赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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[21]王圣洁   2013-10-31 17:38
老师您好,我最近想利用canoco进行不同微生物种群间PCA分析,用于分析这些微生物种群结构的差异。看到你翻译了canoco这部书,很希望能够你给我提供以下翻译稿。第一章我能够下载,其他几章好像下载不了。如果可能的话,烦请发送到我的邮箱:wsjguoyang@126.com
我的回复(2013-11-30 07:26):书所有的内容都在博客上了。
[20]徐飞   2013-10-21 13:05
赖老师您好,我是CANOCO初学者,看到您翻译的一本书“基于CANOCO的生态学数据的多元统计分析”一书,可惜没有出版,无法购买,请问老师能否提供电子版图书。另外请教赖老师一个幼稚的问题,CANOCO中能不能分析环境因子对样点分布的影响。非常感谢,本人邮箱1021449273@qq.com
我的回复(2013-11-30 07:27):都是博客上了。
[19]李蕾   2013-10-8 09:41
老师您好,我是南京理工大学经济管理学院管理科学与工程专业的一名博士生,最近想做一份用户打标签行为的调研(就是您在发表博文时会让您给博文添加标签),但是我缺少研究数据,恳请您在百忙中抽空帮我填写一份问卷,问卷大约需要您5分钟的时间,非常感谢您!!
      问卷地址是:http://www.sojump.com/jq/2709468.aspx 将此链接复制进浏览器的地址栏,然后按回车键即可,非常感谢您!!!
[18]袁顺波   2013-4-8 10:33
尊敬的科学网博客用户:
您好,诚恳地邀请您参与“科学网博客用户持续使用的影响因素”问卷调查,网址是:
http://www.sojump.com/jq/2250398.aspx,本次调查需要3-5分钟的时间,非常感谢!
[17]王瑞丽   2013-3-4 10:48
赖老师,你好,canoco在win7系统下无法正常运行,在analyze时出现错误提示,请问如何解决?
我以管理员身份进入 还有下载runasdate后,都还是出现错误?难道win7系统用过不了canoco吗?
[16]cchuanhong   2013-2-2 11:00
赖老师:您好!很是冒昧!我是华中师范大学生科院的一个研究生。曾经看过您写的一些有关生态学方面的统计分析与软件运用的文章和ppt,写的很好,给了我很大的帮助。现有一个问题需要向您请教下,最近一篇文章就是审稿人提到:“ These are very striking changes - particularly the coherence between the diatom assemblage changes (PCA) and winter air temperature. Would it be possible to apply some sort of regime shift calculation (i.e. breakpoint analysis) on the temperature data? ”
    为此特向您请教下,breakpoint analysis 这种数据分析方法采用什么统计分析软件进行分析呢?我利用百度搜索和google搜索及其学术搜索引擎搜索了这个分析方法,但都没详细的介绍。不知道赖老师你以前是否用过这种数据分析方法?特向您请教,在此先谢了!

  陈传红
[15]aiying31   2012-12-27 17:06
赖老师你好,请问如何在CANOCO中找到各个样点在第一排序轴的得分
我的回复(2013-2-28 11:30):用记事本打开 .sol文件
我的回复(2013-2-28 11:27):用记事本打开一个.sol的文件
[14]科任改弟   2012-7-25 17:21
请问,用R软件做出来的图,怎样修改图里面的标签,比如不同的样地用不同的符号表示。或者样地名称想修改一下。应该怎么做?谢谢老师。
[13]雷霆   2012-6-26 11:07
Janson 老师,您好! 我是北京林业大学一名青椒,正在学习使用R做一些多元统计分析,有两个问题请教您一下。
1. 我有植被数据和一系列环境数据,环境数据部分是实测的、部分是搜集的资料,在做CCA时发现有弓形效应。是否有个方法能对环境因子进行初步筛选,剔除一些自相关较强的因子,仅保留对植被数据影响显著的?
2.NMDS与其他的排序方法相比有什么优缺点?我不太理解为什么要采用这种方法。
希望您能抽时间指导一下,万分感谢!
[12]董纯明   2012-5-19 21:01
赖老师,我最近想利用canoco进行不同微生物种群间PCA分析,用于分析这些微生物种群结构的差异。看到你翻译了canoco这部书,很希望能够你给我提供以下翻译稿。第一章我能够下载,其他几章好像下载不了。如果可能的话,烦请发送到我的邮箱:donnytio@163.com
[11]李晓亮   2012-4-16 16:15
赖老师,我想比较两个群落之间的相似关系,用什么方法比较好啊
[10]杨淇越   2012-2-10 18:34
谢谢赖老师,您的博客内容帮了我大忙了,衷心的感谢您!
[9]echo8914667   2012-1-2 16:49
赖老师您好:
  植物多样性和环境因子的关系,植物多样性的数据包括4个指标:植物物种数还有三个多样性指数,我想问下您,组织物种数据的时候,是该每个指标都和环境因子做个CCA图么??如果四个指标同时和环境因子进行CCA分析,能得出来环境因子对哪个指标影响比较显著么?刚接触软件,比较弱智的问题。
[8]张迎秋   2011-12-28 15:52
赖老师,您好!
在wintwins和PCORD中做twinspan分析时,都要设置cut level,个我有些细节不是特别懂,望您予以解答。我的数据前70%都是0,在80个百分点时是0.01,90个百分点时是0.04,最大值是1.06,这样的话,我该选择几个cut level,该分别选择什么,如何进行赋以权重?
[7]yezi0220   2011-10-18 21:54
赖老师您好,请问植物所近期有没有关于Canoco软件和R语言的培训?谢谢
[6]SWCZB   2011-10-15 10:50
赖老师:
   您好!
   我分析环境因子对细菌群落结构组成的影响,分别采集10个点的样品,测定10个点中样品的环境参数和细菌数量,按照你在CANOCO教程中的操作进行使用(我第一次学习使用该软件,以前统计软件不会用,都是请教其它同学,由于这个软件他们也没有使用过,又没有时间来慢慢学习使用,只有自己学习使用)。我是把每个点的细菌数量作为第一列,溶氧、总氮等分别作为第二列、第三列等,但结果显示出来不是的。并且应用canoco软件进行排序后(CCA)分析后,不知哪个数据是种类与环境的相关系数以及环境与排序轴的相关性?
   非常期待您能在百忙之中为我答疑解惑,如在你方便是告知电话,我想给你打个电话能直接聆听你的指导,非常谢谢,我的电话是13072355848, bailu20059@126.com。
[5]echo8914667   2011-6-29 17:25
赖老师您好:
   我的数据比较多,是1-10年的人工林,测定一系列的指标,一共6个指标,并且和对照样地进行对比,随年龄的变化我用的就是回归分析,各个指标分别回归,和对照样地的对比,我用的是多重比较,既每个年龄的每个指标都和对照样地进行对比,多重比较的结果非常冗长。
投稿,审稿人说,
The multiple comparisions test is not appropriate to data (too much comparisons, and combinations without testing interactions). I think multivariate analysis (AFC, CCA, db-RDA) on total density and diversity of the measured indices could highlight some combinations, which, then could be tested bu Tuckey's test.

我没做过这些分析,不晓得是啥意思,是不是看我这些指标到底哪些变化比较大,然后就针对这个变化明显的和对照进行对比呢?
我的回复(2011-6-30 15:39):让你用排序方法分析,找出规律后,再进行局部的多重比较(Tuckey test)
[4]李修强   2011-4-16 20:21
赖老师,您好。我现在在学习用CANOCO软件做RDA,PRC等多元统计。但遇到了一个问题,我一直不知怎么去解决,特向赖老师请教。我 想探究土壤线虫群落组成与土壤环境因子之间的关系,想用RDA分析,但我的数据是五次采样的结果,我就不知道环境因子的数据如何正确排列,恳请赖老师指点,晚辈不胜感激。
我的回复(2011-6-30 15:50):每年的数据都可以当作一个因子
关于多次测量的数据,这本书的第215页 case study 15 讲了全部过程,请参考!
http://www.planta.cn/forum/files_planta/multivariate_analysis_of_ecological_data_using_canoco_592.pdf
[3]王建国   2011-3-26 09:35
   赖老师很辛苦啊,这么多人向您请教!致敬
我的回复(2011-6-30 15:50):谢谢!
[2]林巧香   2011-1-27 22:53
赖老师:
   您好!
   非常有幸能在生物多样性年会上聆听您宝贵的演讲,并获得您的宝贵意见,如获至宝,深深受益。但至今有一个问题深深困扰我:应用canoco软件进行排序后(CCA)得到的种类与环境的相关系数以及环境与排序轴的相关性,如何知道结果是否显著呢?比如:排序轴(axi1~4)种类与环境相关系数分别为:0.7、0.6、0.3、0.2,那么它们是否显著相关呢?
   非常期待您能在百忙之中为我答疑解惑,千言万语无法表达对您的感谢!祝您新春愉快!万事如意!
我的回复(2011-6-30 15:52):这个相关性类似两个变量的相关性,可以查相关系数表获得,自由度为样点的个数-1

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