育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

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科学网能不能支持 makedown语法的试验
2017-1-5 20:30
```R library(asreml) ``` ```R example(asreml) ``` asreml dat - data.frame(y=rnorm(20),x=seq(1,20)) asreml ex.asr - asreml(y ~ x, data=dat) ASReml: Thu Jan 05 20:13:46 2017 & ...
个人分类: 杂谈|3455 次阅读|没有评论
Python3.6 Windows的安装以及配置指南(数据分析方向)
2017-1-5 19:02
Python3.6 Windows 的安装以及配置指南(数据分析) 新接触或者新学习 python 的人,最好从 python3 开始学。 从安装,到使用,经历了一些弯路,将最顺利的过程写出来,希望可以帮到后来人。 安装 python 的目的主要是为了学习数据分析和数据挖掘,因此需要配置一些包,这里给出最简单的 ...
个人分类: Python和Julia学习|33347 次阅读|没有评论
重复测量数据,为什么要用混合线性模型
2016-12-30 09:52
单因素方差分析是应用最小二乘法进行分析,它所依据的是一般线性模型,这种模型对协方差矩阵有着严格的要求,所以说如果协方差球形检验得不到满足,就必须进行多元方差分析或者对F统计量进行校正,获得校正后的概率。 混合线性模型是基于似然函数法的原理,它对协方差矩阵的要求比单因素方差分析宽松,它允 ...
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R语言 对系谱信息的图形化展示
2016-12-27 17:06
代码如下: # example with 9 individuals library(synbreed) #如果没有synbreed包,需要安装 #install.packages(synbreed) id - 1:8 par1 - c(0,0,0,1,2,3,1,2) par2 - c(0,0,0,2,0,0,0,0) gener - c(0,0,0,1,1,1,1,1) # create pedigree object ped - create.ped ...
个人分类: 农学统计|4334 次阅读|没有评论
重复测量数据的分析方法(裂区试验、调和GG法、混合线性模型)
2016-12-26 14:18
重复测量数据的分析方法 这里主要介绍了重复测量数据的分析方法,分别是: 一般线性模型: 方差分析:这里采用了裂区试验的分析方法 矫正方差分析:通过Greeenhouse-Geisser法对裂区方差分析的F值进行矫正 多元分析:条件不满足时可以通过多元分析的方法进行分析 混合线性模型: 协方差结构:Uniform correlation 协方 ...
个人分类: 农学统计|14412 次阅读|没有评论
增广试验设计(augmented design)分析流程(R、GenStat、SAS)
2016-12-15 19:54
数据:这三个数据内容是一致的。 data.txt data.gsh data.xlsx 参考资料: SASprogramAugDes.pdf R代码: 用R语言包进行增广设计数据分析.R R语言生成的结果: R语言处理的结果.csv R语言分析的结果主要是根据一般线性模型,其实质是对方差分析的进一步调整,所谓的调和均值,其实就是混线性 ...
个人分类: 农学统计|7086 次阅读|没有评论
免费申请育种管理系统BMS
2016-12-14 13:57
我们建立了 BMS 用户 QQ 交流群: VSNC BMS 交流群 540032855 也可以点击链接快速加入 QQ 群: https://jq.qq.com/?_wv=1027k=42Uhoyh 申请表下载: BMS免费试用申请表.doc 申请表中填写个人信息和研究方向, 填写完成后发送到 China@vsni.co.uk
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如何利用R中的agricolae包进行增广试验设计,并生成田间种植图
2016-12-12 15:44
That’s a great time!!! 试验描述 120个品种,共种15个区组,每个区组有两个重复。 library(agricolae)ck-c(先玉335,郑单958)entry-paste(16N,001:120,sep = )head(entry) design.dau 函数介绍 然后生成试验设计,design.dau函数,有3个参数,第一个是对照,第二个是品种,第 ...
个人分类: 农学统计|6285 次阅读|1 个评论
育种值、配合力、BLUP、GBLUP这些统计方法你get到了多少?---培训
2016-11-14 16:41
培训通知具体见附件: R与ASReml-R统计分析培训会通知11.26-27.pdf 软件介绍: ASReml是拟合线性混合模型的优秀数据分析软件,由NSW Department of Primary Industries的Arthur Gilmour博士开发,可利用灵活的混合线性模型和广义线性模型来处理大规模的数据,实现大数据高效、快速的分析。ASReml可对数量性状、阈 ...
个人分类: 农学统计|11843 次阅读|没有评论

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