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哈尔滨医科大学 张岩教授 简介

已有 3627 次阅读 2015-2-20 14:48 |个人分类:课题组介绍|系统分类:人物纪事|关键词:张岩简介| 张岩简介

姓  名: 张 岩 部  门: 表观遗传学研室

职  称: 教授、博士生导师 学  历: 博士研究生

职  务: 教研室主任 办公电话: 13936253249

办公地址: 外语学馆412室 Email: tyozhang@ems.hrbmu.edu.cn

主要研究方向:
疾病及发育领域的计算表观基因组数据分析

个人简介


  张岩,博士、教授、博(硕)士研究生导师。2000年留学日本, 2003年获得日本国立新泻大学的计算生物学硕士学位,2006年获得新泻大学的理学博士学位(计算生物学),同年被聘为哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院的教授,多年来一直从事生物信息学、计算系统生物学及计算表观遗传学领域的教学和科研工作。现为黑龙江生物医学工程学会理事,黑龙江省生物工程学会理事。《基因组学与应用生物学》编委,《PLoS One》Academic Editor,《Computational Molecular Biology》Editor。作为编委参与编写卫生部八年制规划教材《生物信息学》,副主编参编《生物信息学理论与医学实践》、《生物信息学学习指导与习题》。张岩教授所带领的计算表观遗传学课题组致力于表观遗传学研究领域的高通量数据挖掘及分析的算法和软件开发、可视化网络平台及数据库构建,测序及重测序的全基因组组装和分析。主持国家自然科学基金等科研项目10项,在《Nucleic Acids Research》、《Development》、《Briefing in Bioinformatics》、《Scientific Reports》、《DATABASE》《BMC System Biology》、《PLoS One》、《Genomics》等杂志发表学术论文30余篇。


  学习经历:

  2006/05- 至今,哈尔滨医科大学,生物信息科学与技术学院,教授,博士生导师;

  2003/04- 2006/03,日本国立新泻大学,自然科学研究科生物圈科学专攻(计算分子生物学),博士学位;

  2001/04- 2003/03,日本国立新泻大学,理学院生理机能专攻(计算分子生物学),硕士学位;

  2000/07- 2001/03,日本国立新泻大学,理学院生理机能专攻,研修;

  1987/09- 1992/07,哈尔滨医科大学,临床医学专业,学士学位


  主要承担的课题项目:

1) 基于高通量表观基因组图谱的癌症分子分型的系统分析,国家自然科学基金面上项目 (主持)

2) 融合高通量信息的癌症表观遗传异常的特征提取技术,国家自然科学基金面上项目 (主持)


  主要科研奖励情况:

1) 张岩(第一)、苏建忠、刘洪波、吴琼、修有成、吕杰,高通量表观遗传修饰数据的整合分析技术平台,黑龙江省高校科学技术自然科学一等奖。2013年。

2) 张岩(第一)、吕杰、刘洪波,HHMD: the human histone modification database,第十二届黑龙江省科学技术学术成果一等奖。2011年。

3) 苏建忠、张岩(第二)、吕杰,CpG_MI: a novel approach for identifying functional CpG islands in mammalian genomes,第十二届黑龙江省科学技术学术成果二等奖。2011年。


  主要发表的论文列表:

1) MetaImprint: an information repository of mammalian imprinted genes. Yanjun Wei, Jianzhong Su, Hongbo Liu, Jie Lv, Fang Wang, Haidan Yan, Yanhua Wen, Hui Liu, Qiong Wu and Yan Zhang*. Development.141,2516-2523,2014.

2) Revealing the architecture of genetic and epigenetic regulation: a maximum likelihood model. Wang F, Zhang S, Wen Y, Wei Y, Yan H, Liu H, Su J, Zhang Y*, Che J. Brief Bioinform. Oct 30. [Epub ahead of print], 2013.

3) Long non-coding RNA identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features.Lv J, Liu H, Huang Z, Su J, He H, Xiu Y, Zhang Y, Wu Q. Nucleic Acids Research,Dec;41(22):10044-61, 2013.

4) Quantitative epigenetic co-variation in CpG islands and co-regulation of developmental genes. Liu H, Chen Y, Lv J, Liu H, Zhu R, Su J, Liu X, Zhang Y*, Wu Q. Sci Rep, 3:2576. doi: 10.1038/srep02576, 2013.

5) Identification and characterization of long non-coding RNAs related to mouse embryonic brain development from available transcriptomic data. Lv J, Cui W, Liu H, He H, Xiu Y, Guo J, Liu H, Liu Q, Zeng T, Chen Y, Zhang Y, Wu Q. PLoS One. 8(8):e71152 ,2013.

6) Z curve theory-based analysis of the dynamic nature of nucleosome positioning in Saccharomyces cerevisiae. Wu X, Liu H, Liu H, Su J, Lv J, Cui Y, Wang F, Zhang Y*. Gene. Nov 1;530(1):8-18, 2013.

7) Genome-wide identification of Polycomb target genes in human embryonic stem cells. Xiao X, Li Z, Liu H, Su J, Wang F, Wu X, Liu H, Wu Q, Zhang Y*. Gene. Apr 15;518(2):425-30, 2013.

8) Su J, Yan H, Wei Y, Liu H, Liu H, Wang F, Lv J, Wu Q, Zhang Y*, CpG_MPs: identification of CpG methylation patterns of genomic regions from high-throughput bisulfite sequencing data, Nucleic Acids Research, Jan 1:41(1):e4, 2013.

9) Lv J, Liu H, Su J, Wu X, Li B, Xiao X, Wang F, Wu Q, Zhang Y*, DiseaseMeth: a human disease methylation database, Nucleic Acids Research, 40(D1):D1030-D1035, 2012.

10) Zhang Y*, Liu H, Lv J, Xiao X, Zhu J, Liu X, Su J, Li X, Wu Q, Wang F, Cui Y, QDMR: a quantitative method for identification of differentially methylated regions by entropy, Nucleic Acids Research, 39:e58, 2011.

11) Su J, Shao X, Liu H, Liu S, Wu Q, Zhang Y*, Genome-wide dynamic changes of DNA methylation of repetitive elements in human embryonic stem cells and fetal fibroblasts. Genomics, Jan;99(1)10-7, 2012.

12) Liu H, Su J, Liu H, Lv J, Li B, Qiao H, Zhang Y*, Prioritizing Cancer-related Genes with Aberrant Methylation Based on Weighted Protein-protein Interaction Network. BMC Systems Biology, 5:158, 2011.

13) Su J, Qi Y, Liu S, Wu X, Lv J, Liu H, Zhang R, Zhang Y*, Revealing epigenetic patterns in gene regulation through integrative analysis of epigenetic interaction network, Mol Biol Rep, Feb;39(2):701-12, 2012.

14) Zhang Y*, Lv J, Liu H, Zhu J, Su J, Wu Q, Qi Y, Wang F, Li X, HHMD: the human histone modification database. Nucleic Acids Research, 38(Database issue):D149-154, 2010.

15) Su J, Zhang Y*, Lv J, Liu H, Tang X, Wang F, Qi Y, Feng Y, Li X, CpG_MI: a novel approach for identifying functional CpG islands in mammalian genomes, Nucleic Acids Research, 38(1):e6, 2010.



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