通过置换检验（也就是 Monte Carlo模拟检验）获得相关系数的p值

赖江山 2021-2-10 11:06

刚有学员问“怎么用R做 相关估计显著水平的MonteCarlo模拟检验”。其实不要被“MonteCarlo模拟”这个貌似很高深的术语所迷惑，MonteCarlo模拟简单说，就是用原始数据，不放回重新全部抽样，对抽取数据的配对再进行分析获得模拟值，然后通过看实测值与模拟值分布（n次抽样，一般设为999，这样最小p ...

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如何提取多元回归lm里面的全模型的p值

赖江山 2021-1-25 23:02

刚有学员问用循环做了很多回归，每次拷贝回归模型的R2和p值很麻烦，能否循环自动做成表格。我再次查看一下summary.lm函数，http://127.0.0.1:19929/library/stats/html/summary.lm.html 发现虽然直接显示是有全模型的p值，但输出的对象中无法直接提取模型p值（可能可以，但是我是不知道怎么提取，我说的不是系数p值，是全 ...

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为什么SEM中通径系数会大于1？

赖江山 2021-1-7 16:23

SEM是现代生态学研究非常时髦的分析方式。但很多人可能无法理解一个现象，为什么选取的通径系数是标准化后的系数，其绝对值怎么能够超过1？其实，当解释变量如果存在强共线性的时候，这种情况是可能会出现的。因为，SEM里面的通径系数就是多元线性回归系数。这个问题也就等同于多元线性回归标准化的系 ...

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群落Whittaker指数的R实现

赖江山 2020-12-28 19:25

刚有人问我说 Whittaker beta多样性指数R里面哪个函数能算。其实我还真想不起来，但是这么简单的指数应该稍有点R基本操作就应该能自己写过代码算一下。 Whittaker （1960）=（群落总物种数/样方的平均物种数）-1 library(vegan) data(varespec) ncol(varespec)/mean(apply(ifelse(varespec0,1,0),1,su ...

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reshape包的melt函数将宽数据变为长数据的函数

赖江山 2020-12-1 22:58

宽数据：宽数据是比较常用的数据收集与储存样式，群落学里面一般是表示为一列为一个变量，一行为一个样本，表格里面的值代表变量在样本里面的观测值。 长数据：长数据是一元统计分析可能会用到的样式，如将上面的每一列的值重叠形成新的一列，表示观测值。另外添加一列表示观测值所对应的变量名字。 Resh ...

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有一个计算生物多样性指数新R包adiv，发表在最新一期的MEE上

赖江山 2020-9-18 14:36

Sandrine Pavoine 在2020年6月Methods in Ecology and Evolution发表一个新包adiv: Anrpackage to analyse biodiversity in ecology。此包含有最全的生物多样性指数的计算函数。包括三个层次（α,β和γ）物种多样性、分类学多样性、功能多样性和谱系多样性。具体详见下面链接，值得关注！ htt ...

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基于R语言的生态与环境科学数据分析培训班通知

赖江山 2020-9-1 14:59

华美同创文化交流（北京）有限公司 基于 R 语言的生态与环境科学数据分析培训班通知 （ 20 20 年9月11日 - 14 日，北京） 随着新的数据分析方法在生态学和环境科学研究中的迅速发展和大数据时代的来临，传统的统计软件已经很难满足当前的数据分析需求。 R ...

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R4.0的版本下定义泛函数的注意事项

赖江山 2020-7-29 14:51

最近在写一个典范分析（RDA,db-RDA和CCA）各个解释变量的重要性评估的R包。发现之前定义的作图泛函数plot.varcano在新版R.4.0后居然无法调用，一直无法找到原因，网上也搜不到有价值的材料，后来参考其他包的文件，偶然发现NAMESPACE文件里面有个类似声明： ## Registration of S3 methods defined in *** S3method(adip ...

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获取某一点的海拔高程的R函数

赖江山 2020-7-28 15:12

刚审稿发现有个可以获取一个北美经纬度点的海拔R包“elevatr” install.packages(elevatr) library(elevatr) mt_wash-data.frame(x=-71.3036,y=44.2700) mt_mans-data.frame(x=-72.8145,y=44.5438) mts ...

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