博文
- 《玉米科学》育种家云图
- 杂志介绍 《玉米科学》 是1992年经国家新闻出版署和国家科委批准出版的全国性科技期刊。《玉米科学》主要报道：遗传育种、品种资源、耕作栽培专家论坛、国内外玉米科研动态、新品种信息等方面的内容。 云图制作背景 因为要调查GenStat在玉米育种数据分析中的前景，想了解一下国内玉米育种家的影响力，选择了《玉米科 ...
- 如何用notepad 支持在Linux上安装的asreml的语法
- 背景 asreml 安装在ubuntu上，默认的vim没有语法高亮，而且对于习惯了windows的人来说也不太方便，notepad是一款非常方便的编辑器，而且它可以连接服务器。我们的目的： 在ubuntu上安装asreml软件 用notepad连接服务器 编辑notepad的语法，使其对asreml的语法高亮 实施 1，在ubuntu上安装asreml 参考官方安装过 ...
- Partially replicated (p-rep) designs 文献解析及实现方法
- 参考文献 Moehring J, Williams E R, Piepho H P. Efficiency of augmented p-rep designs in multi-environmental trials . Tag.theoretical Applied Genetics.theoretische Und Angewandte Genetik, 2014, 127(5):1049-1060. 摘要 这篇论文介绍了在多环境测试（MET）中效率较高的试验设计方案：部分重复设计（ ...
- 关于MET数据中地点间异质性检验的问题
- 绍GenStat、ASReml和R语言处理的方法 介绍GenStat、ASReml和R语言处理的方法 数据：wang9.1.csv wang9.1.csv GenStat 处理方法 ANOVA 对数据进行筛选，选择第一个地点的数据，进行分析，得到第一个地点的MSE。 第一个地点的自由度和MSE 10个地点的DF和MSE： Bartlett’s test GenStat command： VHOMOGENEITY ...
- ASreml -r 及R语言 内存设置方法
- workspace设置 8e6 = 64Mb 8e7 = 640Mb 具体设置 设置 | 实际 —-|—- 8e6 | 64 Mb 1.28e8 | 1G 2.5e8 | 2Gb 5e8 | 4Gb 1e9 | 8 Gb 1.5e9 | 12Gb G矩阵占用内存的计算方法： 个体ID 标记数 8 /(1024*1024) = Mb 示例代码： asreml中设置运行内存为8G, ...
- 田间鉴定试验设计三部曲
- 本次介绍田间试验设计中常用的试验设计方法以及实现途径，试验类型分为初级试验、中级试验和高级试验。 试验设计方法： 初级试验 假设一家育种单位，选育玉米品种，前期配了5000个组合，由于种子量比较少，只能种植两行区一次重复。 可选试验方案：间比法、增广试验设计（augmented design）、P-rep设计 中级试验 ...
- 不平衡数据的显著性检验方法以及多重比较（How to）
- 热度 1
- 本节主要论述当数据存在缺失值或者不平衡数据时，如果进行显著性检验，进行多重比较，以及估算效应值。 主要用到的方法有ANOVA，unbalance ANOVA， Mixed model 数据下载 missing data.csv 本数据是二因素随机区组，N和S为两个因素，N有3个水平，S有4个水平，有3个区组。 数据缺 ...
- GLMM：广义线性混合模型（遗传参数评估）
- 热度 2
- 原文下载 文章 Silva N H D, Gea L, Lowe R. Genetic analysis of resistance to Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa) in a kiwifruit progeny test: an application of generalised linear mixed models (GLMMs) . SpringerPlus, 2014, 3(1):1-12. 摘要 线性混合模型（LMM）可以整合亲缘关系和空间相关矩 ...
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