科学网—laijiangshan的留言板

[93]李莉 2021-1-10 14:43

赖老师：
   您好！我想用Phyloclim包的anc.clim函数对祖先气候适应性进行重建，我在学习这个包的时候，发现其原始数据PNO中，每个环境因子都有一个叫做“variable ”的变量，我目前不知道这个变量是如何获得的，可以拜托您指导一下吗？万分感谢！

####我的数据
> head(clim)
HMC  HFC  LFC
1 4027 4027 4027
2 4356 4356 4356
3 4541 4541 4541
4 4797 4797 4797
5 4784 4784 4784
6 4901 4901 4901
> tr

Phylogenetic tree with 3 tips and 2 internal nodes.

Tip labels:
  HFC, HMC, LFC

Rooted; includes branch lengths.
> ac1 <- anc.clim(target = tr, pno = clim, n = 100)
Error in data.frame(x) : row names contain missing values
此外: Warning messages:
1: In FUN(newX[, i], ...) :
  the names of 'x' and the tip labels of the tree do not match: the former were ignored in the analysis.
2: In Initialize.corPhyl(corStruct, data.frame(x)) :
  No covariate specified, species will be taken as ordered in the data frame. To avoid this message, specify a covariate containing the species names with the 'form' argument.

####软件包的test数据
> tree

Phylogenetic tree with 5 tips and 4 internal nodes.

Tip labels:
  adenophylla, arenaria, laciniata, enneaphylla, loricata

Rooted; includes branch lengths.

> clim1 <- PNO$PrecipitationWarmestQuarter
> head(clim1)
variable adenophylla arenaria  enneaphylla laciniata loricata
1 0.00000  0.02225193 0.39616046 0.0004981347 0.005570378 0.002770169
2  38.44898  0.56936564 0.28548473 0.0483867934 0.090354572 0.327931308
3  76.89796  0.20232050 0.19529811 0.0630264096 0.363138573 0.142187408
4 115.34694  0.10365486 0.08120637 0.0266872031 0.167960728 0.088057939
5 153.79592  0.06196568 0.02861484 0.0256178105 0.148677108 0.075511689
6 192.24490  0.02866730 0.01053544 0.0328056103 0.057139103 0.063873678
> ac <- anc.clim(target = tree, pno = clim1, n = 100)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)

[92]高瑜 2020-12-21 15:52

赖老师您好！
想请教您一个关于R语言Biomod2包的问题，我在运行模型的全部十个物种分布模型时，其他模型都很顺利，但MARS模型总是报错，尝试了很多解决办法都没有用，老师知道可能是什么原因吗？报错如下：
Model=Multiple Adaptive Regression Splines ( simple with no interaction )
Error in validObject(.Object) :
invalid class “MARS_biomod2_model” object: FALSE
期待老师的回复！

我的回复(2020-12-27 08:55)：我也不清楚，请参考帮助函数看看

[91]夏杭 2020-12-11 20:30

您好，老师，想学习一下您关于树木邻体竞争指数的代码，但下载不了，您能抽空给一下吗？

[90]曹洋 2020-11-26 20:02

赖老师您好！我在做RDA分析时“第一轴和第二轴的解释变量分别为86.47%和13.53%，累计解释量为100.00%”，我对这个100%比较疑惑，因为其他人论文里没见过前两轴100%，请问赖老师这个结果是对的吗？

我的回复(2020-12-27 08:56)：样本量不够

我的回复(2020-12-2 08:17)：样本量不够

[89]张林 2020-11-22 22:47

赖老师您好，“从样方记录数据到生物多样性指数计算”中的代码和文件能再分享一下吗，谢谢。

[88]申源 2020-10-21 16:23

赖老师，您好，我想问一下，使用代码搜索gbif物种分布数据的时候，可以直接获取中国的分布数据吗？我目前使用的是获取这个物种的全球分布记录后，再筛选中国部分的，还有就是是否可以创建循环语句，搜索一个Excel的所记录的名单呢？

我的回复(2020-10-23 07:26)：可以下载下来用循环筛选，可以跟我联系，QQ 185756911

[87]江晓亮 2020-9-12 15:44

赖老师，您好！
看在您的第二版译著《数量生态学》，里面有个包“gclus”的一个用于可视化相异性矩阵的函数‘coldiss’好像没有，是这个函数被删了吗？

我的回复(2020-10-23 07:26)：这是个自编函数，全部下载的数据集里面有。

我的回复(2020-9-17 22:09)：有啊，在数据集中都有。

[86]王凯 2020-8-17 17:52

老师，您好。
我在用vegan包里rda做偏rda的时候，有一个解释变量的典范系数是NA。但是在变量向前选择时，这个环境变量又有了典范系数，请教一下老师这个是什么原因呢。

我的回复(2020-10-23 07:47)：也可能是样本量问题，也可以是高度相关的问题。

我的回复(2020-9-17 22:09)：根据你的信息无法判断

我的回复(2020-8-30 10:07)：不太清楚

[85]卿艳霞 2020-8-17 14:31

赖老师，您好！我是一名R语言学习者，目前正在看您的第二版译著《数量生态学》，我在您的博客里下载了相关的代码，但是我发现里面没有数据，无法进行配套练习，可以麻烦您给我发一份吗？我的邮箱是1344670564@qq.com

我的回复(2020-8-30 10:08)：数据直接在R文件里面。

[84]陈康 2020-8-13 11:44

赖老师，您好，
我在安装PCNM包的时候老是提示版本不适用，我的R版本是4.0.2，我换了一个3.4.4版本的还是不行。是不是需要提前安装什么包才可以？老师您有没有什么解决办法？谢谢老师。

我的回复(2020-8-30 10:08)：请安装adespatial包

[83]姜晓燕 2020-7-3 16:38

赖老师，您好：
我在对植物的性状值做PCA分析的时候，因为有缺失值，看了您的博文然后用了那个missMDA包里的imputPCA函数，结果出现错误信息：Error: Must use a vector in `[`, not an object of class matrix. 想请问一下老师这个是什么原因导致的呢？盖怎么解决呢？谢谢老师！