赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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新疆生地所2021年9月10日讲座:用rdacca.hp包获取典范分析中单个解释变量的解释率(ppt和代码)
热度 2 2021-9-10 08:26
新疆生地所讲座代码.r 新疆生地所:用rdacca.hp包获取典范分析中单个解释变量的解释率.pdf
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新疆生地所2021年9月10日讲座:用rdacca.hp包获取典范分析中单个解释变量的解释率
2021-9-7 22:00
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赵莲菊教授的线上讲座的随记
热度 1 2021-9-2 13:33
上周有幸听到赵莲菊教授的线上讲座,感触良多。赵教授自称是60%统计学家、30%数学家与10%生态学家。但赵老师在生态学顶级刊物的发文量,足以让99%生态学家自叹不如。她以第一作者在Methods in Ecology and Evolution(7篇),Ecology(6篇),Ecological Monographs(3篇,含1篇通讯作者),Ecology Lette ...
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关于更新boxplert和boxplerk及添加ggplerrt和ggplerk的函数通知
2021-9-1 22:45
在数量生态学-R语言应用 第一二版中,有个做方差分析(ANOVA)的LSD多重比较的函数boxplert和boxplerk,此函数由Numerical Ecology with R 的原作者提供。这两个函数在做多重比较作图过程,字母标号出现错位的情况。我在讲课过程虽感觉用这两个函数的的结果有点奇怪,但是从来没有怀疑是原函数出错,还觉得是多重比较p值校 ...
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使用rdacca.hp包进行数据分析的文章列表(截至2021年8月25日29篇SCI)
2021-8-25 12:08
自从2019年9月第一次发布rdaenvpart包( http://blog.sciencenet.cn/blog-267448-1199315.html) ,之后更名为rdacca.hp,并在CRAN上发布,截至2021年8月25日,已经有29篇SCI论文使用此包做数据分析, 由于之前是在QQ群里发布,故目前都是国人的文章,但遗憾的是有些文章并没有准确引用。 目前引用的格式是 La ...
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rdacca.hp包1.0版本正式在CRAN发布
2021-8-13 07:12
最近更新的rdacca.hp包(1.0版本)已经在CRAN发布发布,此次增加了对单独贡献的置换检验(获取p值)的函数permu.hp, 欢迎大家重新安装并应用于典范分析单个解释变量的相对重要性的判断. https://cran.r-project.org/web//packages/rdacca.hp/index.html
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比较两条回归线斜率和截距是否显著性差异(simba包)
2021-6-11 16:06
研究过程,有时候需要比较两条回归的斜率和截距,可以用simba包diffslope和diffic函数。参考的文献为:Nekola, J. C. and White, P. S. (1999) The distance decay of similarity in biogeography and ecology. Journal of Biogeography 26: 867-878. #install.packages(simba) library(simba) 下面的代码全部是 ...
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ggplot2里面的全球地图并添加物种分布的点
2021-6-6 08:57
手里有一批从GBIF网站下载的物种分布数据,想把它们在ggplot2里面地图里面标出并做成动画来展示。可以首先每个物种进行作图保存后,然后利用图片工厂”中动画制作将图片连接起来并保存为GIF格式即可。 以下是出每个图的代码 library(ggplot2) mapWorld - borders(world, colour=white, fill=grey ...
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将原始多度数据转化正整数等级数据并制作热图
2021-6-2 17:44
将多度数据转为等级数据代码 将多度数据转为等级数据代码 有学员对于能够展示物种在样方多度分布的热图(如下图)很感兴趣(列为样方,行为物种,热图的颜色代表多度),但这个热图需要用到将原始多度数据转化为10以内正整数的等级数据。很多学员不知道怎么转化。其实,将原始多度数据转化等级数据并没有统一的模式,分 ...
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如何显示方差分析多重比较的两两比较的p值
2021-4-22 12:57
#一般方差分析多重比较的函数,貌似只给字母的标识,没有两两之间的p值,ggpubr包里有一个函数可以帮忙实现 library(ggpubr) #如果是多因素方差分析,需要生成一个新的类别变量为两个(多个)旧分类变量的组合,否则无法实现 #LSD多重比较就是两两之间的T检验 compare_means(Y~new,oats,method=t.test, ...
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GMT+8, 2021-10-23 16:13

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