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关于Linux的grep命令总结笔记
邓飞 2021-8-5 20:41
❝ 今天,我以为我发现了Linux的grep的bug,最后竟然发现是windows和linux系统的换行符不一样,知道真相的我留下了不学无术的眼泪。 ❞ 事情是这个样子的: 今天,我像往常一样提取基因组的样本,我有一堆样本的ID,需要从所有的基因型的文件中提取出来。 以前我都是使用R语言,将基因型数据读进去, ...
个人分类: 农学统计|628 次阅读|没有评论
R语言操作文件与文件夹总结笔记
邓飞 2021-7-27 20:48
有时候,编写代码时,需要查看一下当前文件夹的内容,有时候需要创建文件或者文件夹,之前都是在windows系统或者Linux系统下创建好,但总不够原滋原味。这里,总结一下常用的文件创建,文件夹创建,判断是否存在,文件复制,文件删除等操作。 「太长不看版:」 ##浏览功能 dir#浏览整体文件及文件 ...
个人分类: 农学统计|607 次阅读|没有评论
数量遗传学,分享几本书的电子版
热度 1 邓飞 2021-6-27 16:57
今天,分享我收集的几本电子书,这次将所有电子书汇总一下,分享一下。 就我学习“数量遗传学”的经验,书要多本书一起看才会理解更透彻,有时候一本书不懂的地方,在另一本书中就能恍然大悟,每本书的偏重不一样,读起来补充的知识点也就不一样。 ok,来介绍一下书籍。 第一本:《Linear Models for the Prediction o ...
个人分类: 农学统计|608 次阅读|2 个评论 热度 1
总结 | R语言批量读取写入Excel数据
邓飞 2021-6-19 17:21
前一段,写过一篇: R语言中写入Excel的不同sheet表格 ,最近学习了tidyverse的方法,感觉需要总结一下,更新一下知识结构。 本文准备用实际数据,做一下操作: 「批量读取:」 批量读取多个Excel数据 批量读取一个Excel数据的不同表格 「批量写入」 批量写入Excel数据 1,批量写入到不同 ...
个人分类: 农学统计|832 次阅读|没有评论
tidyverse之汇总统计
邓飞 2021-6-16 22:36
之前写过一篇博客,介绍R语言的 aggregate 函数的汇总统计,最近学习 tidyverse ,感觉更好用,对比学习一下。 1 模拟数据 这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函 ...
个人分类: 农学统计|630 次阅读|没有评论
通过代码理解中心化和标准化
邓飞 2021-6-15 22:45
1. R中的方差和标准差 「方差: var ,是样本方差」 ❝ var(y) instructs R to calculate the sample variance of Y. In other words it uses n-1 'degrees of freedom', where n is the number of observations in Y. ❞ 「标准差: sd ,是样本标准差」 ❝ var(y) instr ...
个人分类: 农学统计|677 次阅读|没有评论
R语言循环第三境界:purrr包map函数!
邓飞 2021-6-10 21:28
1. 三境界 R语言写循环有 三境界 : 手动for循环 apply系列 purrr泛函式编程 其中,手动for循环我最常用,apply系列半吊子,purrr函数越用越趁手,这里介绍一下purrr编写循环的方法。 2. 泛函式函数 「泛函式定义:」 ❝ 函数的函数称为泛函式,map(x,f)中,map是函数,f也是 ...
个人分类: 农学统计|691 次阅读|没有评论
混合线性模型的可视化
邓飞 2021-6-5 17:29
1. 数据 这里使用 sleepstudy 数据集,看一下免费的R包 lme4 和付费包 asreml 如何处理不同的混合线性模型,以加深对混合线性模型的理解。 「数据描述:」 ❝ 睡眠剥夺研究中受试者每天的平均反应时间。第0天,受试者有正常的睡眠时间。从那天晚上开始,他们每晚只能睡3个小时,依次进行0~9天。观察结 ...
个人分类: 农学统计|798 次阅读|没有评论
混合线性模型的理解 | 学霸和富二代的故事
邓飞 2021-6-5 17:28
富二代和学霸的故事 看一下 lmer 函数拟合混合线性模型的通用函数: 举个例子,在一个课堂上,小学六年级,班里面有30个学生,这些学生有一年级到五年级的学习成绩,现在根据这些数据,预测这些学生六年级的成绩。 「学生分类:」 富二代,富二代家里有钱,幼儿园和小学都有私人教师,个性化补习,起点较高 ...
个人分类: 农学统计|780 次阅读|没有评论
如何安装GWAS分析软件R包:GAPIT
邓飞 2020-10-24 13:14
「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。 #安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace( BiocManager ,quietly=TRUE)) install.packages( BiocManager ) source ( http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R ) source ( http ...
个人分类: 农学统计|4307 次阅读|没有评论

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