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总结 | R语言批量读取写入Excel数据
邓飞 2021-6-19 17:21
前一段,写过一篇: R语言中写入Excel的不同sheet表格 ,最近学习了tidyverse的方法,感觉需要总结一下,更新一下知识结构。 本文准备用实际数据,做一下操作: 「批量读取:」 批量读取多个Excel数据 批量读取一个Excel数据的不同表格 「批量写入」 批量写入Excel数据 1,批量写入到不同 ...
个人分类: 农学统计|448 次阅读|没有评论
tidyverse之汇总统计
邓飞 2021-6-16 22:36
之前写过一篇博客,介绍R语言的 aggregate 函数的汇总统计,最近学习 tidyverse ,感觉更好用,对比学习一下。 1 模拟数据 这里模拟了4个因子,5个观测值的数据框, 主要介绍了一下几种方法的汇总统计: 1, 单变量~单因子,单个个统计量, 这里使用平均数mean 2 单变量~单因子,多个个统计量, 这里使用自定义的函 ...
个人分类: 农学统计|470 次阅读|没有评论
通过代码理解中心化和标准化
邓飞 2021-6-15 22:45
1. R中的方差和标准差 「方差: var ,是样本方差」 ❝ var(y) instructs R to calculate the sample variance of Y. In other words it uses n-1 'degrees of freedom', where n is the number of observations in Y. ❞ 「标准差: sd ,是样本标准差」 ❝ var(y) instr ...
个人分类: 农学统计|485 次阅读|没有评论
R语言循环第三境界:purrr包map函数!
邓飞 2021-6-10 21:28
1. 三境界 R语言写循环有 三境界 : 手动for循环 apply系列 purrr泛函式编程 其中,手动for循环我最常用,apply系列半吊子,purrr函数越用越趁手,这里介绍一下purrr编写循环的方法。 2. 泛函式函数 「泛函式定义:」 ❝ 函数的函数称为泛函式,map(x,f)中,map是函数,f也是 ...
个人分类: 农学统计|375 次阅读|没有评论
混合线性模型的可视化
邓飞 2021-6-5 17:29
1. 数据 这里使用 sleepstudy 数据集,看一下免费的R包 lme4 和付费包 asreml 如何处理不同的混合线性模型,以加深对混合线性模型的理解。 「数据描述:」 ❝ 睡眠剥夺研究中受试者每天的平均反应时间。第0天,受试者有正常的睡眠时间。从那天晚上开始,他们每晚只能睡3个小时,依次进行0~9天。观察结 ...
个人分类: 农学统计|606 次阅读|没有评论
混合线性模型的理解 | 学霸和富二代的故事
邓飞 2021-6-5 17:28
富二代和学霸的故事 看一下 lmer 函数拟合混合线性模型的通用函数: 举个例子,在一个课堂上,小学六年级,班里面有30个学生,这些学生有一年级到五年级的学习成绩,现在根据这些数据,预测这些学生六年级的成绩。 「学生分类:」 富二代,富二代家里有钱,幼儿园和小学都有私人教师,个性化补习,起点较高 ...
个人分类: 农学统计|560 次阅读|没有评论
如何安装GWAS分析软件R包:GAPIT
邓飞 2020-10-24 13:14
「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。 #安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace( BiocManager ,quietly=TRUE)) install.packages( BiocManager ) source ( http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R ) source ( http ...
个人分类: 农学统计|3445 次阅读|没有评论
分类变量logistic回归分析--1
邓飞 2020-9-23 23:13
1. 二分类logistic回归分析 概念解释 「logistic回归介绍:」 Logistic回归适用于二分类变量(0和1)。模型假设Y服从二项分布,线性模型的拟合形式为: 「什么是优势比(odds radio)」 其中 为Y=1时的优势比。 「什么是对数优势比」 其中 为对数优势比,也称logit。 「什么是 ...
个人分类: 农学统计|2441 次阅读|没有评论
GWAS分析中:为何有些SNP效应值大却不显著?
邓飞 2020-9-16 22:17
之前的GWAS分析中,我查看结果时有过这个疑问,随着不断的学习理解,我已经知道了为什么,这里将我思考的结果分享一下。 1. 错误的理解 某一个SNP,效应值(Effect)越大,就越显著??? 「事实上:」 效应值和显著性是两码事! 2. 用代码说话 GWAS分析中,最简单的就是一般线性模型(GLM),而GLM模 ...
个人分类: 农学统计|1973 次阅读|没有评论
R语言计算玉米测交试验的配合力
邓飞 2020-9-15 20:52
1. 玉米测交试验 可以认为,玉米侧交试验,是一个NCII的试验,在玉米实际的育种中,由于其测用结合的特性,应用广泛。 试验设计如下: 骨干系:4个 待测系:7个 重复:2次 观测值:产量 「计算目的:」 1 计算待测系的一般配合力(选择最优品系) 2 计算待测系和骨干系的特殊配合力(选出最优组合) ...
个人分类: 农学统计|1251 次阅读|没有评论

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