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R语言 对系谱信息的图形化展示
邓飞 2016-12-27 17:06
代码如下: # example with 9 individuals library(synbreed) #如果没有synbreed包,需要安装 #install.packages(synbreed) id - 1:8 par1 - c(0,0,0,1,2,3,1,2) par2 - c(0,0,0,2,0,0,0,0) gener - c(0,0,0,1,1,1,1,1) # create pedigree object ped - create.ped ...
个人分类: 农学统计|2797 次阅读|没有评论
重复测量数据的分析方法(裂区试验、调和GG法、混合线性模型)
邓飞 2016-12-26 14:18
重复测量数据的分析方法 这里主要介绍了重复测量数据的分析方法,分别是: 一般线性模型: 方差分析:这里采用了裂区试验的分析方法 矫正方差分析:通过Greeenhouse-Geisser法对裂区方差分析的F值进行矫正 多元分析:条件不满足时可以通过多元分析的方法进行分析 混合线性模型: 协方差结构:Uniform correlation 协方 ...
个人分类: 农学统计|6857 次阅读|没有评论
增广试验设计(augmented design)分析流程(R、GenStat、SAS)
邓飞 2016-12-15 19:54
数据:这三个数据内容是一致的。 data.txt data.gsh data.xlsx 参考资料: SASprogramAugDes.pdf R代码: 用R语言包进行增广设计数据分析.R R语言生成的结果: R语言处理的结果.csv R语言分析的结果主要是根据一般线性模型,其实质是对方差分析的进一步调整,所谓的调和均值,其实就是混线性 ...
个人分类: 农学统计|4721 次阅读|没有评论
如何利用R中的agricolae包进行增广试验设计,并生成田间种植图
邓飞 2016-12-12 15:44
That’s a great time!!! 试验描述 120个品种,共种15个区组,每个区组有两个重复。 library(agricolae)ck-c(先玉335,郑单958)entry-paste(16N,001:120,sep = )head(entry) design.dau 函数介绍 然后生成试验设计,design.dau函数,有3个参数,第一个是对照,第二个是品种,第 ...
个人分类: 农学统计|3991 次阅读|1 个评论
育种值、配合力、BLUP、GBLUP这些统计方法你get到了多少?---培训
邓飞 2016-11-14 16:41
培训通知具体见附件: R与ASReml-R统计分析培训会通知11.26-27.pdf 软件介绍: ASReml是拟合线性混合模型的优秀数据分析软件,由NSW Department of Primary Industries的Arthur Gilmour博士开发,可利用灵活的混合线性模型和广义线性模型来处理大规模的数据,实现大数据高效、快速的分析。ASReml可对数量性状、阈 ...
个人分类: 农学统计|8068 次阅读|没有评论
用ASReml分析一年多点数据,并检测地点间异质性
邓飞 2016-11-5 09:01
数据: wang9.1.csv dat - read.table(wang9.1.csv,head=T,sep=,) str(dat) # 可以看出cul为数字型,需要转化为factor # str(dat) # 'data.frame': 360 obs. of 4 variables: # $ loc : Factor w/ 10 levels L1,L10,L2,..: 1 1 1 1 3 ...
个人分类: 农学统计|1759 次阅读|没有评论
林木育种中数据分析的方法介绍
邓飞 2016-10-8 11:24
林木育种中数据分析的方法介绍 想要参加相关学习和培训,想要得到相关资料和代码,添加微信 joinVSNC 为好友,拉您进入数据分析交流群。 林木遗传改良的目标 利用遗传改良的原理以最低的成本获取单位时间内最大的遗传增益。其中一个重要的环节是估算亲本的遗传参数,包括主要经济性状的遗传力、遗传相关和 ...
个人分类: 农学统计|1941 次阅读|没有评论
农业鉴定数据自动化处理流程
邓飞 2016-10-8 10:49
想要参加相关学习和培训,想要得到相关资料和代码,添加微信joinVSNC为好友,拉您进入数据分析交流群。 现代农业鉴定数据的特点: 1、 规模大,随着育种规模的增加,测试品种的数目越来越大(大于 1,000 个),地点越来越多(大于 10 个) 2、 不同阶段试验设计不同,初级阶段测试品种多,但 ...
个人分类: 农学统计|2379 次阅读|没有评论
asreml R语言 数量遗传学 数据分析
邓飞 2016-9-8 14:41
两天培训:2016年9月24~25 ASReml 2016年9.24-25培训内容及时间安排.doc 地点:北京 第一天上午: R 语言介绍 R 语言软件安装、读取数据 R 语言数据清洗及汇总统计 R 语言常用作图介绍 ASReml 简介及应用 A ...
个人分类: 农学统计|4849 次阅读|没有评论
GBLUP 视频推荐
邓飞 2016-8-1 19:37
Genomic Relationships and GBLUP, 想要学习基因组选择及GBLUP的学霸,这边看过来!北卡罗莱纳州立大学的Fikret Isik 教授主讲,语速很慢哦,完全听得懂! 视频连接地址: http://v.youku.com/v_show/id_XOTU0NjU1Mzcy.html?from=s1.8-1-1.2 关注公众号,了解更多信息:
个人分类: 农学统计|1830 次阅读|没有评论

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