赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

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国际植被科学协会“2019年洪堡奖章”授予Pierre Legendre颁奖词
2021-2-25 14:06
国际植被科学协会“2019年亚历山大·冯·洪堡奖章”授予Pierre Legendre颁奖词( Peter Minchin) (来自 http://iavs.org/Awards/Legendre-AvH-Laudatio-by-Minchin-2019.pdf ,翻译为中文是为了让国内学者更好了解数量生态学的研究内容和Pierre Legendre本人) 早上好,各位朋友们和同事们。我很高兴向大家介绍Pi ...
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为什么没有截距的线性回归的R2会变大?
2021-2-19 09:47
刚有个同学问为什么没有截距的线性回归的R2会变大?原理很简单,普通回归的R2: 下面是没有截距的R2,没有intercept的等于强制响应变量平均值等于0,自然R2就变大,但是这样的R2与与正常有截距的R2进行比较是没有意义的。
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通过置换检验(也就是 Monte Carlo模拟检验)获得相关系数的p值
2021-2-10 11:06
刚有学员问“怎么用R做 相关估计显著水平的MonteCarlo模拟检验”。其实不要被“MonteCarlo模拟”这个貌似很高深的术语所迷惑,MonteCarlo模拟简单说,就是用原始数据,不放回重新全部抽样,对抽取数据的配对再进行分析获得模拟值,然后通过看实测值与模拟值分布(n次抽样,一般设为999,这样最小p ...
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如何提取多元回归lm里面的全模型的p值
2021-1-25 23:02
刚有学员问用循环做了很多回归,每次拷贝回归模型的R2和p值很麻烦,能否循环自动做成表格。我再次查看一下summary.lm函数,http://127.0.0.1:19929/library/stats/html/summary.lm.html 发现虽然直接显示是有全模型的p值,但输出的对象中无法直接提取模型p值(可能可以,但是我是不知道怎么提取,我说的不是系数p值,是全 ...
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为什么SEM中通径系数会大于1?
2021-1-7 16:23
SEM是现代生态学研究非常时髦的分析方式。但很多人可能无法理解一个现象,为什么选取的通径系数是标准化后的系数,其绝对值怎么能够超过1?其实,当解释变量如果存在强共线性的时候,这种情况是可能会出现的。因为,SEM里面的通径系数就是多元线性回归系数。这个问题也就等同于多元线性回归标准化的系 ...
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群落Whittaker指数的R实现
2020-12-28 19:25
刚有人问我说 Whittaker beta多样性指数R里面哪个函数能算。其实我还真想不起来,但是这么简单的指数应该稍有点R基本操作就应该能自己写过代码算一下。 Whittaker (1960)=(群落总物种数/样方的平均物种数)-1 library(vegan) data(varespec) ncol(varespec)/mean(apply(ifelse(varespec0,1,0),1,su ...
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R包:rdacca.hp(层次分割获取典范分析RDA, CCA和dbRDA单个解释变量的贡献)
2020-12-4 22:25
典范分析( RDA,CCA 和 dbRDA )作为研究解释变量矩阵(通常是环境因子)解释响应变量矩阵(通常是物种数据)主要多元统计方法,广泛应用生态学与环境科学多元数据分析当中。在约束排序分析中,我们可以获得全模型(即包含所有环境因子)的解释率( RDA 称为 R 2 , CCA 称为解释率),即响应变量总变量( to ...
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reshape包的melt函数将宽数据变为长数据的函数
2020-12-1 22:58
宽数据:宽数据是比较常用的数据收集与储存样式,群落学里面一般是表示为一列为一个变量,一行为一个样本,表格里面的值代表变量在样本里面的观测值。 长数据:长数据是一元统计分析可能会用到的样式,如将上面的每一列的值重叠形成新的一列,表示观测值。另外添加一列表示观测值所对应的变量名字。 Resh ...
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有一个计算生物多样性指数新R包adiv,发表在最新一期的MEE上
2020-9-18 14:36
Sandrine Pavoine 在2020年6月Methods in Ecology and Evolution发表一个新包adiv: Anrpackage to analyse biodiversity in ecology。此包含有最全的生物多样性指数的计算函数。包括三个层次(α,β和γ)物种多样性、分类学多样性、功能多样性和谱系多样性。具体详见下面链接,值得关注! htt ...
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GMT+8, 2021-2-25 16:42

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