60
6
 43
7
 54
8
 20
9
 16
10
 14
11
 13
12
 335
13
 17
14
 558
15
 11
16
 76
17
 12
18
 14
19
 13
20
 47
 
 
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Semantic Filter
 
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Activities & Behaviors
Anatomy
Chemicals & Drugs
Concepts & Ideas
Devices
Disorders
Genes & Molecular Sequences
Geographic Areas
Living Beings
Objects
Occupations
Organizations
Phenomena
Physiology
Procedures
Keep terms that do not exist in the medical thesaurus
 
聚类分析结果

 
 
数据来源
http://arrowsmith.psych.uic.edu/cgi-bin/arrowsmith_uic/AnneOTate_summarize.cgi?ID=48071&t=f&w=ch


http://blog.sciencenet.cn/blog-280034-649395.html

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2 王守业 赵凤光

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