赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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[93]李莉   2021-1-10 14:43
赖老师:
       您好!我想用Phyloclim包的anc.clim函数对祖先气候适应性进行重建,我在学习这个包的时候,发现其原始数据PNO中,每个环境因子都有一个叫做“variable ”的变量,我目前不知道这个变量是如何获得的,可以拜托您指导一下吗?万分感谢!

####我的数据
> head(clim)
   HMC  HFC  LFC
1 4027 4027 4027
2 4356 4356 4356
3 4541 4541 4541
4 4797 4797 4797
5 4784 4784 4784
6 4901 4901 4901
> tr

Phylogenetic tree with 3 tips and 2 internal nodes.

Tip labels:
  HFC, HMC, LFC

Rooted; includes branch lengths.
> ac1 <- anc.clim(target = tr, pno = clim, n = 100)
Error in data.frame(x) : row names contain missing values
此外: Warning messages:
1: In FUN(newX[, i], ...) :
  the names of 'x' and the tip labels of the tree do not match: the former were ignored in the analysis.
2: In Initialize.corPhyl(corStruct, data.frame(x)) :
  No covariate specified, species will be taken as ordered in the data frame. To avoid this message, specify a covariate containing the species names with the 'form' argument.

####软件包的test数据
> tree

Phylogenetic tree with 5 tips and 4 internal nodes.

Tip labels:
  adenophylla, arenaria, laciniata, enneaphylla, loricata

Rooted; includes branch lengths.


> clim1 <- PNO$PrecipitationWarmestQuarter
> head(clim1)
   variable adenophylla   arenaria  enneaphylla   laciniata    loricata
1   0.00000  0.02225193 0.39616046 0.0004981347 0.005570378 0.002770169
2  38.44898  0.56936564 0.28548473 0.0483867934 0.090354572 0.327931308
3  76.89796  0.20232050 0.19529811 0.0630264096 0.363138573 0.142187408
4 115.34694  0.10365486 0.08120637 0.0266872031 0.167960728 0.088057939
5 153.79592  0.06196568 0.02861484 0.0256178105 0.148677108 0.075511689
6 192.24490  0.02866730 0.01053544 0.0328056103 0.057139103 0.063873678
> ac <- anc.clim(target = tree, pno = clim1, n = 100)
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
[92]高瑜   2020-12-21 15:52
赖老师您好!
想请教您一个关于R语言Biomod2包的问题,我在运行模型的全部十个物种分布模型时,其他模型都很顺利,但MARS模型总是报错,尝试了很多解决办法都没有用,老师知道可能是什么原因吗?报错如下:
Model=Multiple Adaptive Regression Splines ( simple with no interaction )
Error in validObject(.Object) :
  invalid class “MARS_biomod2_model” object: FALSE
期待老师的回复!
我的回复(2020-12-27 08:55):我也不清楚,请参考帮助函数看看
[91]夏杭   2020-12-11 20:30
您好,老师,想学习一下您关于树木邻体竞争指数的代码,但下载不了,您能抽空给一下吗?
[90]曹洋   2020-11-26 20:02
赖老师 您好!我在做RDA分析时“第一轴和第二轴的解释变量分别为86.47%和13.53%,累计解释量为100.00%”,我对这个100%比较疑惑,因为其他人论文里没见过前两轴100%,请问赖老师这个结果是对的吗?
我的回复(2020-12-27 08:56):样本量不够
我的回复(2020-12-2 08:17):样本量不够
[89]张林   2020-11-22 22:47
赖老师您好,“从样方记录数据到生物多样性指数计算”中的代码和文件能再分享一下吗,谢谢。
[88]申源   2020-10-21 16:23
赖老师,您好,我想问一下,使用代码搜索gbif物种分布数据的时候,可以直接获取中国的分布数据吗?我目前使用的是获取这个物种的全球分布记录后,再筛选中国部分的,还有就是是否可以创建循环语句,搜索一个Excel的所记录的名单呢?
我的回复(2020-10-23 07:26):可以下载下来用循环筛选,可以跟我联系,QQ 185756911
[87]江晓亮   2020-9-12 15:44
赖老师,您好!
看在您的第二版译著《数量生态学》,里面有个包“gclus”的一个用于可视化相异性矩阵的函数‘coldiss’好像没有,是这个函数被删了吗?
我的回复(2020-10-23 07:26):这是个自编函数,全部下载的数据集里面有。
我的回复(2020-9-17 22:09):有啊,在数据集中都有。
[86]王凯   2020-8-17 17:52
老师,您好。
我在用vegan包里rda做偏rda的时候,有一个解释变量的典范系数是NA。但是在变量向前选择时,这个环境变量又有了典范系数,请教一下老师这个是什么原因呢。
我的回复(2020-10-23 07:47):也可能是样本量问题,也可以是高度相关的问题。
我的回复(2020-9-17 22:09):根据你的信息无法判断
我的回复(2020-8-30 10:07):不太清楚
[85]卿艳霞   2020-8-17 14:31
赖老师,您好!我是一名R语言学习者,目前正在看您的第二版译著《数量生态学》,我在您的博客里下载了相关的代码,但是我发现里面没有数据,无法进行配套练习,可以麻烦您给我发一份吗?我的邮箱是1344670564@qq.com
我的回复(2020-8-30 10:08):数据直接在R文件里面。
[84]陈康   2020-8-13 11:44
赖老师,您好,
我在安装PCNM包的时候老是提示版本不适用,我的R版本是4.0.2,我换了一个3.4.4版本的还是不行。是不是需要提前安装什么包才可以?老师您有没有什么解决办法?谢谢老师。
我的回复(2020-8-30 10:08):请安装adespatial包
[83]姜晓燕   2020-7-3 16:38
赖老师,您好:
我在对植物的性状值做PCA分析的时候,因为有缺失值,看了您的博文然后用了那个missMDA包里的imputPCA函数,结果出现错误信息:Error: Must use a vector in `[`, not an object of class matrix. 想请问一下老师这个是什么原因导致的呢?盖怎么解决呢?谢谢老师!
[82]邹贵武   2020-1-7 14:57
赖老师,您好!请问在做CCA分析的时候,我想看每个因子的显著性,使用envfit() 和anova.cca()函数by“term”有什么区别呀,我两个函数都用了,结果差很大
我的回复(2020-6-14 09:26):CCA的因子显著性跟你输入的环境变量的排列位置有关,到现在是个难题。
我的回复(2020-1-28 22:19):envfit是每个因子单独,anova.cca是跟环境因子输入的顺序有关,都不靠谱。建议你使用我的rdacca.hp的包。
[81]张雅茹   2019-11-27 16:33
赖老师,您今年还开培训班吗,我想报名学习
我的回复(2020-6-14 09:27):目前来说够呛。回头只能开网上课程。
我的回复(2020-1-28 22:20):关注“源绿”微信公众号,获取最新的R语言培训信息。
我的回复(2019-12-7 08:29):有,请关注一下“源绿数据分析”公众号,查看培训信息。
我的回复(2019-11-30 13:46):回复张雅茹关注 微信公众号” 源绿数据分析“ 查看信息
[80]刘小伟   2019-11-24 16:12
赖老师您好:
最近在看文章的过程中,总是会看到SBB中的某些文章中的NMDS和PCA分析中加入了环境因子,并在结果中强调了将环境因子作为解释变量去解释NMDS或PCA的排序结果。因为SBB这个期刊还算比较好的期刊,因此,我想请教一下赖老师,这样做是合理的吗?
我的回复(2020-6-14 09:28):SBB上很多统计学错误
我的回复(2020-6-14 09:28):如果是量化的结果肯定很不合理。
我的回复(2020-1-28 22:21):不太合理。SBB的统计学错误不少。
我的回复(2019-11-30 13:49):只要不给解释率,大概说一下,是可以的。但一般不这么做。
[79]胡静霞   2019-10-5 20:12
赖老师,请问iNEXT包中的ChaoRichness函数和稀疏外推曲线函数有中文的具体教程吗?
[78]王庚申   2019-9-17 21:29
赖老师,请问Legendre他们的数量生态学的书有中文译本吗?
[77]王庚申   2019-9-13 12:44
赖老师,我是《数量生态学》的粉丝一名,最近一直在学习但是在计算相异矩阵这一块数学基础非常受限,请问有什么参考书籍可以补充一下这方面数学知识吗?
[76]赖江山   2018-5-4 08:49
重新建立一个R语言的学习群166464071,请有兴趣的朋友加入
[75]刘磊   2018-4-25 15:19
赖老师,您建的Canoco群已经满员了,还想加群怎么办?
我的回复(2018-5-4 08:53):已经可以了
我的回复(2018-4-29 22:00):已经可以了
[74]王娟娟   2017-12-24 17:00
赖老师,你好!我是一名学生。R语言的运用就是通过拜读你的《数量生态学》期间学习的。最近正在琢磨gbm增强回归树进行物种分布预测。但是,很遗憾,没有gbm代码。请教您,哪里可以有gbm的实例,想学习!
我的回复(2018-4-29 22:01):google一下

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GMT+8, 2021-2-25 16:30

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