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热搜: 科学 论文
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分享 为什么相爱的人不能在一起?
邓飞 2019-10-24 08:06
一个两天的bug,终于解决了,竟然是很基础的bug,花费了我两天时间,不免感叹:为什么相爱的人不能在一起。 事情是这个样子的: 最近测试一个R包 breedR 的动物模型的功能,用了它的测试数据: 1 library(breedR) 2 data( globulus ) 3 ped-globul ...
个人分类: 农学统计|378 次阅读|没有评论
分享 进步青年自我麻痹三大件:健身,编程,学英语
邓飞 2019-10-21 21:39
1. 进步青年自我麻痹三大件 python 学习,从 print(hello world) 开始,到 print(bye bye world) 结束,或者学着,忘着,看书时激励自己,放弃时安慰自己,洗洗睡吧。 为什么? 因为没有目标,学习只是为了学习,是为了麻痹自己堕落状态下焦虑的心,非要做点什么,才配得上自己那进步青年的自我期许。 ...
个人分类: 农学统计|947 次阅读|没有评论
分享 GBS hapmap 格式 转化为Plink格式:tassel vcftools方法汇总
邓飞 2019-7-31 20:22
1. 参考资料 https://zhuanlan.zhihu.com/p/38590403 环境:linux系统 2. 安装软件 首先,要安装 anaconda 或者 miniconda ,然后使用 conda install 进行软件安装, 安装conda方法: https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux/ 2.1 安装tassel git clone https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel ...
个人分类: 农学统计|886 次阅读|没有评论
分享 GGE Biplot 双标图如何看?
邓飞 2019-7-31 20:17
0. GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时, 分解的是G+GbyE,然后根据PC1和PC2作双标图,称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图形1 单纯的将PC1和PC2投射到双标图中,标清楚品种和地点。 1.2 环境间的关系 从中心到各个环境做一条线段,主要是评价环境的区分性和相似性。 两环境 ...
个人分类: 农学统计|1055 次阅读|没有评论
分享 AMMI模型怎么看?
邓飞 2019-7-31 20:13
0. AMMI模型定义 AMMI的全称:效可加互作可乘(Additive main multiplicative interaction, AMMI)。 AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。 公式: 1. 主成分意义 参考: https://www.slideshare.net/Balaji ...
个人分类: 农学统计|556 次阅读|没有评论
分享 矩阵计算中直和和直积的概念
邓飞 2019-7-12 09:16
概念解释 解释:直和(Direct sum)和直积(Direct product)是混合线性模型中经常用到的概念,下面用具体例子介绍直积和直和是如何通过R语言计算的。 比如下图中,D为2 * 2 的矩阵,F为2 * 2 的矩阵,那么直和就是讲D和F作为对角线,非对角线为0,构成一个4 * 4的矩阵。直积D的每个元素分别和F矩阵相乘 ...
个人分类: 农学统计|884 次阅读|没有评论
分享 通过基因组选择预测杂交水稻的表现(数据挖掘)
邓飞 2019-6-5 20:20
基因组选择, 预测杂种优势, 在水稻可以用, 在玉米, 高粱中也可以用, 在动物选择配套系时也可以用, 根据加性效应和非加性效应进行预测. 前景广阔. 这篇文章的作者, 有很多大牛, 徐世忠老师, 专门做算法的, 张启发老师, 水稻大牛, 文章本身没有数据源, 使用已有数据, 去挖掘信息, 这才是数据分析师应该有的范… 1. 参考文 ...
个人分类: 农学统计|682 次阅读|没有评论
分享 混合线性模型如何检测固定因子和随机因子的显著性以及计算R2
热度 1 邓飞 2019-5-11 19:46
很多朋友写信问我, 像要知道固定因子的显著性和随机因子的显著性如何计算,他们使用的是 lme4 这个R包, 但是这个包使用anova时没有P值,还要手动计算, 随机因子也需要自己计算loglikehood值, 然后使用LRT的卡方检验进行显著性检验, 其实lme4包有扩展的包可以非常友好的做这件事情. 1. 载入数据和软件包 ###载入软件包和 ...
个人分类: 农学统计|1389 次阅读|1 个评论 热度 1
分享 R 语言如何提取日期中的年份-月份-季节-天
邓飞 2019-5-7 20:38
R语言中如何根据日期数据, 提取年份, 月份, 天数, 季度. 年份和月份可以根据分隔符提取, 季度可以写一个函数提取, R汇总有更好的解决方法, 使用lubridate包可以很容易的进行提取, 提取方法: 年份 : year(datae) 月份 : month(datae) 日期 : day(datae) 季节 : quarter(datae) ̴ ...
个人分类: 农学统计|1931 次阅读|没有评论

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