育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

博文

一年多点、一点多年、多年多点的数据分析,计算品种的blup值

已有 10419 次阅读 2015-11-17 20:28 |个人分类:农学统计|系统分类:科研笔记

数据来源:year_location_data.csv

这是一个农作物产量的数据,为多年多点数据,目的是为了计算品种的blup值。

分为两个地点:北京和上海

两个年份:2009和2010

四个观测值:trait_1-4

数据格式如下:数据分析为品种、重复、年份、地点和四种性状,数据有缺失值,用*号表示,如下所示:



用到的软件:GenStat

多年多点模型:

y~ cul + loc + year + rep + cul.loc + cul.year + rep.loc.year

一年多点模型:

y~ cul + loc + year + rep + cul.loc + cul.year + rep.loc

一点多年模型:

y~ cul + loc + year + rep + cul.loc + cul.year + rep.year

本次分析用多年多点的模型,其它模型进行相应代换即可。

1、导入数据:

GenStat支持excel、csv、txt格式数据,直接导入即可。



2、模型选择






3、结果查看


4、blup值保存


5、blup值查看



blup值是农业中逐渐被大家认可的一种估算方法值,用GenStat的reml混合线性模型可以处理缺失值,估计blup,在农业生物统计中比较方便使用。


原数据我已上传为附件:year_loc_data.xls

公众号.png








https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-936090.html

上一篇:更新博客计划
下一篇:不完全双列杂交NCⅡ设计的数据处理方法
收藏 IP: 47.245.53.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (1 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-19 09:02

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部