下图为光系统II的整体结构。（A）螺旋用筒状表示，D1为黄色；D2为橙色；CP47为红色；CP43为绿色；cytb559为葡萄红色；PsbM和PsbT为中蓝色；PsbH、PsbI、PsbJ、PsbK、PsbX、PsbZ和推测的PsbN为灰色。外在蛋白PsbO为蓝色，PsbU为品红色，PsbV为青色。D1/D2反应中心的叶绿素为浅绿色，脱镁叶绿素为蓝色，天线复合物的叶绿素为深绿色，β-胡萝卜素为橙色，血红色为红色，非血红素Fe为红色，Q_A和Q_B为紫色。放氧中心为红色（氧原子）、品红色（锰离子）、青色（钙离子）的小球。

    下图为放氧光合作用中负责电子传递和质子转位的内在膜蛋白复合物。这些结构来自一种嗜热蓝藻PSI和PSII的反应中心。腔面侧和基质侧的可溶性电子传递蛋白为质体蓝素（绿色）或细胞色素c₆，铁氧还蛋白（深棕色）和铁氧还蛋白：NADP⁺还原酶（黄色）。