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分享 单细胞RNA-seq数据分析最佳实践
周运来 2019-11-16 11:01
Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol. Syst. Biol. 2019, 15: e8746. 摘要 单细胞 RNA-seq 提高了基因表达研究的分辨率,这项技术也带来越来越多的单细胞分析方法。这使得一般研究者难以驾驭这一多工具的格局并从中搭建最新的工作流程来分析自己的数据。 ...
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分享 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(样本制备)
周运来 2019-10-20 20:18
编者按:本文是Illumina团队出的NGS技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。由于是综述文章,引用较多,这里为放方便阅读见,从略。 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(应用篇一 ...
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分享 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(应用篇二)
周运来 2019-10-20 18:11
编者按:本文是Illumina团队出的NGS技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。由于是综述文章,引用较多,这里为放方便阅读见,从略。 本篇紧承 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述( ...
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分享 单细胞研究|| 利用 Illumina®技术的近期单细胞研究文献综述(应用篇一)
周运来 2019-10-20 18:08
编者按:本文是Illumina团队出的NGS技术在单细胞研究中的应用,坊间以pdf的形式传阅,余以为多有不便,今摘抄于此。版权归原作者所有,侵删,内容仅供学习,更多详细信息请阅读原文。由于是综述文章,引用较多,这里为放方便阅读见,从略。 简介 活组织由多种 细胞类型 组成。每种细胞类型都有不同的谱系和独特的功能 ...
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分享 scRNA-seq拟时分析工具STREAM简介[附在线版]
周运来 2019-3-31 16:51
scRNA-seq数据分析想必大家都比较熟悉了,自2014年 nature biotechnology 提出单细胞拟时分析或称为轨迹分析(Trajectory)已经有五个年头了。除了经典的Monocle(只不过是一个R包)之外出现了许多应用方便的分析工具与算法,由我带大家认识一款在Linux(命令行版)和Windows(界面版)都可以使用的分析工具—— STREA ...
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分享 环境与生态统计||探索性数据可视化
周运来 2019-1-12 11:08
探索性数据分析(Exploratory Data Analysis, EDA)是一门学问。在我们拿到数据之后的第一冲动就是拿来建模,得出一个函数来描绘我们希望阐明的自然现象。然而,这只是一个比较浪漫的想法而已。所有统计模型都是基于一个或多个关于数据分布和关系特征的假设。学习统计学方法时,关键技巧就是有统计假设的意识和评价是否满 ...
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分享 环境与生态统计||探索性数据分析
周运来 2019-1-12 11:07
rm(list=ls()) source(D:\\Users\\Administrator\\Desktop\\RStudio\\Environmental_and_Ecological_Statistics_with_R\\DataCode\\Code\\FrontMatter.R) ################## ###Chapter3### ################## plotDIRch3-paste(plotDIR,&nb ...
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分享 环境与生态统计||置信区间的估计
周运来 2019-1-12 11:06
经典统计学的核心思想就是用样本(我们所能采集到的数据,如总磷浓度,TP)去估计总体(关于总体情况的描述);总体的参数是未知的,不可测度或难以测度,注意它是固定了的数值; 我们采集了有限的TP,而且在前人研究的基础上已知一个生态系统中TP可以被近似为对数正态分布,那么剩下的工作就是要估计分布的对数均值和对 ...
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GMT+8, 2020-2-26 06:38

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