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我的基因组测序理念:小成本基因组测序

已有 9316 次阅读 2014-8-1 23:41 |系统分类:科研笔记

万老师转来一个微信,有详尽的各种测序平台的性能、价格。我给学生上昆虫基因组课时,也从公开发表的资料中,收集过主要测序平台的价格。但没有这么齐全。


近几年,总是在深夜4点醒来。人生像一根蜡烛,燃烧自己,不见得照亮别人!经历了生活的挫折,耗尽了人生的激情。生活像过山车一样,没有手刹,没有脚刹,任凭它自由落体!


有点扯远。总之,我4点醒来了。又看了一遍万老师的微信。简单地算了算:


以每G数据40美元算(HiSeq2500只要20美元),测1G大小的基因组,以200倍的覆盖度,需要测200G,则需

要8000美元,折合人民币不到6万元。这是成本价!建库和人工费,翻5倍,计30万元。

以我们的拼接经验,测400倍,再加大覆盖度没有意义了!400G,60万元!记得,我算上了5倍于测序成本的人工费,也就是12万元测序费用,48万元人工费!


我立即坐了起了!我知道便宜,没有想到这么便宜!这几年折腾,我提出了"小成本基因组测序”概念,倡导花小钱办大事,因为我发现低拼接质量基因组中有大量的基因信息,够用了!


遗憾的是,文章发表受挫!文章在接受的情况下,落到了在测序公司工作的人手中复审,以一个十分搞笑的理由拒了。我给Editor in chief写了一封抗议信,这个编辑和我的文章有conflict of interests,因为我的序列就是这个公司测的,这个Editor应该主动申请回避。editor in chief 花了一个多月调研,回信承认失察,邀请再投,我牛脾气上来了,拒再投!


一个中国的科学家测一个G大小的基因组,不准备400万到500万,公司不干,华南农大任老师告诉我,公司很牛x!凭什么?生物信息分析!


基因组拼接有两个参数,Contig的N50大小,scaffold的N50大小。公司会告诉你,N50越大,文章越好发表!这是扯淡!发文章主要与测序背后的故事有关!公司会评估,基因组复杂度大,要加大测序深度!测序深度再大,会达到400倍覆盖度吗?不会,通常的做法是,100多倍的覆盖度,玩点生物信息技巧,N50达到要求了!上亿的科研经费,就这么流向了公司!


用技术忽悠生物学家,用科学的名义赚钱!高科技公司的高富帅,责任感去了哪?业届良心去了哪?


有意思的是,生活就和基因组测序一样,成本原来不高,但有很多办法合理化地增加你的成本!方法是一致的:诱导你去追求更多看上去美好的东西,也许那只是重复序列!NND!


又扯远了!



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