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通过置换检验(也就是 Monte Carlo模拟检验)获得相关系数的p值

已有 584 次阅读 2021-2-10 11:06 |个人分类:未分类|系统分类:科研笔记

刚有学员问“怎么用R做 相关估计显著水平的 Monte Carlo模拟检验”。其实不要被“Monte Carlo模拟”这个貌似很高深的术语所迷惑,Monte Carlo模拟简单说,就是用原始数据,不放回重新全部抽样,对抽取数据的配对再进行分析获得模拟值,然后通过看实测值与模拟值分布(n次抽样,一般设为999,这样最小p值是0.001)中的位置来确定p值即可。主要解决的问题是有样本不独立或是数据不正态的问题。

要在R里面实现这个目标,简单用抽样sample(....,replace=F)设定实现,但是其实很多模型的Monte Carlo检验都有现成的包来实现,比如,相关分析可以用RVAideMemoire包里perm.cor.test函数,普通回归分析可以用ape包lmorigin函数。






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