基于Nei's遗传距离利用Mega 7绘制聚类图by Wu Weifeng整理.pdf

基于Nei-li遗传距离利用Mega 7绘制聚类图

By Wu Weifeng

1. 打开Mega 7软件，主面板中点击file - edit a text file，进入到数据编辑面板

2. 输入数据，数据输入格式如下图所示，数据矩阵中数据间需用空格隔开

3. 输入好数据后，点击file - save，保存，文件名直接手动定义meg格式，及在文件名中输入（文件名.meg），保存。关闭数据编辑面板。

4. 在主面板中点击Data - open a file/session，打开之前保存的数据文件

5. 选择pairwise distanse，matrix format - lower left matrix，其它默认，点击ok

6. 开始建树，点击phylogeny - construct/test UPGMA tree，出现use the active file?提示，yes，然后点击compute，获得聚类结果。（NJ tree聚类树方法类似）