weijia2009的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/weijia2009

留言板

facelist

您需要登录后才可以留言 登录 | 注册


[66]duanshuwei   2012-4-17 16:43
贾老师,您好,我是一名临床医生,现打算做定向代谢组学方面的研究,具体的初步打算是寻找某个疾病治疗中某些药物是否有效的biomarker,读了您的书《医学代谢组学》,但还有很多问题不甚明白,如果我以后从这个方向做研究,1)现在应该做哪些学术准备,比如说学习哪个数据处理软件或平台?2)应该学习哪些数据库?3)还应该学习哪些相关知识?请您指教!
我的回复(2012-4-19 02:07):您是医生的话,我觉得就不必事必躬亲了,做好自己的一摊子不容易。可以考虑跟代谢组学实验室合作,你们共同讨论课题和方案,你负责样本准备,其他的还是交由专业实验室去完成。祝能找到合作方,合作愉快!
[65]孙中华   2012-4-17 12:50
贾老师您好,看过您的几篇博文,很有收获。上中学的时候,高年级有个学习特别优秀的学长,与您同名。咱们国家,同名真的不是稀奇的事情。但是,还是忍不住冒昧地问一句,贾老师老家是在大连(ZH)吗?
我的回复(2012-4-19 02:03):你那个学长帅吗?不帅就不是。
不开玩笑,我不是大连人,老家江苏无锡。
[64]liliyy   2012-4-8 14:34
尊敬的贾老师:
您好!我是武汉大学的一名硕士研究生。我在科学网的“博主委员会”中找到了您,由于毕业论文的需要,想麻烦您做一份调查问卷http://www.sojump.com/jq/1412573.aspx ,可能花费您四分钟左右的时间。目的在于了解 学术性社区 用户知识共享行为的影响因素,研究的成果可能会有助于加强您与他人的学术交流。
打扰您啦,谢谢您!
祝好!
[63]魏少荫   2012-4-7 14:59
期待贾老师关于中南大学年轻研究员的博客!
[62]魏成喜   2012-4-3 22:23
大哥好,很是冒昧的给你留言,呵呵。但是就有关问题想和你交流一下。今天上午得知,小弟入选内蒙古自治区“草原英才”计划第三层次人才,给予50万创新基金。我当时报的时候为了迎合内蒙古自治区支持点——蒙医药而写的申请,现在批了,我想还是做得好。我知道大哥是研究西医的,可能对蒙药不太了解,简单地说和中药相近,但是又有自己的理论体系,和藏药差不多,多是十几味或者几十味的大复方,疗效确切,临床应用很好,但是知识含量很低(很粗糙),因此,我想针对一个十几味的复方进行以下相关研究:1:蛋白组学研究,弄清差异蛋白;2:针对差异蛋白制备相应受体体外构建,寻找有效物质群并得到有效物质构效关系;3:寻找有效物质配比,制备新成分有效组方。4:以此方进行新药临床前研究,为开发新药做准备。
    问题是:
1.对于蛋白组学研究所需仪器我以前见过的是国产的,我的学术骨干用的是进口的,据您了解,脉冲2D电泳仪国产的能不能用,为什么(从长远来看)。是发论文国际期刊不认, 结果不好判断?还是仪器不耐用,等等。呵呵。
2. 对于民族药走向全国,走向世界,您怎么看。           
3.对于小弟上述课题思路,大哥帮忙指导一下,看有没有好点办法。这也算是为蒙药走出内蒙古努力。
谢谢大哥。
我的回复(2012-4-4 08:39):我不做蛋白组学。
你说的十几味的复方进行蛋白组学研究,是个很ambitious的计划,不亚于一个973项目,嘿嘿,听大哥我一句话,做简单些的吧,最好有些靠谱的科学假设和过得硬的前期数据做基础,否则只怕一网撒出去都挂在石头上了。
[61]王芷   2012-4-1 22:46
贾伟,我把编辑稿直接贴在这里。因为篇幅限制,我删节了一些内容,少了些生动,请你看看,不当之处请在发来的版本上直接改,再有就是加上英文标题和你的简介、一张生活照。谢谢!我的E-mail:wangzhi@cast.org.cn


文/贾伟
                               组学的未来
                     英文标题
                 (作者简介:单位,职称)

   Stephen Friend(曾经是国际著名的德国化学及制药Merck公司的副总裁,现在是美国大药厂Sage的总裁)曾对“组学”的未来作了极具煽情的展望:
    “今天,“组学”在我们的生物学中已经到了无处不在的地步,而在未来的25年内,它们将在生物学中占据“老大”的地位—— 如果还不是垄断地位的话。为什么这么说呢?因为我们正在经历着一种专家们称之为“相位移动”式的技术进步,这种新的科学技术将不仅动摇我们知识大厦的根基,而且会改变我们对自身(生命)的看法。换句话说,如同一场技术革命的东风,“组学”注定将吹遍并改变我们生存社会的每一个角落。”
        作为组学研究队伍中的一个成员,我不确定是否完全赞同Friend对组学技术的这种(准确地说是)抬到了至高无上的极至地位的评价。但这几年来我的确能感受到西方科学从“点”到“面”到“系统”的思维认识上的“相位移动”,而组学技术无疑是实现这种“相位移动”的最为有效的科学工具。
        组学(Omics)包含了很多个具体的组学技术。基因组学(Genomics)主要研究生物系统的基因结构组成,即DNA的序列和表达;转录组学(Transcriptomics)是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的一门学科;蛋白组学(Proteomics)主要研究由生物系统表达的蛋白质及其由外部刺激引起的差异;代谢组学(Metabolomics)则研究生物体(包括细胞、组织或个体)在不同条件下所产生的代谢产物的变化。
        什么是代谢组学呢?我们知道生物体由基因调控下的生化反应以及与环境相互作用所形成的所有的生命活动几乎都发生在代谢层面,都会在代谢物的范围内留下变化印迹。我们称细胞内的代谢物变化为代谢指纹(Metabolic Signature),细胞外的代谢物变化为代谢足迹(Metabolic Footprints),生物体的代谢组实质上最接近于其生理表型,在这个角度下,也可以说我们的生物世界其实是由各种代谢组组成的,也正是这些不同的代谢组让我们生物界呈现出五彩缤纷、气象万千的表型。地球上的各种植物含有几十万种(大约25-50万种植物化学分子)代谢物,微生物包含几万种代谢物,而哺乳动物体内拥有5-7千种小分子代谢物(分子量小于1500)。这三类代谢组互相渗透,循环往复,植物和微生物的代谢物通过食物、营养补充、药物等形式进入我们人体的代谢网络,也使我们每一个人的代谢表型呈现出各自的特征。
        由于组学技术一次分析能够观察到成百上千的生化指标的变化,在疾病诊断和生物标志物的发现方面已经“登堂入室”,开始强势进入主流的研究领域。以药物基因组为例,一个病人的独特的DNA序列对单个药物反应的相互关系可以用来判断其治疗效果和副作用,从而找到与该病人个体基因组或单核苷酸多态性(SNP)相契合的最佳疗法。目前药物基因组学已经进入临床,开始扮演起支撑临床个体化医学发展的转化医学技术体系的核心角色,国际上正在广泛开展的肿瘤代谢研究就是一个新兴的传统分子生物学结合代谢组学的研究方向,该方向积聚了大量的来自于医药企业和高校研究机构的研究人员,他们通过代谢组学的手段探测肿瘤分子内的特征性代谢异常,然后采用其他手段如蛋白质分析或分子药理学等方法对关键代谢酶和调控基因进行表征并施加影响,以寻找新型的肿瘤治疗药物靶点。Friend在这篇短文中展望:在不久的将来……研究人员、患者和医生之间的关系就好比人人皆可编辑的维基百科中词条编辑者、审核者和登录维基获取知识的大众读者一样。人们会发现运用组学信息,他们也可以成为疾病模型的搭建者,像飞行中的副驾驶员和机长商量飞行方案一样,跟医生一起决定什么情况下用什么药物,或制订和实施新的治疗方案。
        组学的发展现状有“君临天下”的态势,其应用前景是辉煌灿烂的。但需要认识到的是,它的实质也就是一种科研工具,并不能包打天下!作为一个从事或即将从事组学研究的实验室应该头脑清醒,把握好趋势,寻找好自己的位置和发展契机。以我不成熟的观点来看,未来几年组学技术将以前所未有的速度商品化,我们日常科研工作中需要的绝大多数组学工具将成为一种服务,可以按较低廉的价格从专业公司购买到,因此对于尚未搭建组学平台的许多科研实体,需要详细的调研和冷静地思考是否有必要化巨资(一哄而上)进行这样的重复性(甚至是低水平)建设。另外,组学技术将进一步自动化和规模化。从代谢组学的领域来看,我个人预计未来3-5年将有一系列简便实用的新技术问世,它们包括(1)高通量、全定量代谢组学技术,针对大批量生物样本尤其是临床样本进行全谱分析;(2)采用同位素标记物质的代谢通量分析技术,针对性地研究某一关键代谢通路中的代谢物流量的动态变化和代谢节点(代谢酶)的功能;(3)代谢组试剂盒,市场将推出针对某一类代谢物进行定量的代谢组试剂盒,如胆碱类代谢物、脂肪酸类代谢物等。因此,从事组学技术研究的实验室需要寻找该技术领域内的不足之处,通过“错位竞争”建立自己的技术优势和平台特点,避免旷日持久的全面铺开建设或依样画葫芦式的跟踪性研究。另外,不同组学技术之间的交叉使用和数据关联,组学技术和传统的分子生物学手段有机结合都将是未来转化医学研究的重要手段。
   每个时代都有流行曲,我们科学界昨天时兴的是基因,今天是组学,明天又会是什么呢?还会有比组学更新的技术问世的。在时间的狂流里,改变的是技术工具,不变的,是我们心里的Science。

(源自科学网2012-3-25博客 ,有删节)
[60]王芷   2012-3-31 23:47
贾伟,我又发了一次,请你查查
[59]王芷   2012-3-31 23:20
我再发
[58]王芷   2012-3-30 23:44
贾老师,我将编辑好的你的文章已发到你的信箱了。
我的回复(2012-3-31 21:57):没有收到。邮箱地址没写错?
[57]王芷   2012-3-29 22:11
请给我一个你的E-mail,文章编辑好了发给你看一下,谢谢!
我的回复(2012-3-29 22:10):w_jia@uncg.edu
[56]王晓艳   2012-3-28 23:25
贾老师,如果您有微博的话,粉丝一定巨多
我的回复(2012-3-29 07:26):也许以后该试试。
[55]王芷   2012-3-28 23:02
贾老师,能否同意您的“组学未来”转载到《科技导报》(登录kjdb.org了解我们的杂志)?我们的杂志是一个综合性的学术刊物,旬刊,其中有一“科技纵横捭阖”栏目专门刊登科研人员的一些随笔、文史哲之类的文章,希望你有兴趣,谢谢给我一个回音。
科技导报 编辑王芷
我的回复(2012-3-29 07:24):没问题,王老师。
[54]魏少荫   2012-3-19 22:10
贾老师写博客的频率是否低了?
我的回复(2012-3-26 01:13):最近比较忙。
[53]poliu1986   2012-3-13 23:07
老师能不能多一些关于英语文论翻译或者写作,科研思路的文章。
我的回复(2012-3-18 00:42):英语论文翻译或者写作要找杨晓虹虞左俊那些“专业”博主了。科研思路嘛,得问你导师了,是吧?
这下推得一干二净了。
[52]pentium188   2012-2-19 14:42
中药单体药动学和代谢产物系统研究的很少,SCI论文容易发表,人、猴、狗、兔、猫、大鼠、小鼠、海胆、果蝇、大肠杆菌等模型研究一种,就能在Drug Metabolism and Disposition、Journal of Chromatography A、Journal of Chromatography B、Journal of Ethnopharmacology 、journal of pharmaceutical and biomedical analysis、journal of agricultural and food chemistry、Chinese Chemical Letters、Analytical and Bioanalytical Chemistry、J Mass Spectrom、Rapid Commun Mass Spectrom、Biol Pharm Bull、 Eur J Drug Metab Pharmacokinet、 journal of liquid chromatography & related technologies、 Basic Clin Pharmacol Toxicol、 Acta Pharmacol Sin、 Planta Med等SCI刊物上发表。
用好一些的LC-MS研究和推断体内代谢产物,相当容易,负责任地说一周发一篇2以上的SCI文章。希望研究中药的朋友们共同建立中药代谢数据库。
我的回复(2012-3-18 00:49):同意你说的建立中药代谢数据库这种建议,我想以大量发文章为目的出来的那些代谢数据恐怕也不怎么靠谱。如果以建立一个高质量的、长期为中药研究支撑的数据库为目的做出来的东西一定不一样。
[51]方维佳   2012-1-30 08:35
开工第一天,看到如此博文,如沐春风。谢了!3月延凯大哥说要回国推广新技术,不知您今年有短暂海归游的计划吗?
我的回复(2012-1-30 09:33):祝你新年开工顺利。
3月没有计划回来,向延凯兄问好。
[50]peach2011   2012-1-19 19:43
新年快乐!
我的回复(2012-1-29 08:44):谢谢,新年快乐!
[49]sanwenshi   2012-1-17 17:53
贾伯伯 新年快乐
现在是大三
O(∩_∩)O
[48]丁仁博   2012-1-16 22:46
嗯,贾老师说的确实很对,干扰因素过多,这种对某一种可能因素的预测还是不严谨,是需要大量可靠地数据进行支持!谢谢贾老师。我觉得自己在学习过程中看问题和对某个实验结果进行讨论部分中,总是倾向的分析自己认为趋势明显的方面,这点我还需要日后多学习,多加强。
[47]丁仁博   2012-1-16 21:35
贾老师,我今天有看到王晓燕博士的一篇博文”为什么苏浙沪三地成为大肠癌最高发区?“http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=448823&do=blog&id=331066,我有了一些想法,想向您求证:即,大肠癌在不同的区域发病率不同,有高有低。为什么会有发病率的差异性的产生?答案可能是与不同区域的饮食结构有关系。那么如何来验证这个推测,我想到是否可以用这样的设计思路:分别选取发病率高和发病率低的典型区域的患者进行代谢组学分析,如果环境因素或者饮食结构真的会对大肠癌产生影响的话,在与消化或肠内菌代谢相关联的代谢产物分析中,理应会有一些差异性代谢产物或轮廓的出现,由此溯源,便可以推知到底与哪些饮食因素或环境因素有关系。假使这个方法成立,我们就可以很快速大量的了解到哪些是不良的饮食结构,因而对于某些疾病高发区域提出大致的合理的饮食建议,到达控制疾病发病率的目的。当然研究大肠癌和饮食因素的联系可能不是特别容易进行试验,可以选取如其他非消化道癌症癌,心血管疾病等。我只是一个硕一的学生,知识量还不够,一些想法可能太简单化,希望您能批评指正。
我的回复(2012-1-16 22:29):晓艳的那篇博文我倒是看了,说有趋势和迹象觉得是可以的,但离形成一个科学假设 - “苏浙沪三地大肠癌发病率最高跟饮食结构有关”还相差很远,这里需要有比较靠谱的数据,还需要去除confounders - 如都市长三角地区,外来人口比例很高,饮食结构上看也未必有特异性,面临长江下游,涉及环境污染的贡献等等。 肠癌的确伴随肠内菌群结构的特征性改变,但二者谁是因谁是果尚未明确。

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2019-11-14 19:05

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部