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R 语言如何提取日期中的年份-月份-季节-天
邓飞 2019-5-7 20:38
R语言中如何根据日期数据, 提取年份, 月份, 天数, 季度. 年份和月份可以根据分隔符提取, 季度可以写一个函数提取, R汇总有更好的解决方法, 使用lubridate包可以很容易的进行提取, 提取方法: 年份 : year(datae) 月份 : month(datae) 日期 : day(datae) 季节 : quarter(datae) ̴ ...
个人分类: 农学统计|20122 次阅读|没有评论
blupf90根据G矩阵和H矩阵构建PCA分析以及与Plink以及GCTA的结果对比
邓飞 2019-4-28 18:02
模拟一套数据, 5个世代, 最后三代有基因型数据, 每个世代400个个体, SNP为50K 1. blupf90构建G矩阵的PCA blupf90如果想要进行GBLUP分析, 不写系谱信息即可, 示例par文件: DATAFILE dat_f90.txt TRAITS 10 # This is column 10 (phenotype) from QMSim data file FIELDS_PASSED TO OU ...
个人分类: 农学统计|4208 次阅读|没有评论
如何高效的在服务器和本地进行上传和下载文件
邓飞 2019-4-16 18:30
昨天, 师弟告诉我可以在xshell中使用sz进行下载, 想要上传的话用rz就行了. 然后我竟然没有听过. 学习最好的方法就是写一篇博客, 比如这篇. 1. 从putty到xshell 最开始, 是使用putty进行的服务器连接,痛点在于多窗口要开多个putty,切换麻烦。 xshell其实是有社区版的,注册一下就可以免费下载使用,xshell的 ...
个人分类: 农学统计|5320 次阅读|没有评论
如何对数据进行汇总统计(R语言)
邓飞 2018-10-30 21:11
1 模拟数据 这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函数func 3 单变量 ~ 多因子, 单个个统计量 4 多变量~单因子 5 多变量~多因子 1.1 模拟数据代码 dat = data.frame( ...
个人分类: 农学统计|11678 次阅读|没有评论
R语言混合线性模型包代码演示
热度 1 邓飞 2018-10-25 19:55
之前翻译了一篇博文 R中的线性混合模型介绍(翻译博客) , 但是里面的示例代码显示不友好, 今天重新整理. 数据来源: MASS软件包的oats数据 oats数据, 这是一个燕麦的裂区试验数据, 主区是品种, 裂区是施肥N, 重复是B区组, 观测值是产量Y The yield of oats from a split-plot field trial using three varieties and f ...
个人分类: 农学统计|11612 次阅读|1 个评论 热度 1
如何使用R语言做Biplot双标图
邓飞 2018-9-28 19:41
双标图在品种鉴定中比较常用, 下面介绍如何使用R语言进行GGE双标图的绘制. 介绍GGEBiplotGUI软件包的使用 示例数据 处理步骤 如何没有按照GGEBiplotGUI, 那么通过install.packages命令进行安装 整理数据, 列为地点, 行为品种 导入数据, 行名为品种名, 列名为地点(行头), 第一列为第一个地点的产量 使 ...
个人分类: 农学统计|11033 次阅读|没有评论
方差分析表 组合 区组 合并转化(写给金金)
邓飞 2018-9-18 17:46
library(agridat) data(oats) head(oats) Blocks Nitrogen Subplots Variety Wplots yield 1 1 0.6_cwt 1 Marvellous 1 156 2 1 0.4_cwt &nbs ...
个人分类: 农学统计|2543 次阅读|没有评论
asreml中sln文件多性状的分解
邓飞 2018-9-2 11:40
背景 使用asreml分析数据时, 得到的是sln数据,进行多性状分析或者随机回归分析时,sln中的Level是1.001,小数点前面的1表示第一个性状,后面的001表示ID。 有时候需要将1.001分为1和001,R中的tidyverse中的separate可以分割,但是由于data.table中的fread读取时,将1.001当作数字,在分割时,1.010和1.100都分割为1 ...
个人分类: 农学统计|1759 次阅读|没有评论
GWAS分析中表型值是使用BLUE值还是BLUP值?
邓飞 2018-5-9 08:43
GWAS分析中表型值是使用BLUE值还是BLUP值? https://www.researchgate.net/post/Does_any_one_have_an_idea_of_which_one_BLUE_or_BLUP_to_use_for_a_GWAS_analysis_of_a_trait_in_wheat_eg_resistance_to_rust 问题 Does any one have an idea of which one, BLUE or BLUP, to use for a GWAS analysis of a tra ...
个人分类: 农学统计|8486 次阅读|没有评论

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