在本地运行awk版的phylomatic利用植物名录生成进化树

热度 1 张金龙 2022-3-31 11:41

Phylomatic网页版在2021年下线后，Cam Webb提供了phylomatic-awk ( https://github.com/camwebb/phylomatic-awk )。可先下载zip包到本地，保存为phylomatic-awk-main.zip。 该软件是用awk语言写成的，在安装了awk解释器的计算机上就可以运行。本文以Windows10系统为例，介绍awk版本的phylomatic的运行。 要运行awk ...

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用phylotools建立supermatrix

张金龙 2019-10-29 09:41

phylotools是用来建立DNA supermatrix矩阵的R程序包，是为了将比对好的基因文件（Fasta文件或Phylip文件）合并成超级矩阵（supermatrix）而编写的。 Supermatrix与Relaxed Phylip格式 supermatrix，就是将不同基因的片段分别比对后，再按照物种名合并形成的大型数据集，以便建立进化树用。 supermatrix一般为Rel ...

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QGIS3 创建包含多边形的shape文件

张金龙 2019-3-29 10:47

QGIS是非常优秀的GIS软件。因为是开源软件，程序包中所有的工具都可以免费使用。下面简要介绍用QGIS怎样创建一个ESRI shape文件。 Shape文件是GIS的通用格式，各种空间处理软件，包括R、Python等的空间处理以及绘图都会用到它。 QGIS的下载和安装，参见 https://www.qgis.org/en/site/ 。 要创建包含 ...

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那些生态学可能会用到的工具软件

张金龙 2018-12-30 14:14

本文列出部分工具软件，涵盖论文写作、 排版、图片编辑、编程、文件管理、数据整理等方面，以开源软件为主，供感兴趣的老师同学参考。 文献检索 SciHub https://sci-hub.tw/ 其实本来是个网站，可根据文档的DOI获取 PDF 全文。不过由于该网站经常不能访问，国内有高手开发了单机版，所以这里列出来： ...

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物种分布模型相关的R程序包列表

热度 4 张金龙 2018-7-11 18:14

最新版本参见 https://github.com/helixcn/sdm_r_packages 前言 自从BIOMOD程序包在CRAN发布以来，众多的生态学家将注意力集中到R。 这是因为： 用R语言开发软件包相对容易，R中的数据对象类型容易学习和理解，数据读取等也非常容易。 近些年诞生的一些R程序包，让R十分方便地处理shape文件和ra ...

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