CRAN Task Views:在R进行系统发育比较分析

进化历史是随着系统发育相关的方法而被逐步揭开的。系统发育比较方法是对物种历史（性状变化、分布区变化和适应性变化等）在进化树上进行的统计分析。这一领域正经历着快速的发展，大量新的研究方法被提出。
祖先状态重建
在ape程序包中，可以用极大似然法、广义最小二乘估计及独立差法对连续性状进行祖先状态的重建。根节点状态重建可以在ouch程序包中，基于布朗运动或Ornstein-Uhlenbeck模型进行重建。在ape中可以用马尔可夫模型对离散性状进行祖先状态重建。
物种分化分析
在ape和laser中可以绘制分支类群数量与时间关系图。在ape中可以基于生灭模型对生存模型及拟合优度进行检验。laser程序包可以基于生灭模型或纯生模型利用一系列似然方法检验物种分化速率的漂移。Gamma统计量（Pybus和Harvey， 2000）在laser中也能找到。在geiger中可以计算净分化速率（Magellon and Sanderson）.diversitree 可以运行BiSSE方法（Maddison et al. 1997）及后续改进的算法（FitzJohn et al. 2009）.apeTreeshape可以对物种分化速率做多种检验。
物种分化时间
非参数速率平滑法(NPRS)和似然罚分法可以在ape中实现。
系统发育推断
极大似然法，UPGMA法，临位法，生物临位法，和快速ME方法建立进化树可以在ape中实现。phargorn可以用距离法，简约法，和似然法建立进化树。phyclust用来对序列进行聚类分析。scaleboot可以实现用来比较进化树的Shimodaira-Hasegawa检验。
时间序列
古生物时间序列数据可以通过paleoTS程序包在极大似然框架和比较模型下进行分析，从而对种系进化进行研究。
进化树模拟
在TreeSim中可以设定多种生灭速率参数，对进化树进行模拟。在geiger中可以基于生灭过程对进化树进行模拟。在ape中可以生成随机树。phybase可以生成coalescent进化树。
性状进化
连续性状的独立差Independent contrast可以在ape或picante中进行计算。离散性状进化的分析，以及在某一时间段内不等速率或速率变化模型，Pagel转换，都可以在Geiger程序包中实现。在geiger和ape中可以实现布朗运动模型。Ornstein-Uhlenbeck模型可以在geiger,ape和ouch中实现。mattice程序包可用来搜寻性状转换的发生。当前版本的geiger只能拟合简单最优模型（single- optimum模型）。在geiger中可以进行基于系统发育的ANOVA和MANOVA.传统法GLS方法（广义的Grafen或Martins法）可以在ape中实现。系统发育自回归（Cheverud 等）的方法及系统发育自相关（Moran's I）可以在ape中运行。在ade4和adephylo程序包中，可以对Moran's I进行随机化检验，以获得显著性。性状之间的相关性可以用在MCMCglmm程序包的GLMM实现。
性状随机化模拟
连续性状的模拟可以在ouch,geiger，ape和picante中实现。Hansen模型（OU模型的一种形式）可以在ouch中实现，物种分化模型可以在geiger中实现。离散性状可以在geiger中用连续时间段马尔可夫模型实现。指定进化树的根节点，对多分枝结构进行解析，删除进化树末端，用Grafen方法设定进化树的枝长可以在ape中完成。进化树中已经绝灭的物种可以在geiger中删除。phylobase和phybase提供了大量用于查询和管理进化树的函数。进化树重排，NNI,SPR可以在phangorn中实现。
群落生态学
picante和vegan程序包整合了群落系统发育与群落生态学。
系统发育气候建模
phyloclim提供了相应的工具。
进化树的绘制及可视化
在ape,ade4,adephylo, phylobase和ouch程序包中可以绘制进化树。paleoPhylo是特意为古生物学系统发育编写的。在ape程序包中，可以对进化树作为correlogram查看。在ape中可以对祖先性状重建绘制相应的图形。
其他
rmesquite可以用来调用Mesquite软件的函数。

R中进行系统发育分析用到的程序包
ade4
adephylo
ape (core)
apTreeshape
geiger
laser
maticce
MCMCglmm
ouch
paleoTS
phangorn
phybase
phyclust
phylobase
phyloclim
picante
scaleboot
TreeSim
vegan