如何用notepad 支持在Linux上安装的asreml的语法

邓飞 2017-9-28 09:18

背景 asreml 安装在ubuntu上，默认的vim没有语法高亮，而且对于习惯了windows的人来说也不太方便，notepad是一款非常方便的编辑器，而且它可以连接服务器。我们的目的： 在ubuntu上安装asreml软件 用notepad连接服务器 编辑notepad的语法，使其对asreml的语法高亮 实施 1，在ubuntu上安装asreml 参考官方安装过 ...

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Partially replicated (p-rep) designs 文献解析及实现方法

邓飞 2017-8-23 17:58

参考文献 Moehring J, Williams E R, Piepho H P. Efficiency of augmented p-rep designs in multi-environmental trials . Tag.theoretical Applied Genetics.theoretische Und Angewandte Genetik, 2014, 127(5):1049-1060. 摘要 这篇论文介绍了在多环境测试（MET）中效率较高的试验设计方案：部分重复设计（ ...

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关于MET数据中地点间异质性检验的问题

邓飞 2017-6-27 08:50

绍GenStat、ASReml和R语言处理的方法 介绍GenStat、ASReml和R语言处理的方法 数据：wang9.1.csv wang9.1.csv GenStat 处理方法 ANOVA 对数据进行筛选，选择第一个地点的数据，进行分析，得到第一个地点的MSE。 第一个地点的自由度和MSE 10个地点的DF和MSE： Bartlett’s test GenStat command： VHOMOGENEITY ...

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ASreml -r 及R语言 内存设置方法

邓飞 2017-6-19 15:02

​ workspace设置 8e6 = 64Mb 8e7 = 640Mb ​ 具体设置 设置 | 实际 —-|—- 8e6 | 64 Mb 1.28e8 | 1G 2.5e8 | 2Gb 5e8 | 4Gb 1e9 | 8 Gb 1.5e9 | 12Gb G矩阵占用内存的计算方法： 个体ID 标记数 8 /(1024*1024) = Mb 示例代码： asreml中设置运行内存为8G, ...

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田间鉴定试验设计三部曲

邓飞 2017-5-23 10:44

本次介绍田间试验设计中常用的试验设计方法以及实现途径，试验类型分为初级试验、中级试验和高级试验。 试验设计方法： 初级试验 假设一家育种单位，选育玉米品种，前期配了5000个组合，由于种子量比较少，只能种植两行区一次重复。 可选试验方案：间比法、增广试验设计（augmented design）、P-rep设计 中级试验 ...

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不平衡数据的显著性检验方法以及多重比较（How to）

热度 1 邓飞 2017-4-17 12:10

本节主要论述当数据存在缺失值或者不平衡数据时，如果进行显著性检验，进行多重比较，以及估算效应值。 主要用到的方法有ANOVA，unbalance ANOVA， Mixed model 数据下载 missing data.csv 本数据是二因素随机区组，N和S为两个因素，N有3个水平，S有4个水平，有3个区组。 数据缺 ...

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GLMM：广义线性混合模型（遗传参数评估）

热度 2 邓飞 2017-4-15 10:58

原文下载 文章 Silva N H D, Gea L, Lowe R. Genetic analysis of resistance to Pseudomonas syringae pv. actinidiae (Psa) in a kiwifruit progeny test: an application of generalised linear mixed models (GLMMs) . SpringerPlus, 2014, 3(1):1-12. 摘要 线性混合模型（LMM）可以整合亲缘关系和空间相关矩 ...

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如何对增广试验数据进行分析

邓飞 2017-4-11 10:28

参考文献下载 参考文献下载 莫惠栋. 植物育种中的试验设计:行列增广设计 . 扬州大学学报(农业与生命科学版), 1991, 11(1):71-80. 数据： augmented design data 测试品种：1~17 对照：A~E 表中上面是编号，下面是产量 结果 经过繁琐的计算后，得到三个结果，方差分析、矫正值和LSD 方差分析 矫正 ...

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增广试验相对于间比法的优势

邓飞 2017-4-8 19:38

增广试验： 试验没有重复，测试品种无重复，对照有重复，一个区组包括一部分品种的试验，参试品种和对照随机排列。 间比法： 早期测试品种种，每隔10个或20个加1个或2个对照的试验设计。 增广试验相对于间比法的优势： 1，增广设计是随机的，对照也是随机的，因此不存在系统误差 2，增广设计可以给出品种的显 ...

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