育种数据分析之放飞自我分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yijiaobai 关注:生物统计,数量遗传,混合线性模型,生物信息,R,Perl,Python,GWAS,GS相关方法,文章及代码

博文

欧洲土壤学报:重复测量数据的分析服务案例

已有 3314 次阅读 2017-3-24 08:49 |个人分类:农学统计|系统分类:科研笔记

欧洲土壤学报是土壤领域中比较知名的杂志,同时这个杂志也以统计方法审核严格著称。
欧洲土壤学报

案例

近期,我们帮客户提供了一个土壤方便的数据分析服务,主要分析的数据类型是重复测量数据,即不同处理时期(time)的观测值数据,分为对照和处理两个水平。

客户最初的分析方法

1,方差分析
2,裂区试验

编辑的意见

1,数据可能不是正态和齐次的,需要数据转化,然后再分析
2,不同时间点可能是自相关的,建议采用Autedependence Analysis模型进行分析

我们的处理方案

1,对数据进行log10转化,转化后用Shapiro-Wilk test 进行同质性检验,使用Bartlett’s test对正态性检验。
2,使用GenStat软件中的Repeated measurements Autedependence Analysis模型

GenStat 模型

我们的处理结果

Sequential comparisons
Sequential comparisons

Comparisons with maximum order
Comparisons with maximum order

Test for change at each time
Overall test up to each time

我们能提供的更高阶的分析

1,对于重复测量数据,分析方法有方差分析、裂区分析、REML的混合线性分析。其中,混合线性模型是最先进最高级的分析方法。
2,对于混合线性模型,可以选择的模型有

  • Unstructured

  • Antedependence 1

  • Antedependence 2

  • Power model(City-block metric)
    对于不同的模型,我们提供AIC、BIC、SIC的模型评价标准,也可以用LRT检验模型之间的优劣和显著性。

我们的参考文献

这篇综述文献是洛桑试验站的方法文章,系统的介绍了土壤研究中重复测量数据的分析方法,文中不同模型使用的方法就是GenStat。
参考文献


如果您有任何问题,欢迎通过公众号联系我。

wechat.png



https://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1041301.html

上一篇:如何在科学网上使用markdown语法写博客
下一篇:读文献笔记:奶牛遗传力、表型相关和遗传相关
收藏 IP: 52.175.48.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-4-20 04:57

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部