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带有显著性标记的相关性热图绘制方法

已有 4032 次阅读 2020-7-21 10:52 |个人分类:生物信息学|系统分类:科研笔记

  

带有显著性标记的相关性热图绘制方法

 

参考文献:

https://www.jianshu.com/p/d86ddf8fd48f

https://mp.weixin.qq.com/s/5tHE5apk2SwDmcSLYQx48Q

 

#psych包用于计算相关性、p值等信息

library(psych)

 

#pheatmap包用于绘制相关性热图

library(pheatmap)

 

#reshape2包用于输出数据的整合处理

library(reshape2)

 

#准备数据

1.png

#读取数据

plant=read.table("20200721--Plant.txt", header = T, row.names = 1)

lefse=read.table("20200721--Lefse.txt", header = T, row.names = 1)

 

#计算相关性

cor = corr.test(lefse, plant, method="spearman", adjust="none")

 

#提取相关性、p

cmt <-cor$r

pmt <- cor$p

 

#判断显著性

if (!is.null(pmt)){

ssmt <- pmt< 0.01

pmt[ssmt] <-'**'

smt <- pmt >0.01& pmt <0.05

pmt[smt] <- '*'

pmt[!ssmt&!smt]<- ''

} else {

  pmt <- F

 }

 

#自定义颜色范围

mycol<-colorRampPalette(c("blue","white","tomato"))(800)

 

#可视化

pheatmap(cmt,scale = "none", cluster_row = F, cluster_col = F, border=NA, fontsize_row=8, fontsize_col=8, display_numbers = pmt, fontsize_number = 10, number_color = "white", cellwidth = 13, cellheight =13,color=mycol, filename="plant.lefse.jpg")


#结果展示

2.png



http://blog.sciencenet.cn/blog-2675068-1242946.html

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