赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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[41]wumusheng   2016-1-13 19:28
挑 战 书 挑战中国科学院南京地质古生物研究、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中国科学院古脊椎动物与古人类研究所、中国地质大学、牛津大学:生物学系、地球科学系 挑战内容:以《解开地球历史之谜》为命题挑战以上单位。见新浪微博网址:http://t.cn/R40GbWG
[40]赖江山   2015-7-12 19:57
加入377172811群,群文件就有
[39]雷海迪   2015-7-12 17:43
赖老师:可不可以发我一份CANOCO5.0的软件啊(邮箱lhd1030@yeah.net),急用!换电脑了,之前的4.5用不了。麻烦您了,谢谢您!
[38]lb000117   2015-7-9 21:17
赖老师,我现在要进行群落分类与排序,但目前关于此类分析使用的软件canoco及R语言我都没接触过,如果要进行数据分析的话,你觉得应该选择哪个分析软件进行学习呢?谢谢!我的邮箱:onlinelb@163.com
[37]bloowind   2015-5-15 08:47
老师,我用R语言的 spatstat软件包做点格局时得到的图最大尺度是样方短边长的1/4,帮助文件也是这样说明的,但各种发表的论文中最大尺度都是短边长的1/2
[36]lndjl   2015-5-14 15:29
老师您好,根据您的《基于Vegan 软件包的生态学数据排序分析》,我已经用自己的数据做出了PCA和RDA的图,不过,我怎么知道F值和P值啊??请求您帮忙.我的邮箱lndjl@126.com,真诚期待您的回信!谢谢
[35]lndjl   2015-5-6 16:46
数据找到了,开始学习中,如有问题,会随时请教您的!谢谢
[34]junjun20   2015-4-7 14:56
老师 我按照您的《基于Vegan 软件包的生态学数据的排序分析》这篇文章进行cca分析 plot()得到的图片 只显示两条环境箭头 而且只是 frame最开始的两个环境量 为什么这样?  和数据无关 只显示 第一个和第二个 如果做约束 只显示~1+2的环境量的箭头
[33]赖江山   2015-3-24 22:38
查看 《数量生态学-R语言应用》 第145页
[32]coldlove   2015-3-23 16:12
赖老师,您好,我在用canoco作CCA分析时,sol文件中有两个样方得分的结果,一个是sample scores,一个是Sample scores which are linear combinations of environmental variables,如何理解这两者呢?希望老师不吝赐教。
[31]赵军   2015-1-4 19:01
赖老师好,CANOCO4.5在windows8.1系统上用不了,是系统的问题还是软件压根不支持win8啊?
我的回复(2015-1-10 11:09):不支持,建议用R
我的回复(2015-1-5 06:32):不支持win 8
[30]黄涛   2014-10-28 09:39
赖老师您好,什么时候再有关于R语言的讲座, 想了解一下,谢谢!
我的回复(2014-10-30 06:16):我下周一二在云南西双版纳热带植物园有一个两天的讲座。如果有兴趣的话,请给跟我联系lai@ibcas.ac.cn
[29]马玉   2014-5-28 14:40
赖老师您好,读了您关于CANOCO方面的博文,受益匪浅,还有一个问题没弄懂,希望老师不吝赐教。就是一般文章里面将物种样方做完排序后,会做个相关分析,比如DCA第一轴与样地到海岸线间距离的回归分析
,这个回归分析如何做呢?也就是说如何将DCA第一轴具体化,这个问题实在没弄明白,研究好久了,希望老师能点拨点拨,谢谢!
[28]aiying31   2014-3-24 17:04
赖老师您好,CanoDraw中export statistics 中N2 diversity of samples,N1 richness of samples,N2/N1 evenness of samples是指的什么?
[27]dinglinjie   2014-3-22 14:05
   赖老师您好:
       我是吉林大学的一名研究生,非常感谢您对于多样性分析数据和经验的分享,看了您的文章和博文,我已经会做基本的分析了。作图的时候遇到一个问题,总也找不到问题的原因,还望赖老师指导一下。我用基于R语言的vegan软件包做CCA分析,有十三个环境因素,但是图做出来只有位于前四列的四个,其他的都没有显示出来,赖老师,您说这是什么原因呢
[26]黄兆斌   2014-3-6 11:06
赖老师好!
我是做微生物生态方面的,但是生态学理论基础不够好,研究生有学习过生态统计的简单理论,比如欧式距离等,但是经常碰到一些生态术语,认识不深,比如变换多元ANOVA检验等,所以想让赖老师推荐一本生态统计方面的理论书,包括理论,计算,结果输出解读。
谢谢
[25]叶琴   2014-1-3 14:18
赖老师好:
接触canoco软件差不多有一个月的时间,算是新手,基本的作图算是弄懂了,但是做CCA时一定要将环境因子的数据标准化吗?怎么标准化呢?因为我的环境因子都是正值,所以采用了开平方的方法,但是发现,标准化前后图形变化很大~就不知道要怎么办了~
[24]jianjianxiaohe   2013-12-5 14:14
赖老师您好。
我想请教您, Canoco 5升级后,经典的R语言vegan 包还能实现 Canoco 5目前的功能么?不知道您是否比较过。如:Bray-Curtis、Gower 距离、Jaccard 系数等距离计算,以及PCoA和
db-RDA分析等。
谢谢您。
我的回复(2013-12-27 07:19):vegan包可以运行上面这些分析
我的回复(2013-12-27 07:19):vegan包比CANOCO强大,而且正在不断更新添加新方法。
[23]lougiven   2013-12-4 21:26
赖老师您好,想请教您一下,R里面adonis 这个函数的检验的结果 是按环境因子的顺序依次计算的,类似于cca/rda 用anova(by="terms")检验的结果。想问一下,这个结果和envfit 的结果 能对应起来吗? 它们又分别适用于哪种情况呢?谢谢您
[22]sagulaji   2013-11-26 12:28
赖老师您好,我最近想用canoco进行微生物与环境的cca分析,有看到文章中有蒙地卡罗检验,他p值只有一个≦0.05.可是我看文章中环境因素有8个,我想问他这样写是总体的p值吗?如果不是每个环境因素都是p≦0.05,那应该怎样分析呢?谢谢
我的回复(2013-11-30 07:26):总体p值小于0.05,是个综合值。如果每个环境因子,需要进行单个环境因子进行分析。

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