衣带渐宽终不悔分享 http://blog.sciencenet.cn/u/tuqiang2014 在康河的柔波里,做一条水草, 向青草更青处漫溯。

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分享 数量生态学笔记||关于层次聚类
2018-7-28 13:47
本周开始我们的《数量生态学笔记》的第四章:聚类分析。聚类分析又称群分析,它是研究(样品或指标)分类问题的一种统计分析方法,同时也是数据挖掘的一个重要算法。在生态学研究当中,聚类的目的是识别环境中不连续对象的子集。实际上,聚类分析是所研究对象集合的分组。 需要注意大部分聚类方法都是基于 关联矩阵 ...
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分享 数量生态学笔记||R模式
2018-7-24 21:01
在上节课 数量生态学笔记||Q模式 中我们了解了比较对象对的Q模式,换句话说我们用了各式各样的距离。请大家结合自己的学习学习为什么对象对之间要用 距离 而不是相关呢? 今天我们来学习一下生态学中比较多变量对的关联测度,也就是 相关 类型的系数。 R模式:物种多度数据 相关系数 卡方距离 # 加载所需程序 ...
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分享 数量生态学笔记||Q模式
2018-7-22 17:42
好了,回到我们《数量生态学》课堂上来。 数量生态学笔记||绪论 数量生态学笔记||数据探索 数量生态学笔记||物种数据转化 在进行了简单的数据探索之后,在对数据进行了符合模型的计算之后,是不是马上可以绘制Nature Science上面的高颜值图表了呢?在这之前我们还有一段路线要走,要记住我们关注的始终是 生态 ...
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分享 当宏基因组遇见宏蛋白组
2018-7-18 22:17
好了,让我们持续关注肠道微生物菌群(gut microbiota ,GM)。 众所周知,目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效,但缺点也是显示易见的。比如只针对DNA为研究对象,这样无法判断研究对像是否还活着,连上百万年的化石都会有DNA保存下来可以测序。 要想逼近真想我们还有很长的路下 ...
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分享 怎样在这样的硕导手下做一个好硕士?
热度 1 2018-7-16 22:10
周围的同学似乎都有一个抱怨环境的习惯,具体原因不详。他们总是说“你们环境真好,我们那就是个坑”。想想我和自己环境的关系,虽然不是如此,说实话,我也不知道怎样在老师的手下做一个好学生。是学生们“这山望着那山高”?还是师生之间缺少必要的交流?我不知道。根据几个同学的描述,在此归纳归哪几种类型的 ...
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分享 数量生态学笔记||物种数据转化
2018-7-16 21:58
其实在上节课 数量生态学笔记||数据探索 中我们已经简单接触了数据的转化,我们为了使不同刚量的数据能在一起比较使用了标准化。在数据分析的过程中,经常要根据分析的需要对数据进行转化,以符合模型的内在需要。 要知道我们采集来的一手数据有时会带有我们的 采集痕迹 有时这种痕迹可能会掩盖问题的实质。我们常常 ...
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分享 数量生态学笔记||数据探索
2018-7-16 20:03
上节课 数量生态学笔记||绪论 我们简单了解《数量生态学》的基本内容,特别介绍了书中用到的数据集Doubs、甲螨数据集。关于R并未做过多的介绍,因为这是一本生态学的书。但是关于学习方法我推荐一种 卡片学习法 : 将知识点整理在一个小的可用随身携带的卡片上,可以随时翻阅,可以建立链接。也就是学习就像拼图,在 ...
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分享 KEGG分析工具:pathview基本操作
2018-7-12 22:48
什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库,它有助于 研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究 。KEGG将基因组信息和高一级的功能信息有机地结合起来,通过对细胞内已知生物学过程的计算机化处理和将现有的基因功能解释标准化,对基因的功能进行系统化 ...
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GMT+8, 2020-3-29 14:07

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