科学网—laijiangshan的博文 - 第5页

设为首页收藏本站

开启辅助访问切换到宽版

科学网 › 我的中心 › 博文 › laijiangshan的博文

laijiangshan

https://blog.sciencenet.cn/?267448

RDA| glmm| beta多样性| rdacca.hp| 常规统计| 基金| 刊物| 转载| 水杉统计讲坛|

关于典范分析的解释变量是否需要标准化的问题: 赖江山 2022-4-23 21:04; 刚群里有人问，典范分析（RDA、CCA和dbRDA)的解释变量量纲不一样，是否选择转化，比如对数化或是标准化。我的回答是：如果解释变量量纲不一样，对于典范分析，是否标准化并不影响结果，因为跟普通多元回归不同，典范分析中每个解释变量并没有一个单独的回归系数，因此不存在跟多元回归一样的数据标准化后可以获得标准化 ...; 个人分类: RDA|3612 次阅读|没有评论

修正glmm.hp一个bug，请更新glmm.hp包: 赖江山 2022-4-16 10:33; glmm.hp函数输入对象很非常简单，即lme4包和nlme包运行(G)LMM得到对象均可。但lme4包允许输入的数据框带有NA值，但计算过程自动会把带有NA的行全部去掉，但输出的对象的data还是原始带有NA的data，（而nlme是从一开始就不允许带有NA值的数据输入）。glmm.hp是从lme4输出对象获取原始的data, 这个data里面如果带有NA，就会 ...; 个人分类: glmm|2115 次阅读|没有评论

rdacca.hp讲座: 热度 1 赖江山 2022-4-7 19:23; HD讲座.pdf the code for rdacca..hp paper.r; 个人分类: rdacca.hp|3954 次阅读|2 个评论热度 1

rdacca.hp的文章有正式的页码: 热度 1 赖江山 2022-4-5 17:35; rdacca.hp包的文章终于有了正式的页码，MEE刚刚出炉的2022年第四期正式发表，从2022年1月12日在线发表到现在，已经被通知有了3次的正式引用，在bioRxiv上的preprint版本也不断被引用（目前已经达到14次），还有引用CRAN上面的包的也有40多次。相信正在撰写或是投稿中的引用还很多，建议大家以后都引用MEE正式发表的文章。 ...; 个人分类: rdacca.hp|3577 次阅读|3 个评论热度 1

plspm包的安装: 赖江山 2022-3-30 11:46; plspm包作为含有隐变量的通经分析，具有独特的优势，比如能给整个SEM的R2（当然这个R2没什么用，意义不太明确），能做潜变量分析（基于偏最小二乘法，能够提取让回归R2最大化的主成分，是lavaan包没有的功能）等。但是这个包目前已经被CRAN网站剔除（何故不得知），所以无法用install.packages()来安装，只能从github安装 ...; 个人分类: RDA|4389 次阅读|没有评论

adespatial包里面计算beta多样性的两个函数: 赖江山 2022-3-30 09:02; apespatial包有两个函数计算beta多样性， beta.div 函数输入的对象是原始的“样方-物种”的多度数据，可以获得总的beta多样性，还可以获得物种和样方分别对bet多样性贡献性的SCBD和LCBD，并验证LCBD的显著性。 LCBD.comp函数输入的对象是距离矩阵，可以获得总的beta多样性，还可以获得样方对beta多样性贡献性的LCBD，并 ...; 个人分类: beta多样性|3007 次阅读|没有评论

glmm.hp包的结果不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配: 赖江山 2022-3-29 16:14; 刚有同学问为什么glmm.hp对混合模型中固定因子的R2进行分解不与lmerTest包的获得的变量显著性匹配？如下图。这个是非常正常的。lmerTest包获得的变量参数的显著性，这个是相当展示的是层次分割中unique effect，而glmm.hp获得的individual effect是 unique effect加上平均分配的common effect的结果，是考虑的共线性的结果 ...; 个人分类: glmm|2090 次阅读|没有评论

关于glmm.hp函数的数据文件名的规定: 赖江山 2022-3-26 19:33; 刚有个glmm.hp的用户咨询一个运行错误如下：我逐一追溯后发现问题出在于他在lmer的表达式里面数据的文件名用D, 结果在glmm.hp的函数中会提取到这个数据为D，会被误认为是函数D，这个问题无法修改程序来解决，建议用户尽量不用与现有函数名一样的数据对象名称，如果其他用户出现类似的错误，建议修改一下数据对象的名 ...; 个人分类: glmm|1802 次阅读|没有评论

新版glmm.hp在CRAN更新上线: 赖江山 2022-2-9 15:53; 对于非正态分布的广义线性混合模型（ GLMM ），上一版的 glmm.hp() 默认分解是 r.squaredGLMM() 输出矩阵的第一行的 R 2 , 比如对于二项分布的 GLMM ，第一行就是 theoretical 类型 R 2 ，第二行为 delta 类型 R 2 。在写包的时候，我试一下几个 ...; 个人分类: RDA|2583 次阅读|没有评论

一个简洁的子集获取的代码: 赖江山 2022-1-27 16:03; 刚读文献的时候，发现一个提取数据框子集的代码很简洁的代码，特此记录下来。 GuineaPigs - subset(GuineaPigs, !is.na(Testo) !is.na(Rank) (Time %in% c(1,3,5))) 此代码的目的是去掉 GuineaPigs数据钟 Testo和Rank中这两列中含有NA的行，并选取Time里面是1，3，5的行。虽然我们很多的命令可以实 ...; 1288 次阅读|没有评论

1 2 3 456 7 8 9 10 ... 18 下一页

会议

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-20 10:48

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部