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如何安装GWAS分析软件R包:GAPIT
邓飞 2020-10-24 13:14
「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。 #安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace( BiocManager ,quietly=TRUE)) install.packages( BiocManager ) source ( http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R ) source ( http ...
个人分类: 农学统计|825 次阅读|没有评论
分类变量logistic回归分析--1
邓飞 2020-9-23 23:13
1. 二分类logistic回归分析 概念解释 「logistic回归介绍:」 Logistic回归适用于二分类变量(0和1)。模型假设Y服从二项分布,线性模型的拟合形式为: 「什么是优势比(odds radio)」 其中 为Y=1时的优势比。 「什么是对数优势比」 其中 为对数优势比,也称logit。 「什么是 ...
个人分类: 农学统计|609 次阅读|没有评论
GWAS分析中:为何有些SNP效应值大却不显著?
邓飞 2020-9-16 22:17
之前的GWAS分析中,我查看结果时有过这个疑问,随着不断的学习理解,我已经知道了为什么,这里将我思考的结果分享一下。 1. 错误的理解 某一个SNP,效应值(Effect)越大,就越显著??? 「事实上:」 效应值和显著性是两码事! 2. 用代码说话 GWAS分析中,最简单的就是一般线性模型(GLM),而GLM模 ...
个人分类: 农学统计|859 次阅读|没有评论
R语言计算玉米测交试验的配合力
邓飞 2020-9-15 20:52
1. 玉米测交试验 可以认为,玉米侧交试验,是一个NCII的试验,在玉米实际的育种中,由于其测用结合的特性,应用广泛。 试验设计如下: 骨干系:4个 待测系:7个 重复:2次 观测值:产量 「计算目的:」 1 计算待测系的一般配合力(选择最优品系) 2 计算待测系和骨干系的特殊配合力(选出最优组合) ...
个人分类: 农学统计|581 次阅读|没有评论
为什么相爱的人不能在一起?
邓飞 2019-10-24 08:06
一个两天的bug,终于解决了,竟然是很基础的bug,花费了我两天时间,不免感叹:为什么相爱的人不能在一起。 事情是这个样子的: 最近测试一个R包 breedR 的动物模型的功能,用了它的测试数据: 1 library(breedR) 2 data( globulus ) 3 ped-globul ...
个人分类: 农学统计|1185 次阅读|没有评论
进步青年自我麻痹三大件:健身,编程,学英语
邓飞 2019-10-21 21:39
1. 进步青年自我麻痹三大件 python 学习,从 print(hello world) 开始,到 print(bye bye world) 结束,或者学着,忘着,看书时激励自己,放弃时安慰自己,洗洗睡吧。 为什么? 因为没有目标,学习只是为了学习,是为了麻痹自己堕落状态下焦虑的心,非要做点什么,才配得上自己那进步青年的自我期许。 ...
个人分类: 农学统计|2532 次阅读|没有评论
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式:tassel vcftools方法汇总
邓飞 2019-7-31 20:22
1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境:linux系统 2. 安装软件 首先,要安装 anaconda 或者 miniconda ,然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...
个人分类: 农学统计|2750 次阅读|没有评论
GGE Biplot 双标图如何看?
邓飞 2019-7-31 20:17
0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中,标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段,主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...
个人分类: 农学统计|5133 次阅读|没有评论
AMMI模型怎么看?
邓飞 2019-7-31 20:13
0. AMMI模型定义 AMMI的全称:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。 公式: 1. 主成分意义 参考: https://www.slideshare.net/Balaji ...
个人分类: 农学统计|1837 次阅读|没有评论
矩阵计算中直和和直积的概念
邓飞 2019-7-12 09:16
概念解释 解释:直和(Direct sum)和直积(Direct product)是混合线性模型中经常用到的概念,下面用具体例子介绍直积和直和是如何通过R语言计算的。 比如下图中,D为2 * 2 的矩阵,F为2 * 2 的矩阵,那么直和就是讲D和F作为对角线,非对角线为0,构成一个4 * 4的矩阵。直积D的每个元素分别和F矩阵相乘 ...
个人分类: 农学统计|3888 次阅读|没有评论

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