博文
- 用phylotools建立supermatrix
- phylotools是用来建立DNA supermatrix矩阵的R程序包，是为了将比对好的基因文件（Fasta文件或Phylip文件）合并成超级矩阵（supermatrix）而编写的。 Supermatrix与Relaxed Phylip格式 supermatrix，就是将不同基因的片段分别比对后，再按照物种名合并形成的大型数据集，以便建立进化树用。 supermatrix一般为Rel ...
- 从DNA序列到系统发育多样性-在环保部环科院的讲座
- 讲座内容包括： 1 进化树及相关基本概念 2 DNA 序列的获取和比对 3 进化模型及其筛选 4 建立进化树的方法 5 启发式搜索和 bootstrap 可靠性评估 6 贝叶斯法建树 7 分化时间的校对：分子钟 8 通过植物学名建立进化树 9 系统发育多样性分析： ape 、 vegan 和 pica ...
- 冰糕、奶糕
- 华北，6月中旬，深蓝的天空万里无云。盛夏的太阳散发着威力，炙烤着金黄色的麦田。干热风吹过，麦穗沙沙作响。此时，麦穗早已又干又脆，轻轻一碰，麦粒就会掉在地上。 晌午，割麦子的人挥汗如雨。镰刀轻轻往回一收，麦杆就清脆地断开了。每割一下，地上就升起一丝尘土，仿佛一缕淡淡的青烟。每呼吸一下，干燥的空气就 ...
- 植物生物多样性、进化和地理学主要学术刊物（20190712）
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- Ecography Group QQ群(197089594)和Ecography Group微信群整理 2019年7月12日 更新 刊名 网址 Advances in Botanical Research https://www.sciencedirect.com/bookseries/advances-in-botanical-research American Journal of Botany https://bsapubs.onlinelibrary.wiley.com/journal/1 ...
- 一个群落beta多样性分析的完整R脚本
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- 本文给出Abbas S. et al. (2019)的完整R脚本，内容包括群落稀疏化曲线、beta多样性和指示种分析、mantel检验、NMDS非参数排序、空间关系的PCNM转换和前向筛选、方差分解等各种分析以及作图等，供感兴趣的同行参考。 本R脚本全部为本人编写， 因群落数据本人无权公开，这里只公布R脚本。篇幅所限，部分数据分析段落有删 ...
- 黄昏随想
- 黄昏，太阳很快就要下山。刚刚下过小雨，云彩仍然铺满天际。一片连一片，你中有我，我有中有你，每一片都水汪汪的。 太阳努力散发着一天里最后的光辉，整个天空都涂上了淡淡的橘红色。 底层的云彩，走得最快，也最柔软，阳光正好投射到上面，于是就披上了橘红色的盛装。上层的云彩厚些，阳光很难穿透，就有意无意变成了 ...
- herblabel 0.9.2 整合《中国生物物种名录2019》的植物接受名
- 用于打印植物标本标签的herblabel程序包（张金龙等（2016））已经升级到0.9.2，以下是一些新特性： 1. 整合了《中国生物物种名录2019》（ http://www.sp2000.org.cn/2019 ）中植物的接受名及对应的中文名，放入新增的数据集colcn2019中。该数据集中大约有100个左右的中文名对应两个接受的学名，使用时请注意。 2. 加 ...
- 孤独的清洁车
- 孤独的清洁车 一部小小的清洁车 缓缓前行 清扫着尘世上所有的污浊 也消耗着清洁工宝贵的时间 两千五百年的古城 车水马龙的马路上 一架孤独的清洁车 还有孤独的清洁工 正在孤独行走 这一瞬 也许并不是偶然 一年里最热的一天 站在街头 汗水流到眼里 就成了泪水 2018年7月21日，广州 ...
- 在人间：小学时的流光碎影
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- 刚刚看了一则关于旧课本的微信文章 ：《张张老课本，让你梦回校园》，主要是九十年代小学初中语文课的插图。看这些老课本插图，我好像只能想起： 1.秋天到，天气凉，菊花开，树叶黄。 2.弯弯的月亮，小小的船。小小的船儿两头尖。我在小小的船里坐，只见到闪闪的星星，蓝蓝的天。 3.黑云翻墨未遮山，白雨跳珠乱入 ...
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