Perl交互式编程

黄健 2023-5-26 17:28

Perl的默认工作模式，要么通过单行命令（one-liner）完成任务，要么一气呵成运行整个脚本完成。与Perl这种经典的脚本式编程相较而言，Python和R默认的交互式编程工作模式更为直接、更为友好、更具有可读性、可解释性、可调试性。其实，用Perl也可以进行类似的交互式编程。我尝试过两种方案。 一种是 安装并使用PDL 。完 ...

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细节决定成败

黄健 2023-3-30 13:41

在即将出版的《Perl生物信息学编程》一书中，有这样一个实例练习：用Perl单行命令来确定仅见于skin的多肽、仅见于muscle的多肽以及两者都有的多肽。两个数据文件skin、muscle见 GitHub 。书中给出的参考答案如下。 1、仅见于皮肤的多肽： perl-ne'if(!$#ARGV){$h{$_}=1}else{printif! ...

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半百

黄健 2023-2-16 09:53

少不更事唯颜值，何曾情义两相知。 良缘夙缔听天命，佳偶天成尽迷离。

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科学写作的LibreOffice+Zotero解决方案

黄健 2023-2-12 10:51

上次因循守旧，想延用 LibreOffice+Mendeley方案 ，最终却因为系统与各应用程序之间争先恐后的创新与升级，搞得应用程序工作时纷纷阵亡，甚至系统宕机。各种尝试后不得其解，只得放弃。忽然想起配置Mendeley时中间有一个Zotero的选项。于是网上学习了一下Zotero后，准备用它与LibreOffice配合，在我的Ubuntu 22.10上构建 ...

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记成都西村

黄健 2023-2-11 10:50

去年今日此窗中，雪岭青山映长空。 雪岭不知何处去，青山依旧大江东。 黄子按曰： 都城 对 成都，南庄对西村，题对记，仿崔护《题都城南庄》。殷功睹物思人，物是人非。余亦对酒当歌，有感宇宙之大，人生几何，俯仰之间，人物两非。然青山依旧夕阳红，太过伤 感 ；莫如大江东去，老当益壮谈笑间。崔护在上不敢比，若 ...

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Ubuntu22.10安装mendeley：闷墩的噩梦

黄健 2023-2-10 19:17

三年前使用Deepin Linux时，用LibreOffice与mendeley结合，完成了自然基金面上项目申报书，后来也是这组合完成了《蛋白质组信息学》一书中《噬菌体展示技术及其在蛋白质组学中的应用》章节的撰写。系统重装为Ubuntu22.10后，一直用WPS，缺配套的文献管理软件。又是基金季了，三天前想着还是用LibreOffice与 闷墩的（mendel ...

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有备无患：创建Ubuntu系统与数据的硬盘映像

黄健 2023-1-22 13:35

近三年折腾 的 教训告诉我，有备才能无患。大年三十除夕春晚前，终于简单粗暴地创建了硬盘映像，实现了Ubuntu系统与数据的备份。一开始，也不想折腾，所以思路是就用Ubuntu系统自带工具中的磁盘程序分别创建分区映像，以后需要时再通过已经做好的Ubuntu启动盘，启动后再通过磁盘程序来恢复各分区映像。测试了一下，发现Ub ...

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隐藏Ubuntu启动时的ACPI错误

黄健 2023-1-20 18:16

ACPI是高级配置和电源管理接口（Advanced Configuration and Power Management Interface）的缩写。使用Ubuntu系统后，启动时总是报ACPI error。根本解决之道应该是升级主板BIOS。我的主板系统是VLR-WX9，Bios版本是1.07，很老了。在网上搜索并下载到与VLR-WX9匹配的Bios升级包VTIKR130.exe，版本已是1.30，但这个可执行 ...

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基于GPU深度学习引发的血案

黄健 2023-1-20 11:21

最近在MagicBook2019笔记本电脑上，陆续把下学期上课需要秀一秀的PDL、Eclipse、EPIC、EGit、BioPerl等都安装配置好了。其实，这些东东以前也是好不容易才全折腾好的，几个月前系统崩溃，新安装了Ubuntu22.10，所以得全部重来。几个月前系统崩溃，一直不明就里，但大抵是这样。我此前体验的深度学习都是基于CPU的，正好这 ...

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