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关于联合方差分析的讨论4-联合方差分析的实例演示
邓飞 2016-3-9 15:44
联合方差分析的示例: 软件: GenStat 模型:方差分析模型和混合线性模型 数据模型: y=u+b+x+y+xy+e 数据: 9 个品种在 10 地点的表现,观测值为产量数据,每个地点设置 4 个区组。数据如下: one-year-locations.xlsx 数据如下: A01 首先:查看误差方差的齐次性 先看看第 ...
个人分类: 农学统计|2553 次阅读|没有评论
关于联合方差分析的讨论3-联合方差分析的终结
邓飞 2016-3-9 14:56
如果地点间的误差方差不齐次,就没法进行联合方差分析, 有两个解决措施: 1、 加权联合方差分析 2、 用误差方差异质模型分析 加权联合方差分析:这种分析方法是补救方差不齐的联合方差分析方法,所谓方差不齐,就是在试验中,虽然设计相同,但试验的误差项方差并非实质相同,甚至相 ...
个人分类: 农学统计|2549 次阅读|没有评论
关于联合方差分析的讨论-2-联合方差分析的计算方法
邓飞 2016-3-9 14:48
注:这里的公式,没法编辑,如果有需要,可以发我邮件:dengfei_2013@163.com。 这里的计算方法主要是同质性检验(即:方差齐次性检验),联合方差分析中的同质性检验不是方差的检验,而是误差的检验,下面会有解释。 同一个地点的误差同质性检测,虽然也是用 bartlet ...
个人分类: 农学统计|5998 次阅读|没有评论
关于联合方差分析的讨论-1 联合方差分析的定义
邓飞 2016-3-9 14:08
联合方差分析是一个比较内行的、比较封闭的、也可以说是比较专业的称谓,它主要应用于农业多点试验,用来评价品种的平均表现、对环境变化的反应特点以及其适应区域。 它首先是方差分析,但由于它是一年多点的试验,包括品种和环境的互作。问题来了,方差分析的假定是数据正态性、方差齐次性、 ...
个人分类: 农学统计|3190 次阅读|没有评论
R语言中计算blue和blup值的包:lme4、nlme、MCMCglmm、asreml
邓飞 2016-1-14 13:39
数据: tree.rda 利用同一数据,演示不同软件包:lme4、nlme、MCMCglmm和asreml估计BLUE值和BLUP值的代码。 固定效应:Block 随机效应:Family 代码: ###############lme4中运行blue和blup的方法############### load(tree.rda) library(lme4) df-lme - lmer(Height~1+Block+(1|Family),data=t ...
个人分类: 农学统计|16824 次阅读|没有评论
QTL与环境互作 文献解读
邓飞 2016-1-7 10:01
芜菁在不同干旱处理下考察开花前生理生态性状相关 QTL 与环境的互作 Genotype–environmentinteractions affecting preflowering physiological and morphological traits ofBrassica rapa grown in two watering regimes 物种:芜菁 期刊: Journalof Experimental Botany 影响因子: 5.79 发表单位:瓦赫宁根大 ...
个人分类: 农学统计|2731 次阅读|没有评论
双标图GGE分析在农作物品种多点试验中的应用(综述)
邓飞 2016-1-7 09:39
杂志:作物学报 发表单位:加拿大农业部加东粮油中心 发表时间: 2010 年 8 月 双标图经常用于农作物多点试验的数据分析,严威凯老师开发了一个名为 GGE-biplot 的软件,但软件没有相关的使用教程,操作不便, GenStat 软件完全可以实现它的功能。本次文献解读介绍怎么用 GenStat 实现 GGE 双标图。 ...
个人分类: 农学统计|2976 次阅读|没有评论
SAS、SPSS、R和GenStat分析裂区试验数据 代码、模型干货分享
邓飞 2015-12-30 21:34
SAS、SPSS、R和GenStat在裂区试验数据 分析中如何实现 结论: 1、四种软件结果再平衡数据(没有缺失值)的情况下是一致的。 2、SAS和R进行多重比较时比较麻烦。 3、SPSS根本就无法对交互作用的因子进行多重比较,而且多重比较的形式乖乖的。 4、GenStat操作最简单,结果最直观。 ps:如果想咨询数据分析的问题,请 ...
个人分类: 农学统计|5000 次阅读|没有评论
不完全双列杂交NCⅡ设计的数据处理方法
邓飞 2015-12-28 10:52
不完全双列杂交 NC Ⅱ设计的数据处理方法 在育种过程中,经常需要通过试验设计评价种质资源的遗传特性 , 培育和引进自交系的好坏,不完全双列杂交用于评价种质遗传结构和配合力十分有用。 不完全双列杂交是指把供试亲本按试验要求分为两组,只进行组间杂交,不进行组内杂交。 在培育品种的过程中,常 ...
个人分类: 农学统计|4882 次阅读|没有评论
一年多点、一点多年、多年多点的数据分析,计算品种的blup值
邓飞 2015-11-17 20:28
数据来源: year_location_data.csv 这是一个农作物产量的数据,为多年多点数据,目的是为了计算品种的blup值。 分为两个地点:北京和上海 两个年份:2009和2010 四个观测值:trait_1-4 数据格式如下:数据分析为品种、重复、年份、地点和四种性状,数据有缺失值,用*号表示,如下所示: 用到的软件:GenSta ...
个人分类: 农学统计|5934 次阅读|没有评论

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