博文
- 数量生态学笔记||典范排序概述
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- 起了个大早做这张导图，不知道会不会吓到大家。有一周没有更新我们的《数量生态学笔记》了，因为这一章还是蛮有难度的，书中就是说这一章我们来讲典范排序，然后就直接讲RDA了。看RDA一会排序一会回归，书中的每一个汉字都认识，放在一起的一个句子就不懂了。这基本上就是我的一个状态，所以就没更新。 本来以为只要多 ...
- 人类口腔微生物组数据库（eHOMD）简介
- 随着人体微生物组项目的开展，对人体口 腔微生物组的研究也日渐增多，NIH牙颅颌面研究 所（national institute of dental and craniofacial re - search，NIDCR）于2008年启动了第一个口腔微生物组综合数据库——人体口腔微生物组数据库（human oral microbiome database，HOMD）。HOMD于2008年3月25日正式对公众开放 ...
- 数量生态学笔记||非约束排序|NMDS
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- 非度量多维尺度分析（Non-metric multidimensional scaling,NMDS）是间接梯度分析方法，其基于距离或不相似矩阵产生排序。与尝试最大化排序中的对象之间的方差或对应关系的方法不同，NMDS试图尽可能接近地表示低维空间中的对象之间的成对不相似性。可以使用任何相异系数或距离度量来构建用作输入的距离矩阵。 NMDS是 ...
- 扩增子分析软件QIIME2 必知必会
- 扩增子一站式分析平台QIIME nature||qiime 2018年1月QIIME2全面接档QIIME1 极简操作 source activate qiime2 qiime tools import --type 'SampleData ' --input-path ../test-paired-end-demultiplexed --source-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt - ...
- 数量生态学笔记||非约束排序||PCoA
- 主坐标分析（Principal Coordinates Analysis ,PCoA, =Classical Multidimensional Scaling ，cMDScale）是一种探索和可视化数据相似或不同之处的方法。它从一个相似矩阵或相异矩阵（=距离矩阵）开始，并在一个低维度空间中为每个对象分配一个位置。 PCoA能够将样本之间的相似性距离（虚拟距离），经过投影后，在低维 ...
- 数量生态学笔记||非约束排序||CA
- 长期以来，对应分析（Correspondence analysis ，CA）是分析物种有无或多度数据最受欢迎的工具之一。原始数据首先被转化成一个描述样方对对Pearson 卡方统计量的贡献率的矩阵，将获得的矩阵通过 奇异值分解（SVD） 技术进行特征根和特征向量的提取。因此，CA的排序结果展示的是 样方之间的卡方距离 ，而不是欧式 ...
- 数量生态学笔记||非约束排序||PCA
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- 看到本笔记系列的名字么？：R在数量生态学中的应用—矩阵·度量·聚类·排序·空间。其实到排序这一部分已经算是接近尾声了，因为空间分析哪一部分我打算放弃，目前的生态数据规模很少有空间数据。接下来，搬好小板凳，咱们好好讲讲排序。 如果说聚类分析的目的在于寻找数据的间断性，那么排序（ordination）的目的就 ...
- 数量生态学笔记||模糊聚类
- 使用cluster程序包内Fanny（）函数进行c-均值模糊聚类。 在传统的聚类结果中，每个对象只能分配给唯一的一个组，然而，c-均值聚类结果不同，一个对象可以赋予不同的组，对象与组之间的归属度可以通过成员值（membership value.）衡量。 rm(list = ls()) setwd(D:\\Users\\Administrator\\Desktop ...
- 数量生态学||多元回归树
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- 多元回归树（Multivariate Regression Trees，MRT）是单元回归树的拓展，是一种对一系列连续型变量递归划分成多个类群的聚类方法，是在决策树(decision-trees)基础上发展起来的一种较新的分类技术。其目的是在定量或分类解释变量的控制下递归划分一个定量变量。这样的分类方式有时也称为 约束聚类或者导向聚类 。同一 ...
- 数量生态学笔记||聚类物种关联
- 组内数据简单统计 对聚类结果获得的样方组进行简单统计（如平均多度），寻找每个样方组数量最多，频度最高或最具代表性的物种。 # 加载所需的程序包 library(ade4) library(vegan) # 应该先加载ade4后加载vegan以避免冲突 library(gclus) library(cluster) library(RColorBrewer) library(labdsv) lib ...
