赖江山的博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/laijiangshan 生态、统计与R语言

博文

群落Whittaker指数的R实现

已有 977 次阅读 2020-12-28 19:25 |系统分类:科研笔记

刚有人问我说Whittaker beta多样性指数R里面哪个函数能算。其实我还真想不起来,但是这么简单的指数应该稍有点R基本操作就应该能自己写过代码算一下。Whittaker (1960)=(群落总物种数/样方的平均物种数)-1

library(vegan) 

data(varespec)

ncol(varespec)/mean(apply(ifelse(varespec>0,1,0),1,sum))-1

#ncol(varespec)为群落总物种数,就是样方-物种的表格列数

#ifelse(varespec>0,1,0)把样方变为0-1数据

#mean(apply(ifelse(varespec>0,1,0),1,sum))求每个样方平均物种数

当每个样方物种数一样且等于总物种数时候,Whittaker指数等于0, Whittaker指数没有最大值



http://blog.sciencenet.cn/blog-267448-1264594.html

上一篇:R包:rdacca.hp(层次分割获取典范分析RDA, CCA和dbRDA单个解释变量的贡献)
下一篇:为什么SEM中通径系数会大于1?

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-4-15 00:32

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部